TkAUNG017850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG017850

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 4735403-4735813 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

381 bp · TkAUNG017850|TK1151|cDNA

ATGGCTCGTACCAAGCAGACGGCAAGGAAATCCACCGGAGGAAAAGCTCCAAGGAAGCAATTGGCTACCAAGGCGGCAAGGAAGTCGGCACCAGCGACCGGTGGAGTGAAGAAGCCACACAGATTCAGGCCAGGAACAGTCGCACTGAGAGAAATCAGGAAGTACCAAAAGAGCACAAGGCTCGTGAGGGAAATCGCTCAAGATTTCAAAACCGATCTACGATTCCAGAGCTCCGCCGTGGCTGCTCTTCAGGAGGCGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

381 bp · TkAUNG017850|TK1151|CDS

ATGGCTCGTACCAAGCAGACGGCAAGGAAATCCACCGGAGGAAAAGCTCCAAGGAAGCAATTGGCTACCAAGGCGGCAAGGAAGTCGGCACCAGCGACCGGTGGAGTGAAGAAGCCACACAGATTCAGGCCAGGAACAGTCGCACTGAGAGAAATCAGGAAGTACCAAAAGAGCACAAGGCTCGTGAGGGAAATCGCTCAAGATTTCAAAACCGATCTACGATTCCAGAGCTCCGCCGTGGCTGCTCTTCAGGAGGCGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

126 aa · TkAUNG017850|TK1151|PROTEIN

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVAALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDMQLARRIRGERA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG017850`
TK1151 ID	TkAUNG017850
OH-1004 ID	LXL04_004403
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG017850

位置 ChrUn:4735403-4735813 (-)

描述 Similar to B34: Histone H3.2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: P59226`	核小体的核心成分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004403 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0000786 nucleosome 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0030527 structural constituent of chromatin 分子功能

GO:0031492 nucleosomal DNA binding 分子功能

GO:0046982 protein heterodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os01g0866200

dosa:Os04g0419600

dosa:Os05g0438700

dosa:Os06g0160100

dosa:Os11g0155900

nta:107759185

nta:107759464

nta:107763111

nta:107769564

nta:107794615

nta:107798424

nta:107816172

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.920

排名 1 · TkAUNG017850 · TK1151

细胞质0.078

排名 2 · TkAUNG017850 · TK1151

细胞外0.050

排名 3 · TkAUNG017850 · TK1151

线粒体0.009

排名 4 · TkAUNG017850 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkAUNG017850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15715PAF1-58 aa

PF02291TFIID-31kDa10-27 aa

PF15511CENP-T_C19-30 aa

PF26848Phage_T5_Nicking_endo19-108 aa

PF00125Histone44-121 aa

PF02291TFIID-31kDa57-120 aa

PF15511CENP-T_C60-120 aa

PF15630CENP-S62-120 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG017850	`PF15715`	PAF	1	58	0.0017	19.8
TkAUNG017850	`PF02291`	TFIID-31kDa	10	27	0.16	12.7
TkAUNG017850	`PF15511`	CENP-T_C	19	30	1.6e-05	25.7
TkAUNG017850	`PF26848`	Phage_T5_Nicking_endo	19	108	0.016	15.7
TkAUNG017850	`PF00125`	Histone	44	121	4.7e-28	98.1
TkAUNG017850	`PF02291`	TFIID-31kDa	57	120	0.16	12.7
TkAUNG017850	`PF15511`	CENP-T_C	60	120	1.6e-05	25.7
TkAUNG017850	`PF15630`	CENP-S	62	120	0.00017	22.6
TkAUNG017850	`PF00808`	CBFD_NFYB_HMF	67	118	0.047	14.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P59226`	拟南芥	sp\|P59226\|H31_ARATH Histone H3.1	91.200%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情