TkAUNG013860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG013860

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 3544043-3545921 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1315 bp · TkAUNG013860|TK1151|cDNA

ACAAACATTCATACTCTCTCTCACCTAAAACATTCATCTCCGCGAATCTCTATCTGTCAGAAACACCGGAGGAAATGGGAAGCTTGAAAGAAGAGAGGAAAACCACCGGCTGGGCTGCCAGAGATCCTTCCGGCGTCCTCTCCCCATACACCTTCACTCTCCGAAATACAGGAGCAGAAGACGTGTTGATAAAGGTGATATGCTGTGGAGTTTGCCATACTGATCTTCATCAGATAAAAAATGACCTCGGAATGTCGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

813 bp · TkAUNG013860|TK1151|CDS

ATGGGAAGCTTGAAAGAAGAGAGGAAAACCACCGGCTGGGCTGCCAGAGATCCTTCCGGCGTCCTCTCCCCATACACCTTCACTCTCCGAAATACAGGAGCAGAAGACGTGTTGATAAAGGTGATATGCTGTGGAGTTTGCCATACTGATCTTCATCAGATAAAAAATGACCTCGGAATGTCGAACTACCCCATGGTTCCTGGACACGAAGTAGTAGGTGAGGTGGTGGAGGTGGGACCGGAAGTCACCAAATTCAAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

270 aa · TkAUNG013860|TK1151|PROTEIN

MGSLKEERKTTGWAARDPSGVLSPYTFTLRNTGAEDVLIKVICCGVCHTDLHQIKNDLGMSNYPMVPGHEVVGEVVEVGPEVTKFKVGDCVGVGCLVGCCESCLPCEAEVEQYCNKKIWSYNDVYTDGKPTQGGFAGSMVVHQKFVVKIPEGMSPEQVAPLLCAGVTVYSPLTHFGLTKSGLKGGILGLGGVGHMGVLIAKAMGHHVTVISSSDKKKERQWMSSELMIISSAPMFKECKNWQIRLITSLTLCQYTILSSR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG013860`
TK1151 ID	TkAUNG013860
OH-1004 ID	LXL04_038447
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 80.741 / OH-1004 56.041 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG013860

位置 ChrUn:3544043-3545921 (-)

描述 Similar to CAD1: Probable cinnamyl alcohol dehydrogenase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19450`	参与花茎的木质素合成。	Expression pattern of two paralogs encoding cinnamyl alcohol dehydrogenases in Arabidopsis. Isolation and characterization of the corresponding mutants.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.021048 Functional reclassification of the putative cinnamyl alcohol dehydrogenase multigene family in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0307987100 CINNAMYL ALCOHOL DEHYDROGENASE-C and -D are the primary genes involved in lignin biosynthesis in the floral stem of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.030767
`At4g34230`	参与花茎的木质素合成。	Expression pattern of two paralogs encoding cinnamyl alcohol dehydrogenases in Arabidopsis. Isolation and characterization of the corresponding mutants.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.021048 Functional reclassification of the putative cinnamyl alcohol dehydrogenase multigene family in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0307987100 CINNAMYL ALCOHOL DEHYDROGENASE-C and -D are the primary genes involved in lignin biosynthesis in the floral stem of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.030767

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038447 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0045551 cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity 分子功能

GO:0050268 coniferyl-alcohol dehydrogenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

cann:107840223

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.368

排名 1 · TkAUNG013860 · TK1151

过氧化物酶体0.245

排名 2 · TkAUNG013860 · TK1151

线粒体0.187

排名 3 · TkAUNG013860 · TK1151

细胞核0.121

排名 4 · TkAUNG013860 · TK1151

内质网0.076

排名 5 · TkAUNG013860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08240ADH_N34-151 aa

PF07240Turandot102-142 aa

PF028262-Hacid_dh_C178-218 aa

PF00107ADH_zinc_N191-218 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG013860	`PF08240`	ADH_N	34	151	3.7e-26	92.1
TkAUNG013860	`PF07240`	Turandot	102	142	0.003	17.9
TkAUNG013860	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	178	218	0.012	15.6
TkAUNG013860	`PF00107`	ADH_zinc_N	191	218	0.00019	22.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P48523`	拟南芥	sp\|P48523\|CADH4_ARATH Cinnamyl alcohol dehydrogenase 4	77.500%	Swiss-Prot	高置信
`O49482`	拟南芥	sp\|O49482\|CADH5_ARATH Cinnamyl alcohol dehydrogenase 5	80.700%	Swiss-Prot	高置信

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