TkAUNG001350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG001350

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 347359-351623 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3188 bp · TkAUNG001350|TK1151|cDNA

GGGAGATATTAACTCTGCCGCGAAACGGCCCCAAAATTCCCAAGCGTTCCCGCCAAAACTTATATACTTCTGATTTCTGATCCCATTTCGAGCCCTAACCAAACAACGATAACCACCCCCTGGAGATCAAGAGTCAGTAAGAGCTCAAACACAAGATCCCCAAAATCAACCATGAAAATCAGATCAATGAAACTACGGGAGGCTCACAAGAACAATGGTGGAAGCTCCTACTGTACCATCCTGTGGGACCTCACTGCGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2820 bp · TkAUNG001350|TK1151|CDS

ATGAAAATCAGATCAATGAAACTACGGGAGGCTCACAAGAACAATGGTGGAAGCTCCTACTGTACCATCCTGTGGGACCTCACTGCGGAGCACATCGTCACCGCTTCTTCTTCCGACGCCTCCATTACCATTCACGATGCTCTTTTAACTTCAAATACTCCACGAATTCTTCGGAATCATAGAGATGGGGTCACCACTTTGGCTCTCAGCCCTAATTCAACATGCCTAGCTTCTGGATCTAATGACCGCTCCGTCAAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

939 aa · TkAUNG001350|TK1151|PROTEIN

MKIRSMKLREAHKNNGGSSYCTILWDLTAEHIVTASSSDASITIHDALLTSNTPRILRNHRDGVTTLALSPNSTCLASGSNDRSVKLYKFPGKMSINFISIGGEFESNITRFTLPIRALSFNRSGTMLAAGGDDDGIKLINTIDGSVARVLKGHRGSITSISFDPKSEYLASVDSLGTVIIWELQSGTTIHTLKNISPPTPPDFTTLTALGWSPDGEILAVSGFKNDVVMYDRDTAEKLFTLRGEHTQPVCFLTFSVNGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG001350`
TK1151 ID	TkAUNG001350
OH-1004 ID	LXL04_008743
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG001350

位置 ChrUn:347359-351623 (-)

描述 Similar to wdhd1: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g42660`	在复制过程中与 LHP1-PRC2 复合物相互作用，参与维持靶基因上的 H3K27me3 标记，从而有助于 H3K27me3 遗传。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008743 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0033044 regulation of chromosome organization 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0140462 pericentric heterochromatin organization 生物过程

GO:1903461 Okazaki fragment processing involved in mitotic DNA replication 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G42660

hsa:11169

mmu:218973

spo:2543387

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.950

排名 1 · TkAUNG001350 · TK1151

细胞质0.124

排名 2 · TkAUNG001350 · TK1151

细胞膜0.019

排名 3 · TkAUNG001350 · TK1151

线粒体0.011

排名 4 · TkAUNG001350 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkAUNG001350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174Beta-prop_THOC34-145 aa

PF25391WD40_Gbeta11-140 aa

PF25460Beta-prop_Aladin14-87 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz18-147 aa

PF24805EIF3I18-89 aa

PF23389Beta-prop_WDR19_1st19-89 aa

PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR124-93 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st25-88 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG001350	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	4	145	1.2e-37	130.2
TkAUNG001350	`PF25391`	WD40_Gbeta	11	140	6.1e-11	42.6
TkAUNG001350	`PF25460`	Beta-prop_Aladin	14	87	6.5e-17	62.4
TkAUNG001350	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	18	147	5.8e-30	105.3
TkAUNG001350	`PF24805`	EIF3I	18	89	2.6e-15	57.1
TkAUNG001350	`PF23389`	Beta-prop_WDR19_1st	19	89	4.3e-16	59.6
TkAUNG001350	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	24	93	2.9e-18	66.7
TkAUNG001350	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	25	88	2e-32	113.1
TkAUNG001350	`PF00400`	WD40	25	46	2e-32	110.9
TkAUNG001350	`PF21029`	RMC1_N	25	98	0.00048	20.9
TkAUNG001350	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	27	90	4.8e-19	69.4
TkAUNG001350	`PF25048`	Beta-prop_TEP1_C	27	44	0.014	16.0
TkAUNG001350	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	28	93	4.7e-42	144.9
TkAUNG001350	`PF20426`	NBCH_WD40	28	89	4.8e-08	33.0
TkAUNG001350	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	29	90	4.1e-13	50.1
TkAUNG001350	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	30	95	9.5e-65	219.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JF14`	拟南芥	sp\|F4JF14\|ENOL1_ARATH Protein ENHANCER OF LHP1 1	55.600%	Swiss-Prot	高置信

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