TkA08G435690 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G435690

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 110780348-110790013 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4959 bp · TkA08G435690|TK1151|cDNA

CCGGAAACAATCTCTCTTCAAATTTTCATACAGGTTTCGCTTCTTGTTCCAAACTCCCCTCCCCTCTCTTTCTTCTGCGACAGCTTTTTATGGCGATTTGAAAACAAGACAACTACAGAAACAATGGCTGAAAAGCTTCAATCCCTGCTGAAGGAAATTGGATCCAAACTTGAGAACCCACCTGCAAATAAAGATGCTCTTATCAGGCTTTTAAAGCAAGCGGCATCATCACTGTGTGAGGTGGATCAATCACCAGCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4656 bp · TkA08G435690|TK1151|CDS

CCGGAAACAATCTCTCTTCAAATTTTCATACAGGTTTCGCTTCTTGTTCCAAACTCCCCTCCCCTCTCTTTCTTCTGCGACAGCTTTTTATGGCGATTTGAAAACAAGACAACTACAGAAACAATGGCTGAAAAGCTTCAATCCCTGCTGAAGGAAATTGGATCCAAACTTGAGAACCCACCTGCAAATAAAGATGCTCTTATCAGGCTTTTAAAGCAAGCGGCATCATCACTGTGTGAGGTGGATCAATCACCAGCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1551 aa · TkA08G435690|TK1151|PROTEIN

PETISLQIFIQVSLLVPNSPPLSFFCDSFLWRFENKTTTETMAEKLQSLLKEIGSKLENPPANKDALIRLLKQAASSLCEVDQSPAKQVLESMQPFINGIVKPELLKHHDKEVKLLVATCTCEITRVTAPDAPYDDHVLKDIFRLIVSTFSGLRDTKSPSFGRRVAILETVAKYRSCIVMLDLGCDDLVNEMFRTFFAVASDDHSETVITSMKTIMVLLLEESEDINENLLLVILSVLGQDKKAVTMGARRLAMNVVAQC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G435690`
TK1151 ID	TkA08G435690
OH-1004 ID	LXL04_009957
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	50.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.650 / OH-1004 90.560 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G435690

位置 Chr08:110780348-110790013 (+)

描述 Similar to Pds5b: Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47690`	Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。	Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034
`At1g77600`	Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。	Leaf phenomics: a systematic reverse genetic screen for Arabidopsis leaf mutants.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12595 Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034
`At4g31880`	Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。	Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034
`At1g15940`	Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。	Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034
`At1g80810`	Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009957 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009954 proximal/distal pattern formation 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0035825 homologous recombination 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77600

ath:AT5G47690

mmu:100710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.931

排名 1 · TkA08G435690 · TK1151

细胞质0.120

排名 2 · TkA08G435690 · TK1151

细胞膜0.031

排名 3 · TkA08G435690 · TK1151

内质网0.018

排名 4 · TkA08G435690 · TK1151

线粒体0.012

排名 5 · TkA08G435690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20168PDS565-1115 aa

PF12717Cnd1202-275 aa

PF12717Cnd1344-447 aa

PF12717Cnd1689-782 aa

PF20168PDS51135-1161 aa

PF09465LBR_tudor1387-1416 aa

PF21743PTM_DIR17_Tudor1391-1421 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G435690	`PF20168`	PDS5	65	1115	5.6e-247	823.1
TkA08G435690	`PF12717`	Cnd1	202	275	0.00044	21.0
TkA08G435690	`PF12717`	Cnd1	344	447	0.00044	21.0
TkA08G435690	`PF12717`	Cnd1	689	782	0.00044	21.0
TkA08G435690	`PF20168`	PDS5	1135	1161	5.6e-247	823.1
TkA08G435690	`PF09465`	LBR_tudor	1387	1416	0.055	13.9
TkA08G435690	`PF21743`	PTM_DIR17_Tudor	1391	1421	0.0028	18.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B6EUB3`	拟南芥	sp\|B6EUB3\|PDS5A_ARATH Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A	48.800%	Swiss-Prot	中等置信
`F4I735`	拟南芥	sp\|F4I735\|PDS5B_ARATH Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B	32.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GUP3`	拟南芥	sp\|Q8GUP3\|PDS5C_ARATH Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog C	45.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9S9P0`	拟南芥	sp\|Q9S9P0\|PDS5E_ARATH Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog E	36.600%	Swiss-Prot	低置信
`A8MRD9`	拟南芥	sp\|A8MRD9\|PDS5D_ARATH Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog D	35.000%	Swiss-Prot	低置信

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