TkA08G427200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G427200

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 108557616-108558451 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

474 bp · TkA08G427200|TK1151|cDNA

ATGAAGTTAACAGGGAGAGTGGAAGAAAAAAGACGATGGTCAGAGGGGATTCACCAGGCCGTGGAAGCAAAAGAAGGTTTACAAATCCAGGCGGATTCAGTTGTGGTGGCGCAAATCACATACCAATCAATGTTTAAGCTGTATCCAAAGCTTTCGGGGATGACTAGGACTGCAAAAACTGAAGAAAAAGAGTTTTTGAAAATGTTCCAGATGCCTGTTATTGAAGTGCCTACAAATATGGCAAATATTCGTAATGATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

474 bp · TkA08G427200|TK1151|CDS

ATGAAGTTAACAGGGAGAGTGGAAGAAAAAAGACGATGGTCAGAGGGGATTCACCAGGCCGTGGAAGCAAAAGAAGGTTTACAAATCCAGGCGGATTCAGTTGTGGTGGCGCAAATCACATACCAATCAATGTTTAAGCTGTATCCAAAGCTTTCGGGGATGACTAGGACTGCAAAAACTGAAGAAAAAGAGTTTTTGAAAATGTTCCAGATGCCTGTTATTGAAGTGCCTACAAATATGGCAAATATTCGTAATGATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

157 aa · TkA08G427200|TK1151|PROTEIN

MKLTGRVEEKRRWSEGIHQAVEAKEGLQIQADSVVVAQITYQSMFKLYPKLSGMTRTAKTEEKEFLKMFQMPVIEVPTNMANIRNDLPIQAFATARGKWEYVRAKVESMFRIGRPVLVGTTSVENSEYLSSLLRVSNIPHNVLNARPKIFFLLFLES

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G427200`
TK1151 ID	TkA08G427200
OH-1004 ID	LXL04_000128
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.994 / OH-1004 13.826 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G427200

位置 Chr08:108557616-108558451 (-)

描述 Similar to SECA2: Protein translocase subunit SECA2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g21650`	涉及蛋白质出口。	Plastids contain a second sec translocase system with essential functions.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.166546

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000128 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006605 protein targeting 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0017038 protein import 生物过程

GO:0065002 intracellular protein transmembrane transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21650

cya:CYA_0762

cyb:CYB_2451

tel:tll1851

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.568

排名 1 · TkA08G427200 · TK1151

细胞核0.411

排名 2 · TkA08G427200 · TK1151

线粒体0.079

排名 3 · TkA08G427200 · TK1151

内质网0.037

排名 4 · TkA08G427200 · TK1151

细胞膜0.030

排名 5 · TkA08G427200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01043SecA_PP_bind3-22 aa

PF07759DUF16157-81 aa

PF07517SecA_DEAD12-65 aa

PF09959DUF219320-74 aa

PF21090P-loop_SecA83-146 aa

PF01043SecA_PP_bind105-136 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G427200	`PF01043`	SecA_PP_bind	3	22	2.4e-05	25.6
TkA08G427200	`PF07759`	DUF1615	7	81	0.042	13.8
TkA08G427200	`PF07517`	SecA_DEAD	12	65	1.9e-14	54.3
TkA08G427200	`PF09959`	DUF2193	20	74	0.22	10.7
TkA08G427200	`PF21090`	P-loop_SecA	83	146	5.5e-16	59.5
TkA08G427200	`PF01043`	SecA_PP_bind	105	136	2.4e-05	25.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`D8WUA4`	拟南芥	sp\|D8WUA4\|SECA2_ARATH Protein translocase subunit SECA2, chloroplastic	85.600%	Swiss-Prot	高置信

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