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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G410370
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 104445816-104448769 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1614 bp · TkA08G410370|TK1151|cDNA

AGATTATTTTCGCAATTTTGTCATTTTAAATGTTTAGCCGAAACGATACCGTATACCTCGTTATTTGCGAAGGGATTTTAAAAATACCGCGAATGTATGTAATTAGGGTTTTCCACATCAATTCGGGTTCCAGTCGAGTGATTCCATTCGTAGTGATATTCGTTATAGCTCAACAGATTAGGCAAATCTGACCTACATGCATTTTGTTTTGTTTATTTTTGCATATGTTTGCTGCTAACTTTGTATTCAATTTCTAAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · TkA08G410370|TK1151|CDS

ATGAGCGGTATCAAGCTCTGGTGGATTGAGGGAGCATTCACTATTTTACTGCTACTAGTTCCTGGAAATCTAGGGTGGGGTAAAGAAGGACACTATGCAACTTGTAAAATTGCCGAGTCTGCAATCAAGTCAAGGACACACGGGAATTATGATAAAAAAATATTAGATTGCTTGACGTTAGAGTACTTCGATTTGGGGAAGTCTTCCATTCGCATTGATCAAAATTTGTTTTTGGCAAATCAGTCATTCCTTAGTGAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

358 aa · TkA08G410370|TK1151|PROTEIN

MSGIKLWWIEGAFTILLLLVPGNLGWGKEGHYATCKIAESAIKSRTHGNYDKKILDCLTLEYFDLGKSSIRIDQNLFLANQSFLSEEALKAVKELLPESAEGDLASVCSWPDEIKHRYNWRWTSELHYVDTPDFRCTYDYCRDCHDSSGVKDNCVTGAIYNYTEQLVTGYNSSNSLVKYNLTEALMFLSHYIGDVHQPLHVSFTSDEGGNTITVRWYKRKTNLHHVWDSDIIESAMKTFYDKDLDVMISAIEKNITDKWS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G410370
TK1151 IDTkA08G410370
OH-1004 IDLXL04_034255
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G410370
位置Chr08:104445816-104448769 (+)
描述Similar to ENDO4: Endonuclease 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g21585 核酸内切酶，可使用单链RNA和DNA作为底物。 暂无已核实直接文献
At4g21600 水解效率低，仅对单链DNA和RNA有作用，对碱基没有明显特异性。 暂无已核实直接文献
At4g21590 可利用RNA和单链DNA作为底物的核酸内切酶。 暂无已核实直接文献
At1g68290 核酸内切酶主要对 RNA 和 ssDNA 具有活性，对 dsDNA 具有较低程度的活性。
Arabidopsis ENDO2: its catalytic role and requirement of N-glycosylation for function.2012 · DOI: 10.1021/jf300945c
At1g11190 核酸内切酶，可以使用RNA、单链和双链DNA作为底物。
Identification of BFN1, a bifunctional nuclease induced during leaf and stem senescence in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1104/pp.122.1.169
Characterization of Arabidopsis thaliana mismatch specific endonucleases: application to mutation discovery by TILLING in pea.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03201.x
Expression analysis of the BFN1 nuclease gene promoter during senescence, abscission, and programmed cell death-related processes.2008 · DOI: 10.1093/jxb/ern176

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034255 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006308 DNA catabolic process 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0080187 floral organ senescence 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0000014 single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity 分子功能
GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
GO:0004521 RNA endonuclease activity 分子功能
GO:0016891 RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism 分子功能
GO:0043765 T/G mismatch-specific endonuclease activity 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
GO:1990238 double-stranded DNA endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11190
ath:AT1G68290
ath:AT4G21585
ath:AT4G21590
ath:AT4G21600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.403
排名 1 · TkA08G410370 · TK1151
溶酶体／液泡0.291
排名 2 · TkA08G410370 · TK1151
细胞质0.149
排名 3 · TkA08G410370 · TK1151
细胞膜0.148
排名 4 · TkA08G410370 · TK1151
内质网0.104
排名 5 · TkA08G410370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02265S1-P1_nuclease26-50 aa
PF02265S1-P1_nuclease81-334 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G410370PF02265S1-P1_nuclease26505.1e-84282.8
TkA08G410370PF02265S1-P1_nuclease813345.1e-84282.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4JJL0拟南芥sp|F4JJL0|ENDO4_ARATH Endonuclease 459.000%Swiss-Prot高置信
F4JJL3拟南芥sp|F4JJL3|ENDO5_ARATH Endonuclease 553.000%Swiss-Prot高置信
Q8LDW6拟南芥sp|Q8LDW6|ENDO3_ARATH Endonuclease 351.600%Swiss-Prot高置信
Q9C9G4拟南芥sp|Q9C9G4|ENDO2_ARATH Endonuclease 251.300%Swiss-Prot高置信
Q9SXA6拟南芥sp|Q9SXA6|ENDO1_ARATH Endonuclease 147.700%Swiss-Prot中等置信

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