TkA08G390130 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G390130

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 99494430-99500166 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1818 bp · TkA08G390130|TK1151|cDNA

ATTGGTTTTACTTTTTAGACCGGCCCACACCAAGATAACCAGATCCAATGAACAAGCCCAGTATTGAATGTAATAGGAAGTAGGCACACTGCTACTGCCAGGAGAGAAGGGGTTGGAGAGAGAGAGAGAGAGACGGCGAGAACGAGAAGGCAACCTGATCCTCCGCGTCTGTTTCTTCATCGGCGCTAACGGAGTTGGGACTAGGACGTTTTGTTTCTCGATTCTTCCTCGTTTTGTCGATCTCCAGATGGTTGCTGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1839 bp · TkA08G390130|TK1151|CDS

ATGGATAAAGCTGATGATTTGACTTTTAGGATTATTTTCTCGGGAGATGGAGCTGGAAGGTTGCGGGACAAAGTGAAGGAAAAGCTCAAGGAGTTTATGGGAGACTACACAGATGACACTCTTGTGGAATATGTGATTGTATTGCTTAAAAACGGAAGGCGCAAAGAAGAAGCAAAGAATGAGTTAAACGTCTTTTTGGGTGATGACAGCGACTCTTTTGTATCATGGTTGTGGGACCACCTGGGATCAAATCTAAATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

612 aa · TkA08G390130|TK1151|PROTEIN

MDKADDLTFRIIFSGDGAGRLRDKVKEKLKEFMGDYTDDTLVEYVIVLLKNGRRKEEAKNELNVFLGDDSDSFVSWLWDHLGSNLNLYSQAQPQAKDEAVKHKKEDDLETEGTIKSKKRVSKDWRGVMRDPDEQPPPPPLRSAVIANIHPKDDNTPQPLTQRKRGRSTSAERHDDETSQLKVKPKPSLGASRRLLQFAVRDAVATSRSTSGLTLTSEPSFKRLRSVVSTPNEPDRPKIRSVARVPKSMAVAIKAVADAAK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G390130`
TK1151 ID	TkA08G390130
OH-1004 ID	LXL04_034460
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 94.471 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G390130`
位置	Chr08:99494430-99500166 (+)
描述	Similar to PABPN1L: Embryonic polyadenylate-binding protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_034460` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000165 MAPK cascade 生物过程 GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程 GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程 GO:0071222 cellular response to lipopolysaccharide 生物过程 GO:1904247 positive regulation of polynucleotide adenylyltransferase activity 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0016607 nuclear speck 细胞组分 GO:0042405 nuclear inclusion body 细胞组分 GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G65260 ddi:DDB_G0277371 hsa:390748 xla:398201 xtr:407911 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.952

排名 1 · TkA08G390130 · TK1151

细胞质0.098

排名 2 · TkA08G390130 · TK1151

细胞膜0.028

排名 3 · TkA08G390130 · TK1151

内质网0.018

排名 4 · TkA08G390130 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA08G390130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11517Nab220-84 aa

PF01480PWI25-82 aa

PF28441RRM_1127-58 aa

PF16842RRM_occluded431-506 aa

PF14605Nup35_RRM_2432-489 aa

PF00076RRM_1433-501 aa

PF05172RRM_Nup35446-514 aa

PF28441RRM_11459-512 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G390130	`PF11517`	Nab2	20	84	0.00062	20.8
TkA08G390130	`PF01480`	PWI	25	82	4.7e-07	30.8
TkA08G390130	`PF28441`	RRM_11	27	58	0.0041	18.1
TkA08G390130	`PF16842`	RRM_occluded	431	506	0.032	14.8
TkA08G390130	`PF14605`	Nup35_RRM_2	432	489	0.13	12.9
TkA08G390130	`PF00076`	RRM_1	433	501	3.1e-17	62.9
TkA08G390130	`PF05172`	RRM_Nup35	446	514	0.054	14.2
TkA08G390130	`PF28441`	RRM_11	459	512	0.0041	18.1
TkA08G390130	`PF24475`	RBD_DEAH11	474	505	0.072	13.9
TkA08G390130	`PF24475`	RBD_DEAH11	594	608	0.072	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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