TkA08G381370 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G381370

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 97462711-97464916 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1050 bp · TkA08G381370|TK1151|cDNA

AAGCACTTAAAGTGTCACACTTTGTAGCTTCGACTCTACAACTGCCTAAAAGCTCCCATTACATTCATAATCATGTCGAAAACACATTCAAATGACGACACACATGAGTTACCCATCGTTACAATTGAAACACCAGAAAATCAACACCTTAAAGTCTCTACATTATCTCAAACTCATTACCCTCCCGGTTTTTTCCGAAAGGTGGTAGCTGAGGTGGTTGCTACCTTCTTGTTGGTGTTTGTGACATGTGGTTCGGCGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

858 bp · TkA08G381370|TK1151|CDS

ATGTCGAAAACACATTCAAATGACGACACACATGAGTTACCCATCGTTACAATTGAAACACCAGAAAATCAACACCTTAAAGTCTCTACATTATCTCAAACTCATTACCCTCCCGGTTTTTTCCGAAAGGTGGTAGCTGAGGTGGTTGCTACCTTCTTGTTGGTGTTTGTGACATGTGGTTCGGCGGCACTTGCCACCACAAGCAATGAACAAAAGGTGTCTCAACTTGGAGCCTCGCTTGCTGGTGGCCTCATTGTGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

285 aa · TkA08G381370|TK1151|PROTEIN

MSKTHSNDDTHELPIVTIETPENQHLKVSTLSQTHYPPGFFRKVVAEVVATFLLVFVTCGSAALATTSNEQKVSQLGASLAGGLIVTVMIYAVGHISGAHMNPAVTLAFAVVGHFRWNQVPIYAAAQLTGSISASFCLRILLQQVKHLGTTTPSGTDSQALIMEIIVTFAMMFVTSAVATDSKAVGELAGIAVGSAVCITSILAGPVSGGSMNPVRTIGPALASNNYKGIWVYIVGPITGTISGVMCYNFIRATDNPIQT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G381370`
TK1151 ID	TkA08G381370
OH-1004 ID	LXL04_024085
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G381370

位置 Chr08:97462711-97464916 (+)

描述 Similar to NIP2-1: Aquaporin NIP2-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0745100`	硅流入转运蛋白，负责将硅从外部溶液运输到根细胞。	A silicon transporter in rice.2006 · DOI: 10.1038/nature04590 An efflux transporter of silicon in rice.2007 · DOI: 10.1038/nature05964 Transporters of arsenite in rice and their role in arsenic accumulation in rice grain.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802361105 The rice aquaporin Lsi1 mediates uptake of methylated arsenic species.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.140350
`Os06g0228200`	参与硅在枝条中分布的硅转运蛋白。	A transporter regulating silicon distribution in rice shoots.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.059311 Orchestration of three transporters and distinct vascular structures in node for intervascular transfer of silicon in rice.2015 · DOI: 10.1073/pnas.1508987112

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024085 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015708 silicic acid import across plasma membrane 生物过程

GO:0015840 urea transport 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0048226 Casparian strip 细胞组分

GO:0015115 silicate transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015267 channel activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os02g0745100

dosa:Os06g0228200

zma:541884

zma:542497

zma:542643

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.787

排名 1 · TkA08G381370 · TK1151

细胞质0.142

排名 2 · TkA08G381370 · TK1151

内质网0.069

排名 3 · TkA08G381370 · TK1151

溶酶体／液泡0.058

排名 4 · TkA08G381370 · TK1151

线粒体0.054

排名 5 · TkA08G381370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00230MIP39-248 aa

PF06592DUF113844-58 aa

PF01027Bax1-I47-114 aa

PF06592DUF1138125-155 aa

PF01027Bax1-I159-203 aa

PF06592DUF1138160-187 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G381370	`PF00230`	MIP	39	248	1e-54	186.4
TkA08G381370	`PF06592`	DUF1138	44	58	2.2	9.2
TkA08G381370	`PF01027`	Bax1-I	47	114	2.8	8.4
TkA08G381370	`PF06592`	DUF1138	125	155	2.2	9.2
TkA08G381370	`PF01027`	Bax1-I	159	203	2.8	8.4
TkA08G381370	`PF06592`	DUF1138	160	187	2.2	9.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6Z2T3`	水稻	sp\|Q6Z2T3\|NIP21_ORYSJ Aquaporin NIP2-1	65.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q67WJ8`	水稻	sp\|Q67WJ8\|NIP22_ORYSJ Aquaporin NIP2-2	60.600%	Swiss-Prot	高置信

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