TkA08G348520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G348520

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 89312088-89314110 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

762 bp · TkA08G348520|TK1151|cDNA

CAATTAATTCACTTAAGTTACTTCTGTGGTTTCCAACTTTTTACCCTGCTATGTTGATTGAAACCTGTAGTGTGATAGGGCTGAATTTCGATTTCGTGGTGCTGAATCTGACTAAGCATTCGTCGTATCTGATATACAACGCCTCCGTCTTCTTTAGCTCCGCCGTTCAACGTCAGTATCACCAGAAATATGGCTTCAATAAGATGATACCTGTAGCAGCAAACGATGTTGCTTTCTCCATTCACGCAGTTGTCCTAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

549 bp · TkA08G348520|TK1151|CDS

ATGTTGATTGAAACCTGTAGTGTGATAGGGCTGAATTTCGATTTCGTGGTGCTGAATCTGACTAAGCATTCGTCGTATCTGATATACAACGCCTCCGTCTTCTTTAGCTCCGCCGTTCAACGTCAGTATCACCAGAAATATGGCTTCAATAAGATGATACCTGTAGCAGCAAACGATGTTGCTTTCTCCATTCACGCAGTTGTCCTAACTGCATTTACCTTATTCCAGATAGCCATCTATGATCGTGGAGGTCAAAAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

182 aa · TkA08G348520|TK1151|PROTEIN

MLIETCSVIGLNFDFVVLNLTKHSSYLIYNASVFFSSAVQRQYHQKYGFNKMIPVAANDVAFSIHAVVLTAFTLFQIAIYDRGGQKVSKTSISILSVAWLTVIICVFIAIPNHSWLWLVSCFSTLQVVMTVIKYITQAVMNFKRKSTVGFSIGNILLDLLGGLANYGQMAVQSIDQHSWVNF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G348520`
TK1151 ID	TkA08G348520
OH-1004 ID	LXL04_006080
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.703 / OH-1004 65.428 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G348520

位置 Chr08:89312088-89314110 (+)

描述 Similar to At5g40670: Cystinosin homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g40670`	被认为将半胱氨酸从溶酶体中转运出来。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006080 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006520 amino acid metabolic process 生物过程

GO:0006749 glutathione metabolic process 生物过程

GO:0010730 negative regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process 生物过程

GO:0010918 positive regulation of mitochondrial membrane potential 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0015811 L-cystine transport 生物过程

GO:0035623 renal D-glucose absorption 生物过程

GO:0035672 oligopeptide transmembrane transport 生物过程

GO:0042438 melanin biosynthetic process 生物过程

GO:0046034 ATP metabolic process 生物过程

GO:0048021 regulation of melanin biosynthetic process 生物过程

GO:0048731 system development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G40670

bta:613527

ddi:DDB_G0279445

hsa:1497

mmu:83429

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.380

排名 1 · TkA08G348520 · TK1151

细胞膜0.237

排名 2 · TkA08G348520 · TK1151

细胞质0.224

排名 3 · TkA08G348520 · TK1151

高尔基体0.180

排名 4 · TkA08G348520 · TK1151

内质网0.177

排名 5 · TkA08G348520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04193PQ-loop7-35 aa

PF06271RDD62-118 aa

PF04193PQ-loop98-108 aa

PF04193PQ-loop119-175 aa

PF06271RDD124-149 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G348520	`PF04193`	PQ-loop	7	35	2.5e-13	50.3
TkA08G348520	`PF06271`	RDD	62	118	0.89	10.6
TkA08G348520	`PF04193`	PQ-loop	98	108	2.5e-13	50.3
TkA08G348520	`PF04193`	PQ-loop	119	175	2.5e-13	50.3
TkA08G348520	`PF06271`	RDD	124	149	0.89	10.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P57758`	拟南芥	sp\|P57758\|CTNS_ARATH Cystinosin homolog	68.800%	Swiss-Prot	高置信

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