TkA08G341490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G341490

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 87561666-87565503 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1377 bp · TkA08G341490|TK1151|cDNA

GTAAACTCCCTTTATGCTAAAATATCAAATTGGAAATTTCTTGGAAACTCCCATTGAGGTACTCAGACCATTATATACTTGCAATGTAACTTGGATCATAAAAGTCAACACATCGATGGCATCATCCTCATCGTCTCTTTCTGCTCCTGCCTTTTCTTCCACATCTTGGAAGTACCATGTCTTTCTTAGCTTTAGAGGAGACGATACTCGCAATACCTTTGCGGACCATCTTTACTCGGCTTTGGAACAAAGAGGTATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

741 bp · TkA08G341490|TK1151|CDS

ATGGAACTTTGGGGTGTGGAACAACTAGTCATGACACCAGATTTTGATGGGCTTCCAAATCTTGAAATACTCTCTCTTACTAGATGTTTGTATTTAGAAGAGATTCATCCATCAATTCAACGCTTGGAAAGGCTTGTTTCCTTAACTATTGAATTCTGTAACCGTCTTAAGACGTGTCCACCCATTACCCAACCAAAGAAACTTCAGACCCTTTCTTTCAGTCACTGCCCCATGCTAGGGCGTATTCATTTGGATGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

247 aa · TkA08G341490|TK1151|PROTEIN

MELWGVEQLVMTPDFDGLPNLEILSLTRCLYLEEIHPSIQRLERLVSLTIEFCNRLKTCPPITQPKKLQTLSFSHCPMLGRIHLDDDEGKVASNRDSMTNSLGTWLTCLRSNHPGVEQPCLEEPCLRDNNMNPCFGLRYFLEGLRDLNLGWCRLGNEVIGTADWELPNLEELNLEYNKFSRLSFSRLRLPRLKFLNVRGCRGLVELLELPSSIFVVNADWCNSLQSFGDFKVQMAMESLKCLGEQSY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G341490`
TK1151 ID	TkA08G341490
OH-1004 ID	LXL04_025723
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.713 / OH-1004 10.538 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G341490`
位置	Chr08:87561666-87565503 (-)
描述	Similar to ROQ1: Disease resistance protein Roq1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025723` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006952 defense response 生物过程 GO:0007165 signal transduction 生物过程 GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程 GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程 GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程 GO:0050832 defense response to fungus 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0043531 ADP binding 分子功能 GO:0050135 NADP+ nucleosidase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.603

排名 1 · TkA08G341490 · TK1151

细胞质0.224

排名 2 · TkA08G341490 · TK1151

细胞膜0.182

排名 3 · TkA08G341490 · TK1151

内质网0.074

排名 4 · TkA08G341490 · TK1151

质体0.051

排名 5 · TkA08G341490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25019LRR_R13L1-DRL212-29 aa

PF12799LRR_415-34 aa

PF13855LRR_815-54 aa

PF23598LRR_1418-73 aa

PF12799LRR_419-62 aa

PF13516LRR_619-29 aa

PF00560LRR_120-42 aa

PF23247LRR_RPS220-58 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G341490	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	2	29	0.00016	22.3
TkA08G341490	`PF12799`	LRR_4	15	34	3.8e-09	37.2
TkA08G341490	`PF13855`	LRR_8	15	54	1.7e-07	31.6
TkA08G341490	`PF23598`	LRR_14	18	73	0.017	14.6
TkA08G341490	`PF12799`	LRR_4	19	62	3.8e-09	37.2
TkA08G341490	`PF13516`	LRR_6	19	29	2e-05	25.0
TkA08G341490	`PF00560`	LRR_1	20	42	8.2e-06	25.7
TkA08G341490	`PF23247`	LRR_RPS2	20	58	0.0032	18.2
TkA08G341490	`PF23286`	LRR_13	37	82	0.00056	20.4
TkA08G341490	`PF23952`	LRR_EndoS	39	86	0.24	12.3
TkA08G341490	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	40	76	0.00016	22.3
TkA08G341490	`PF00560`	LRR_1	45	61	8.2e-06	25.7
TkA08G341490	`PF13516`	LRR_6	66	77	2e-05	25.0
TkA08G341490	`PF12799`	LRR_4	67	77	3.8e-09	37.2
TkA08G341490	`PF00560`	LRR_1	67	82	8.2e-06	25.7
TkA08G341490	`PF13855`	LRR_8	68	85	1.7e-07	31.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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