TkA08G320530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G320530

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 82770827-82772617 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

549 bp · TkA08G320530|TK1151|cDNA

ATGGCTGTGAAACAAGATTGGTCTATTGAAGATTTCGAGATCGGGAAACCCCTCGGCAAGGGACTCGCCCGTGAAGTCAAGTCCTATTCAACGGGTTCTCCTATTCTTTACAAGTTCAGGATTATGACTTTTTCCACAGCTGAGAAAGAAGAATACTTTTTTGCCAATAAGATGTTTGAAACTTCATCAGCACTTGACAATCTGCATGGACAAATGAAGTCTCTGTCTGTGAAGCTGGAATCGTCAGAAGAAACTATTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

549 bp · TkA08G320530|TK1151|CDS

ATGGCTGTGAAACAAGATTGGTCTATTGAAGATTTCGAGATCGGGAAACCCCTCGGCAAGGGACTCGCCCGTGAAGTCAAGTCCTATTCAACGGGTTCTCCTATTCTTTACAAGTTCAGGATTATGACTTTTTCCACAGCTGAGAAAGAAGAATACTTTTTTGCCAATAAGATGTTTGAAACTTCATCAGCACTTGACAATCTGCATGGACAAATGAAGTCTCTGTCTGTGAAGCTGGAATCGTCAGAAGAAACTATTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

182 aa · TkA08G320530|TK1151|PROTEIN

MAVKQDWSIEDFEIGKPLGKGLAREVKSYSTGSPILYKFRIMTFSTAEKEEYFFANKMFETSSALDNLHGQMKSLSVKLESSEETIRNREKQLEELAVSKETVDKQLRDEHCKVLTSKEDNFNNMKGLYEGKEKENTDLIATNKNLSEHLDNTIQENHSLEIFVKMLTLNLADLDRQSAVKA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G320530`
TK1151 ID	TkA08G320530
OH-1004 ID	LXL04_004578
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	73.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G320530`
位置	Chr08:82770827-82772617 (+)
描述	Similar to ZYP1A: Synaptonemal complex protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_004578` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程 GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程 GO:0051301 cell division 生物过程 GO:0051878 lateral element assembly 生物过程 GO:0000795 synaptonemal complex 细胞组分 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0060090 molecular adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G22260 ath:AT1G22275 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.551

排名 1 · TkA08G320530 · TK1151

细胞核0.364

排名 2 · TkA08G320530 · TK1151

线粒体0.064

排名 3 · TkA08G320530 · TK1151

细胞膜0.045

排名 4 · TkA08G320530 · TK1151

内质网0.038

排名 5 · TkA08G320530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27695CEP131_C45-146 aa

PF17675APG6_N46-111 aa

PF19220Rod_CreS48-178 aa

PF16526CLZ51-95 aa

PF16046FAM7655-131 aa

PF13863DUF420057-164 aa

PF16454PI3K_P85_iSH258-119 aa

PF24423OVT161-111 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G320530	`PF27695`	CEP131_C	45	146	0.0049	16.7
TkA08G320530	`PF17675`	APG6_N	46	111	4.0	8.6
TkA08G320530	`PF19220`	Rod_CreS	48	178	0.0029	17.5
TkA08G320530	`PF16526`	CLZ	51	95	0.026	15.6
TkA08G320530	`PF16046`	FAM76	55	131	0.32	11.1
TkA08G320530	`PF13863`	DUF4200	57	164	0.28	12.2
TkA08G320530	`PF16454`	PI3K_P85_iSH2	58	119	0.48	10.7
TkA08G320530	`PF24423`	OVT1	61	111	1.3	10.2
TkA08G320530	`PF24627`	PUMA_CC	65	106	0.0034	18.1
TkA08G320530	`PF24319`	DUF7491	66	102	0.21	12.6
TkA08G320530	`PF26666`	DUF8221	71	160	0.14	13.0
TkA08G320530	`PF14197`	Cep57_CLD_2	79	111	7.6	7.4
TkA08G320530	`PF06472`	ABC_membrane_2	82	167	0.22	11.6
TkA08G320530	`PF24319`	DUF7491	113	159	0.21	12.6
TkA08G320530	`PF24423`	OVT1	122	158	1.3	10.2
TkA08G320530	`PF27401`	YpuD_C	128	164	0.12	13.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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