TkA08G300420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G300420

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 77828705-77832385 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

726 bp · TkA08G300420|TK1151|cDNA

ATGACTGCATCTTTTCTTTGTAATGCATTTGAGTTGTTTTTGTTTTTAATTTATTTTCTTCTGCAGGCACATGCTGCTTCAGCAGTGTTGAATTTCAGTGAGAACTGTACTCCTGATATCTTGACACCTTACTTAGATGGAATAGTGAGCAAACTGCTTGTGTTATTACAGAACGGTAAACAAATGGTTCAAGAAGGGGCCTTGACTGATCTAGCATCAGTTGCTGACTTATCACAGATTCAAAACCCACAAGAAGATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

726 bp · TkA08G300420|TK1151|CDS

ATGACTGCATCTTTTCTTTGTAATGCATTTGAGTTGTTTTTGTTTTTAATTTATTTTCTTCTGCAGGCACATGCTGCTTCAGCAGTGTTGAATTTCAGTGAGAACTGTACTCCTGATATCTTGACACCTTACTTAGATGGAATAGTGAGCAAACTGCTTGTGTTATTACAGAACGGTAAACAAATGGTTCAAGAAGGGGCCTTGACTGATCTAGCATCAGTTGCTGACTTATCACAGATTCAAAACCCACAAGAAGATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

241 aa · TkA08G300420|TK1151|PROTEIN

MTASFLCNAFELFLFLIYFLLQAHAASAVLNFSENCTPDILTPYLDGIVSKLLVLLQNGKQMVQEGALTDLASVADLSQIQNPQEDSQRMIAVRKVYQKATVTPTHHVEQHWRDYENFENSVSRALVTFLMQKEGLIFEYQPKYNTARAVYRERKKYVDEIDWNLVAVPPSDFVDLNSLPDLLPDLVYSSSYAKEIRMLCKNGFGQVSTYWMHVSVKNCGFFGLIRTVCRCLLIGFFVGLN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G300420`
TK1151 ID	TkA08G300420
OH-1004 ID	LXL04_019614
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	82.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 30.290 / OH-1004 44.737 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G300420

位置 Chr08:77828705-77832385 (+)

描述 Similar to IPO5: Importin-5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17760`	多聚腺苷酸化和前mRNA 3'端切割所需的多种因素之一（通过相似性）。	Targeted 3' processing of antisense transcripts triggers Arabidopsis FLC chromatin silencing.2010 · DOI: 10.1126/science.1180278

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019614 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002753 cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0006607 NLS-bearing protein import into nucleus 生物过程

GO:0006610 ribosomal protein import into nucleus 生物过程

GO:0007088 regulation of mitotic nuclear division 生物过程

GO:0042307 positive regulation of protein import into nucleus 生物过程

GO:0045786 negative regulation of cell cycle 生物过程

GO:0060188 regulation of protein desumoylation 生物过程

GO:0071230 cellular response to amino acid stimulus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

hsa:26953

hsa:3843

mmu:70572

sce:YMR308C

spo:2539387

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.425

排名 1 · TkA08G300420 · TK1151

细胞核0.407

排名 2 · TkA08G300420 · TK1151

线粒体0.128

排名 3 · TkA08G300420 · TK1151

内质网0.090

排名 4 · TkA08G300420 · TK1151

细胞膜0.082

排名 5 · TkA08G300420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23695YncO9-36 aa

PF13513HEAT_EZ22-72 aa

PF00514Arm47-68 aa

PF05843Suf82-171 aa

PF23695YncO96-113 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G300420	`PF23695`	YncO	9	36	0.28	11.8
TkA08G300420	`PF13513`	HEAT_EZ	22	72	1.1e-05	26.5
TkA08G300420	`PF00514`	Arm	47	68	0.19	12.5
TkA08G300420	`PF05843`	Suf	82	171	2.8e-18	66.5
TkA08G300420	`PF23695`	YncO	96	113	0.28	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GUP1`	拟南芥	sp\|Q8GUP1\|CTF77_ARATH Cleavage stimulation factor subunit 77	63.300%	Swiss-Prot	低置信

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