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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G296820
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 76943848-76946109 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1467 bp · TkA08G296820|TK1151|cDNA

ATGTCTTCTTCAGGGGTCAACCTTGAAAATTATCTAATTCCGTTGGAGGAAATTAATCGTGCCACCGAAAACTTCATTCAGCAACGATGTATTGGAGGCGGTGGATTTGGTTTAGTCTACAAAGGCCAACTTTCTGAACGATGGCAAAACCGCACAGCTGCTATCAAACGGCTATGTCGAGATAGCTGCCAAGGAGAGCGCGAGTTCCGAAACGAGTTAGAGATGATCTCAAGATTCCACCATGAAAACATCATCTCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1467 bp · TkA08G296820|TK1151|CDS

ATGTCTTCTTCAGGGGTCAACCTTGAAAATTATCTAATTCCGTTGGAGGAAATTAATCGTGCCACCGAAAACTTCATTCAGCAACGATGTATTGGAGGCGGTGGATTTGGTTTAGTCTACAAAGGCCAACTTTCTGAACGATGGCAAAACCGCACAGCTGCTATCAAACGGCTATGTCGAGATAGCTGCCAAGGAGAGCGCGAGTTCCGAAACGAGTTAGAGATGATCTCAAGATTCCACCATGAAAACATCATCTCATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

488 aa · TkA08G296820|TK1151|PROTEIN

MSSSGVNLENYLIPLEEINRATENFIQQRCIGGGGFGLVYKGQLSERWQNRTAAIKRLCRDSCQGEREFRNELEMISRFHHENIISFIGYCDEGNEMIIVYDYATNGSLDHHLQHRNKMCCITWIQRLKICIGAARGLNYLHSGLGEHNRVIHRDVKSSNILLDENLVAKICDFGLSKVGPRNQPDTQVYTRVAGTQFYLDPTYHESRILRKESDVYSFGIVMFEILSGMLVYRENDEQQLLMTSVRRYYKKEPQKKRPT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G296820
TK1151 IDTkA08G296820
OH-1004 IDLXL04_033671
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)82.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 72.951 / OH-1004 65.882
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G296820
位置Chr08:76943848-76946109 (-)
描述Similar to PUB13: U-box domain-containing protein 13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g59700 可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。 暂无已核实直接文献
At3g46290 营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇 独立的方式进行。
Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106
At5g39000 推测的受体样蛋白激酶At5g39000。 暂无已核实直接文献
At5g38990 可能的受体样蛋白激酶At5g38990。 暂无已核实直接文献
At2g39360 可能的受体样蛋白激酶 At2g39360。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033671 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0070696 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28830
ath:AT3G46510
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.605
排名 1 · TkA08G296820 · TK1151
细胞核0.356
排名 2 · TkA08G296820 · TK1151
细胞膜0.226
排名 3 · TkA08G296820 · TK1151
线粒体0.045
排名 4 · TkA08G296820 · TK1151
内质网0.043
排名 5 · TkA08G296820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase27-282 aa
PF07714PK_Tyr_Ser-Thr28-267 aa
PF01636APH142-182 aa
PF12330Haspin_kinase153-198 aa
PF25598ARM_PUB288-393 aa
PF30701ARMC6301-375 aa
PF00514Arm314-353 aa
PF24768ARM_ARMC5315-475 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G296820PF00069Pkinase272823.4e-43148.7
TkA08G296820PF07714PK_Tyr_Ser-Thr282671.1e-45156.7
TkA08G296820PF01636APH1421820.0116.3
TkA08G296820PF12330Haspin_kinase1531980.02114.6
TkA08G296820PF25598ARM_PUB2883936.9e-1349.4
TkA08G296820PF30701ARMC63013750.01714.4
TkA08G296820PF00514Arm3143539.2e-2483.4
TkA08G296820PF24768ARM_ARMC53154752.8e-1040.8
TkA08G296820PF04826Arm_23183620.07813.2
TkA08G296820PF28415SIL1_FES1_HPBP1_C3203530.004717.1
TkA08G296820PF23654ARM_LIN_2nd3204200.06113.6
TkA08G296820PF13646HEAT_23223491.9e-0525.6
TkA08G296820PF02985HEAT3263520.006317.4
TkA08G296820PF13513HEAT_EZ3263490.01516.5
TkA08G296820PF00514Arm3573939.2e-2483.4
TkA08G296820PF28415SIL1_FES1_HPBP1_C3593900.004717.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FN92拟南芥sp|Q9FN92|Y5597_ARATH Probable receptor-like protein kinase At5g5970052.600%Swiss-Prot低置信
Q9LX66拟南芥sp|Q9LX66|HERK_ARATH Receptor-like protein kinase HERK 153.700%Swiss-Prot低置信
Q9FID8拟南芥sp|Q9FID8|Y5900_ARATH Putative receptor-like protein kinase At5g3900043.500%Swiss-Prot中等置信
Q9FID9拟南芥sp|Q9FID9|Y5389_ARATH Probable receptor-like protein kinase At5g3899042.500%Swiss-Prot中等置信
O80623拟南芥sp|O80623|Y2393_ARATH Probable receptor-like protein kinase At2g3936050.200%Swiss-Prot低置信

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