RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G295400
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 76557639-76567548 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1255 bp · TkA08G295400|TK1151|cDNA

CGTTTGCGTGTATACTGATCTGTTTGTAGTTCCTATGAGATGTGTCTTCAAGAGGTCTAGATTTCAACAGGAGGTTGGTTGCGTTGTCCAGCGACTTGATTGCTTCGTGGCTCAGACACCCCCACCGGGTGTGTGGTCTGTCCAGTAAGCGGAATATTCCGGAAGGTGGCAGCATGAAGTCTGAAATTGACGAGTACATTGAATCAGTTTCCATGGCGGTGATGACTCGGTGGCAGCATACCAATGGCTTACTTGCAGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

699 bp · TkA08G295400|TK1151|CDS

ATGGCTTACTTGCAGGGTCTAGGGTCTGGTCTGAGACTGACTCCTTCGTTATCGAGGGGCTCAAGTTCATTGAAGGTAGACCTCCAAGTAGGGTTACCAAACTTGAAGTCCGTGGCAGTACACAATGGGAGAAACGATTTGATGATCTCACCAAGTACACCCATGGCTTACTTCCACGCTCGCGTTTTTTCGGAATACATTGGGATGGACAAAGATTCCCAAGAGTTTGCTGGGGAGGTGTTCGATGCATTAACTCGAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

232 aa · TkA08G295400|TK1151|PROTEIN

MAYLQGLGSGLRLTPSLSRGSSSLKVDLQVGLPNLKSVAVHNGRNDLMISPSTPMAYFHARVFSEYIGMDKDSQEFAGEVFDALTRRRNIIVDSVNKQIMKDFLNQISLQSFDSRLQTFLDMIDTDGDGRITKDDVTKIIRLSASTNKLPNIENQGDKYAAFIMEELDPDNLGYLMIESLEMLLLRAQHNVREESVNLKTRQSGNPVRRWYQDLRGVLLWRASTSKRAETIS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G295400
TK1151 IDTkA08G295400
OH-1004 IDLXL04_033657
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 65.517 / OH-1004 17.411
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G295400
位置Chr08:76557639-76567548 (+)
描述Similar to RBOHC: Respiratory burst oxidase homolog protein C
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g51060 钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。
Reactive oxygen species produced by NADPH oxidase regulate plant cell growth.2003 · DOI: 10.1038/nature01485
Hydrogen peroxide mediates plant root cell response to nutrient deprivation.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0401707101
At5g47910 钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。
Arabidopsis gp91phox homologues AtrbohD and AtrbohF are required for accumulation of reactive oxygen intermediates in the plant defense response.2002 · DOI: 10.1073/pnas.012452499
NADPH oxidase AtrbohD and AtrbohF genes function in ROS-dependent ABA signaling in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg277
Cytosolic ascorbate peroxidase 1 is a central component of the reactive oxygen gene network of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.026971
Extracellular ATP induces the accumulation of superoxide via NADPH oxidases in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.073072
The role of NADPH oxidase and MAP kinase phosphatase in UV-B-dependent gene expression in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2006.01555.x
Arabidopsis thaliana expresses multiple lines of defense to counterattack Erwinia chrysanthemi.2007 · DOI: 10.1094/mpmi-20-7-0794
The MAP4 Kinase SIK1 Ensures Robust Extracellular ROS Burst and Antibacterial Immunity in Plants.2018 · DOI: 10.1016/j.chom.2018.08.007
At4g25090 钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033657 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009060 aerobic respiration 生物过程
GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程
GO:0033198 response to ATP 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0004601 peroxidase activity 分子功能
GO:0005509 calcium ion binding 分子功能
GO:0016174 NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G51060
sot:102586476
sot:102598898
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.329
排名 1 · TkA08G295400 · TK1151
细胞核0.240
排名 2 · TkA08G295400 · TK1151
细胞膜0.215
排名 3 · TkA08G295400 · TK1151
线粒体0.179
排名 4 · TkA08G295400 · TK1151
内质网0.128
排名 5 · TkA08G295400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08414NADPH_Ox58-114 aa
PF09447Cnl2_NKP279-102 aa
PF20016ThsA_Macro79-192 aa
PF30624EF_SSP12086-110 aa
PF05733Tenui_N90-143 aa
PF30624EF_SSP120109-173 aa
PF13499EF-hand_7114-173 aa
PF13833EF-hand_8114-135 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G295400PF08414NADPH_Ox581145.1e-1453.1
TkA08G295400PF09447Cnl2_NKP2791020.05914.2
TkA08G295400PF20016ThsA_Macro791920.08813.2
TkA08G295400PF30624EF_SSP120861100.2113.0
TkA08G295400PF05733Tenui_N901430.06113.6
TkA08G295400PF30624EF_SSP1201091730.2113.0
TkA08G295400PF13499EF-hand_71141732.7e-0628.3
TkA08G295400PF13833EF-hand_81141350.00417.6
TkA08G295400PF00036EF-hand_11161419.1e-0625.6
TkA08G295400PF13405EF-hand_61161412.8e-0524.2
TkA08G295400PF13202EF-hand_51161350.0005220.1
TkA08G295400PF08414NADPH_Ox1281455.1e-1453.1
TkA08G295400PF13499EF-hand_71611952.7e-0628.3
TkA08G295400PF00036EF-hand_11631789.1e-0625.6
TkA08G295400PF13833EF-hand_81631770.00417.6
TkA08G295400PF13405EF-hand_61651832.8e-0524.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81210拟南芥sp|O81210|RBOHC_ARATH Respiratory burst oxidase homolog protein C51.500%Swiss-Prot中等置信
Q9FIJ0拟南芥sp|Q9FIJ0|RBOHD_ARATH Respiratory burst oxidase homolog protein D47.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SW17拟南芥sp|Q9SW17|RBOHG_ARATH Putative respiratory burst oxidase homolog protein G46.200%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看