TkA08G295120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G295120

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 76478230-76480708 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2115 bp · TkA08G295120|TK1151|cDNA

ATGTCAAGTTTTCAAACTGATCAGTTTTTTAGTAGTCGTGAAAATGTAGAGAATTGGGTGCGAAATGTAGGACGGAATCTCGGGTATGTGGTTGTTACTAGAAGAACAAAGCAAAAAAATGGCTATTTGTCGAGAGTTATTTTTATGTGTGATCGGGGTGGTGTGTTTAAAGGTCAGGAGACGTCCTCCAGAAATACTGGAACAAGAAAAATAGATTGTCCATTCGAATTGCATGCTTGTTACTATAAGTCAAATGATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2115 bp · TkA08G295120|TK1151|CDS

ATGTCAAGTTTTCAAACTGATCAGTTTTTTAGTAGTCGTGAAAATGTAGAGAATTGGGTGCGAAATGTAGGACGGAATCTCGGGTATGTGGTTGTTACTAGAAGAACAAAGCAAAAAAATGGCTATTTGTCGAGAGTTATTTTTATGTGTGATCGGGGTGGTGTGTTTAAAGGTCAGGAGACGTCCTCCAGAAATACTGGAACAAGAAAAATAGATTGTCCATTCGAATTGCATGCTTGTTACTATAAGTCAAATGATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

704 aa · TkA08G295120|TK1151|PROTEIN

MSSFQTDQFFSSRENVENWVRNVGRNLGYVVVTRRTKQKNGYLSRVIFMCDRGGVFKGQETSSRNTGTRKIDCPFELHACYYKSNDVWMLKVKNDQHNHEPAMFLEGHPFARRLTPKEVEMVAEMRRNNVPPWKILEVLKSHNENNVSTIKTIYNESNKIRIDERAGRSQMQVVFGFLHSKNIFEYRKNDTTNALEDIFFVHPTSLVICRAFPQIMMMDATYKTNKYNMPFLEIVGVTSTNTTFCIGFGFMNEEKESNYI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G295120`
TK1151 ID	TkA08G295120
OH-1004 ID	LXL04_030089
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 53.977 / OH-1004 87.162 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G295120

位置 Chr08:76478230-76480708 (-)

描述 Similar to CHGG_01239: PKS-NRPS hybrid synthetase CHGG_01239 (Chaetomium globosum (strain ATCC 6205 / CBS 148.51 / DSM 1962 / NBRC 6347 / NRRL 1970)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g52520`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	Arabidopsis FHY3/FAR1 gene family and distinct roles of its members in light control of Arabidopsis development.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.052191

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030089 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009403 toxin biosynthetic process 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0004312 fatty acid synthase activity 分子功能

GO:0004315 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity 分子功能

GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0016853 isomerase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G52520

ath:AT2G27110

ath:AT2G32250

ath:AT4G38180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.921

排名 1 · TkA08G295120 · TK1151

细胞质0.220

排名 2 · TkA08G295120 · TK1151

线粒体0.015

排名 3 · TkA08G295120 · TK1151

细胞膜0.015

排名 4 · TkA08G295120 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA08G295120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08731AFT10-100 aa

PF03101FAR124-100 aa

PF15292Treslin_M84-140 aa

PF07261DnaB_2110-153 aa

PF03101FAR1124-144 aa

PF21056ZSWIM1-3_RNaseH-like179-299 aa

PF08731AFT188-211 aa

PF10551MULE216-310 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G295120	`PF08731`	AFT	10	100	3.2e-07	31.3
TkA08G295120	`PF03101`	FAR1	24	100	4.8e-05	24.7
TkA08G295120	`PF15292`	Treslin_M	84	140	0.07	13.9
TkA08G295120	`PF07261`	DnaB_2	110	153	0.085	13.4
TkA08G295120	`PF03101`	FAR1	124	144	4.8e-05	24.7
TkA08G295120	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	179	299	3e-12	47.3
TkA08G295120	`PF08731`	AFT	188	211	3.2e-07	31.3
TkA08G295120	`PF10551`	MULE	216	310	1.8e-26	93.1
TkA08G295120	`PF00872`	Transposase_mut	234	319	0.016	14.8
TkA08G295120	`PF10275`	Peptidase_C65	513	533	0.033	14.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SSQ4`	拟南芥	sp\|Q9SSQ4\|FRS6_ARATH Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 6	25.000%	Swiss-Prot	低置信

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