RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G293140
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 75969755-75972431 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2270 bp · TkA08G293140|TK1151|cDNA

GCAAACTCCATTCCTTTATTTATTTGTAGGCACTAGGGTGATTATTCTACTTATAATTGTATATTAATAAAGTTTAGTAGTTTACCTACTGACTCCACCTTACGTCCTCCCATCCCCTTCTTTGTCCCCATAAACTGGCTAACGCCTCCCATCTTTCTCTACCCATCCATCCAGAGCCACCACAAATAGCCACCACCGTTCACAATCAACTAACGACCCCAGCCCCTTCCCTGGCCATCACCCTCTAATACAAACGTATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1824 bp · TkA08G293140|TK1151|CDS

ATGTCTTTTTCCGGGTTAAACCTTGAAAGTTATCAAATTCCACTGGATGAGATCAAGTGTGCCACCGACAACTTCAGTCATGAAAGATGTATCGGAGGTGGTGGATTTGGTGCCGTCTACAAAGGACAGCTCCGGAACCGCATCGTTGCCGTCAAACGGTTAGGTCCAGACAGCTACCAAGGAGAACGTGAGTTCCGCAACGAGGTAGAGATCATTTCTAGATTCCACCATGAAAACATCATCTCTTTCATTGGTTACTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

607 aa · TkA08G293140|TK1151|PROTEIN

MSFSGLNLESYQIPLDEIKCATDNFSHERCIGGGGFGAVYKGQLRNRIVAVKRLGPDSYQGEREFRNEVEIISRFHHENIISFIGYCDEEKEMIIVYEYAMNGSLDHHLQYPNKMSCITWTQRLKICIGAARGLDYLHSGLGEHNTVIHRDVKSANILLDDSLVAKICDFGLSKLGPKDQQDTQLYTKVAGTQFYLDPTYNESQILKKESDVYSFGVVLFEILSGMLVYHKRCIGDKQRLLMNIVRRYHEDDPDKVIDPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G293140
TK1151 IDTkA08G293140
OH-1004 IDLXL04_000723
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)72.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.364 / OH-1004 90.592
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G293140
位置Chr08:75969755-75972431 (+)
描述Similar to PUB13: U-box domain-containing protein 13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g59700 可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。 暂无已核实直接文献
At3g46290 营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇 独立的方式进行。
Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106
At2g39360 可能的受体样蛋白激酶 At2g39360。 暂无已核实直接文献
At5g39000 推测的受体样蛋白激酶At5g39000。 暂无已核实直接文献
At5g38990 可能的受体样蛋白激酶At5g38990。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000723 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程
GO:0010483 pollen tube reception 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28830
ath:AT3G46290
ath:AT3G46510
dosa:Os12g0570000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.548
排名 1 · TkA08G293140 · TK1151
细胞核0.305
排名 2 · TkA08G293140 · TK1151
细胞膜0.296
排名 3 · TkA08G293140 · TK1151
内质网0.042
排名 4 · TkA08G293140 · TK1151
高尔基体0.039
排名 5 · TkA08G293140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase26-296 aa
PF07714PK_Tyr_Ser-Thr28-298 aa
PF01636APH136-177 aa
PF12330Haspin_kinase149-194 aa
PF24768ARM_ARMC5287-379 aa
PF25598ARM_PUB323-585 aa
PF24768ARM_ARMC5348-493 aa
PF00514Arm350-389 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G293140PF00069Pkinase262965.3e-46157.9
TkA08G293140PF07714PK_Tyr_Ser-Thr282987e-45154.1
TkA08G293140PF01636APH1361770.0613.8
TkA08G293140PF12330Haspin_kinase1491940.06613.0
TkA08G293140PF24768ARM_ARMC52873792.2e-2177.2
TkA08G293140PF25598ARM_PUB3235858.4e-2175.4
TkA08G293140PF24768ARM_ARMC53484932.2e-2177.2
TkA08G293140PF00514Arm3503892.3e-2691.6
TkA08G293140PF24768ARM_ARMC53505762.2e-2177.2
TkA08G293140PF00514Arm3914312.3e-2691.6
TkA08G293140PF00514Arm4394712.3e-2691.6
TkA08G293140PF00514Arm4754942.3e-2691.6
TkA08G293140PF00514Arm5125342.3e-2691.6
TkA08G293140PF00514Arm5405532.3e-2691.6
TkA08G293140PF00514Arm5625772.3e-2691.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FN92拟南芥sp|Q9FN92|Y5597_ARATH Probable receptor-like protein kinase At5g5970046.200%Swiss-Prot中等置信
Q9LX66拟南芥sp|Q9LX66|HERK_ARATH Receptor-like protein kinase HERK 145.600%Swiss-Prot中等置信
O80623拟南芥sp|O80623|Y2393_ARATH Probable receptor-like protein kinase At2g3936046.100%Swiss-Prot低置信
Q9FID8拟南芥sp|Q9FID8|Y5900_ARATH Putative receptor-like protein kinase At5g3900044.900%Swiss-Prot低置信
Q9FID9拟南芥sp|Q9FID9|Y5389_ARATH Probable receptor-like protein kinase At5g3899044.500%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看