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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G291270
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 75517501-75520176 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2358 bp · TkA08G291270|TK1151|cDNA

ATGCGACCTTCAAAGTTGCATCCGTTCGCCCAGCAAATTCAAGAATCCCTCTACGTTCAAATCTCAAGAGCACTGTCTTCAACATTAAACATCAAAGAACTTCACAGAATCCATTCAGTTCTAATTACTTTAGGACTCGATAGAACAGTCTTCTTCTCTGGCAAACTCATCAGCAAATACTCTCAGCTGAAAGACCCACATTCATGTTCAAAGGTCTTCATCAGGGTTTCTCCTACCAACAATGTCTATCAATGGAACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2358 bp · TkA08G291270|TK1151|CDS

ATGCGACCTTCAAAGTTGCATCCGTTCGCCCAGCAAATTCAAGAATCCCTCTACGTTCAAATCTCAAGAGCACTGTCTTCAACATTAAACATCAAAGAACTTCACAGAATCCATTCAGTTCTAATTACTTTAGGACTCGATAGAACAGTCTTCTTCTCTGGCAAACTCATCAGCAAATACTCTCAGCTGAAAGACCCACATTCATGTTCAAAGGTCTTCATCAGGGTTTCTCCTACCAACAATGTCTATCAATGGAACAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

785 aa · TkA08G291270|TK1151|PROTEIN

MRPSKLHPFAQQIQESLYVQISRALSSTLNIKELHRIHSVLITLGLDRTVFFSGKLISKYSQLKDPHSCSKVFIRVSPTNNVYQWNTIIRAMTHNGLFTEALDHYTKMRVMNIKPDTFTFPSVINSCAGSGKFETAKIVHEHVLELGYQSDLYIGNALIDMYARFSTLDKARQVFDEMPKRDTVSWNSLVSGYSAHEEWEEALDTFYHSRTAGLTPDSFMVSSVLPACSGLNTITEGQTVHGLSVKLGINISTRVCNALL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G291270
TK1151 IDTkA08G291270
OH-1004 IDLXL04_033645
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)86.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G291270
位置Chr08:75517501-75520176 (+)
描述Similar to PCMP-H23: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g03580
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g03580 含五肽重复序列的蛋白 At3g03580。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献
At1g15510 调节叶绿体转录本 accD 的 RNA 编辑，对于叶绿体生物发生的早期阶段至关重要。
AtECB2, a pentatricopeptide repeat protein, is required for chloroplast transcript accD RNA editing and early chloroplast biogenesis in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03930.x
Editing of accD and ndhF chloroplast transcripts is partially affected in the Arabidopsis vanilla cream1 mutant.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9616-5
A point mutation in the pentatricopeptide repeat motif of the AtECB2 protein causes delayed chloroplast development.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01030.x
At1g18485 含五重复肽结构域的蛋白 At1g18485。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033645 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G03580
ath:AT3G57430
ath:AT3G63370
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.679
排名 1 · TkA08G291270 · TK1151
质体0.200
排名 2 · TkA08G291270 · TK1151
细胞核0.041
排名 3 · TkA08G291270 · TK1151
细胞质0.033
排名 4 · TkA08G291270 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA08G291270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N55-139 aa
PF01535PPR56-74 aa
PF13812PPR_356-76 aa
PF13041PPR_281-128 aa
PF13812PPR_381-129 aa
PF12854PPR_181-108 aa
PF23276TPR_2482-177 aa
PF01535PPR85-112 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G291270PF29070MSC6_N551392.4e-1557.3
TkA08G291270PF01535PPR56749.4e-64208.0
TkA08G291270PF13812PPR_356765.8e-32110.3
TkA08G291270PF13041PPR_2811281.1e-69231.1
TkA08G291270PF13812PPR_3811295.8e-32110.3
TkA08G291270PF12854PPR_1811081.9e-29101.8
TkA08G291270PF23276TPR_24821772.6e-1557.2
TkA08G291270PF01535PPR851129.4e-64208.0
TkA08G291270PF00515TPR_1951070.3511.5
TkA08G291270PF13176TPR_7961070.02715.2
TkA08G291270PF29978ATP18_TPR981400.01216.2
TkA08G291270PF17177PPR_long991786.7e-0936.1
TkA08G291270PF29070MSC6_N1031892.4e-1557.3
TkA08G291270PF12854PPR_11121361.9e-29101.8
TkA08G291270PF01535PPR1221479.4e-64208.0
TkA08G291270PF13812PPR_31431805.8e-32110.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SS60拟南芥sp|Q9SS60|PP210_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0358044.200%Swiss-Prot中等置信
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic31.300%Swiss-Prot中等置信
O81767拟南芥sp|O81767|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399032.900%Swiss-Prot中等置信
Q9M9E2拟南芥sp|Q9M9E2|PPR45_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic31.200%Swiss-Prot中等置信
Q0WN60拟南芥sp|Q0WN60|PPR48_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1848529.900%Swiss-Prot低置信

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