TkA08G278040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G278040

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 72293166-72297210 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1307 bp · TkA08G278040|TK1151|cDNA

ATTCAGAATAAATAATAATAAATTATTCAAAAAAAAATTGGAGAAAAGAAAAGCTGAGCAGCAAGCCAGCGCCGATCCTCGCCGACGTTCACAGTCTTACAGACATTCCTCCTTCTAGCGACTTCTGCTTTTATCCGCAATTCTTGTAGACAGACAGAAACAAAGCTTTTCGTCATGGCGACTATGGGCAGCTTGATTGGTCTTGTGAATCGTATACAAAGAGCGTGTACTGCTCTTGGCGACTACGGCGGTGGAGACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1914 bp · TkA08G278040|TK1151|CDS

ATGGCGACTATGGGCAGCTTGATTGGTCTTGTGAATCGTATACAAAGAGCGTGTACTGCTCTTGGCGACTACGGCGGTGGAGACTCCGCTTTGGCTTCCCTGTGGGACGCTCTTCCCTCCGTCGTCGTTGTCGGAGGCCAGAGTTCTGGAAAGTCGTCGGTGTTAGAGAGCATTGTTGGGAGGGATTTTCTTCCTAGAGGATCAGGAATTGTCACACGGCGACCCTTGGTGTTGCAGTTGCAGCAGATCGAAGGCCAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

637 aa · TkA08G278040|TK1151|PROTEIN

MATMGSLIGLVNRIQRACTALGDYGGGDSALASLWDALPSVVVVGGQSSGKSSVLESIVGRDFLPRGSGIVTRRPLVLQLQQIEGQVEYAEFGHMPQRRFTDFSLVRQEIQDETDRITGKSKQISPIPIHLSIYSPNVVNLTLIDLPGLTKVAVEGQPESIVEDIEKMVRTYVDKPNSIILAISPANQDIATSDAIKLAKEVDPLGERTFGVLTKLDLMDKGTNALDVLEGRAYRLQHPWVGIVNRSQADIIKNTDMIYA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G278040`
TK1151 ID	TkA08G278040
OH-1004 ID	LXL04_022574
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	65.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.802 / OH-1004 51.910 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G278040

位置 Chr08:72293166-72297210 (+)

描述 Similar to Dynamin-related protein 5A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g60190`	微管相关的产生力蛋白，在细胞分裂过程中定位于形成中的细胞板的管-泡网络。	Members of the Arabidopsis dynamin-like gene family, ADL1, are essential for plant cytokinesis and polarized cell growth.2003 · DOI: 10.1105/tpc.009670 Phragmoplastin dynamics: multiple forms, microtubule association and their roles in cell plate formation in plants.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000006936.50532.3a
`At1g14830`	微管相关产力蛋白，在细胞分裂过程中靶向于细胞板的生长边缘。	The dynamin-like protein ADL1C is essential for plasma membrane maintenance during pollen maturation.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01775.x Phragmoplastin dynamics: multiple forms, microtubule association and their roles in cell plate formation in plants.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000006936.50532.3a Comparison of the dynamics and functional redundancy of the Arabidopsis dynamin-related isoforms DRP1A and DRP1C during plant development.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.116863
`At2g44590`	假定的微管相关力产生蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022574 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009920 cell plate formation involved in plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010036 response to boron-containing substance 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0030100 regulation of endocytosis 生物过程

GO:0048480 stigma development 生物过程

GO:0048766 root hair initiation 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G60190

ath:AT3G61760

ath:AT5G42080

gmx:100037461

gmx:547855

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.616

排名 1 · TkA08G278040 · TK1151

细胞核0.188

排名 2 · TkA08G278040 · TK1151

线粒体0.163

排名 3 · TkA08G278040 · TK1151

过氧化物酶体0.122

排名 4 · TkA08G278040 · TK1151

细胞膜0.099

排名 5 · TkA08G278040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01580FtsK_SpoIIIE16-59 aa

PF00350Dynamin_N41-216 aa

PF01926MMR_HSR141-184 aa

PF01580FtsK_SpoIIIE132-165 aa

PF01031Dynamin_M224-492 aa

PF02212GED544-633 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G278040	`PF01580`	FtsK_SpoIIIE	16	59	0.18	12.0
TkA08G278040	`PF00350`	Dynamin_N	41	216	1e-55	189.0
TkA08G278040	`PF01926`	MMR_HSR1	41	184	0.0018	19.1
TkA08G278040	`PF01580`	FtsK_SpoIIIE	132	165	0.18	12.0
TkA08G278040	`PF01031`	Dynamin_M	224	492	2e-62	211.7
TkA08G278040	`PF02212`	GED	544	633	1.5e-21	77.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNX5`	拟南芥	sp\|Q9FNX5\|DRP1E_ARATH Phragmoplastin DRP1E	78.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LF21`	拟南芥	sp\|Q8LF21\|DRP1C_ARATH Phragmoplastin DRP1C	74.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q8S3C9`	拟南芥	sp\|Q8S3C9\|DRP1D_ARATH Phragmoplastin DRP1D	72.000%	Swiss-Prot	高置信

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