TkA08G276900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G276900

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 72027064-72032822 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1077 bp · TkA08G276900|TK1151|cDNA

ATGATCCGTAATAACTTCAACCCTCAAGGCAATTATTTTAACCAAAACTTTACTGATCCCCGAGCCTTTCTACAACCCGAATTCCTACAACCAAACTTCTATGGTGGAGGCTCTTCCCAACAAGAGGCGGTTCAAGAGACCCAAGAGGTAGTTCAAGAGACCCAAGAGGTGCCACAAACCGAACCAACGAGAAAAAGGAAGGCTACGAGGAGAAGGGCAACAAATGAAGCTCCTCAAGATGAGAAAATCCCTTGGATGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · TkA08G276900|TK1151|CDS

ATGATCCGTAATAACTTCAACCCTCAAGGCAATTATTTTAACCAAAACTTTACTGATCCCCGAGCCTTTCTACAACCCGAATTCCTACAACCAAACTTCTATGGTGGAGGCTCTTCCCAACAAGAGGCGGTTCAAGAGACCCAAGAGGTAGTTCAAGAGACCCAAGAGGTGCCACAAACCGAACCAACGAGAAAAAGGAAGGCTACGAGGAGAAGGGCAACAAATGAAGCTCCTCAAGATGAGAAAATCCCTTGGATGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

358 aa · TkA08G276900|TK1151|PROTEIN

MIRNNFNPQGNYFNQNFTDPRAFLQPEFLQPNFYGGGSSQQEAVQETQEVVQETQEVPQTEPTRKRKATRRRATNEAPQDEKIPWMDEELIALADAWCTTSHDEIRGNDQKKESFWKNIRTKFNETLGKPKDYRTCDSLSSKWTQMKTKLTKFNGIYMKIARNPPSGWNEVKILDEAHMLYKAQNRRIPFTLKHVWDRIRFEQKWQELPDNASVSSGSKRSHVDLENSMGSDAHVNFDLNDDNDKDEENIQEVDPLHSRP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G276900`
TK1151 ID	TkA08G276900
OH-1004 ID	LXL04_037050
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	58.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.162 / OH-1004 25.325 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G276900`
位置	Chr08:72027064-72032822 (+)
描述	Similar to ATG18A: Autophagy-related protein 18a
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_037050` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程 GO:0000422 autophagy of mitochondrion 生物过程 GO:0000425 pexophagy 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程 GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0010150 leaf senescence 生物过程 GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程 GO:0015031 protein transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G40810 ath:AT3G56440 ath:AT3G62770 ath:AT5G05150 xla:447310 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.961

排名 1 · TkA08G276900 · TK1151

细胞质0.139

排名 2 · TkA08G276900 · TK1151

线粒体0.016

排名 3 · TkA08G276900 · TK1151

细胞膜0.013

排名 4 · TkA08G276900 · TK1151

细胞外0.009

排名 5 · TkA08G276900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14303NAM-associated45-78 aa

PF19259Ty3_capsid78-172 aa

PF13837Myb_DNA-bind_484-154 aa

PF13873Myb_DNA-bind_5109-149 aa

PF14303NAM-associated189-330 aa

PF13873Myb_DNA-bind_5202-212 aa

PF19087DUF5776270-310 aa

PF13873Myb_DNA-bind_5276-288 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G276900	`PF14303`	NAM-associated	45	78	2.8e-07	32.2
TkA08G276900	`PF19259`	Ty3_capsid	78	172	0.054	13.6
TkA08G276900	`PF13837`	Myb_DNA-bind_4	84	154	0.00049	21.1
TkA08G276900	`PF13873`	Myb_DNA-bind_5	109	149	0.0015	19.1
TkA08G276900	`PF14303`	NAM-associated	189	330	2.8e-07	32.2
TkA08G276900	`PF13873`	Myb_DNA-bind_5	202	212	0.0015	19.1
TkA08G276900	`PF19087`	DUF5776	270	310	0.055	14.4
TkA08G276900	`PF13873`	Myb_DNA-bind_5	276	288	0.0015	19.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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