TkA08G270080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G270080

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 70359394-70363167 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1533 bp · TkA08G270080|TK1151|cDNA

AGATTCGATGGCCTTTTGGTAATTTACTTTCTATAAACTATTCTTCTTTTCTTAAAACATGAAAAATCAAGTTGTGACTTGCTTTTGATCTTGCAAAAGACATATTTACTCTTCTGAATCTAACAATATTTATGGGTTGAAGGAAAACGGAGGTGTTCACCGATGTGTTGATGCAAGCATAACTGTAAAAGCTCCTGTTCGTGAAGTGTGGAATGTTTTGACATCCTACGAGAACCTTCCTGAGTAAGTACGAACAAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2172 bp · TkA08G270080|TK1151|CDS

ATGATCGTCTCCAAGCAGGCTCTGCACGTCAGCCACCACCAGGTCCACCACCATCTTTCAGCCCATATCCACGGCGGCGGCCTTTCTAGTTCCGTCGAGCTGCGGTCCTCTTCATCCTGCAAAACCCGCCGGAAAATCCGCCGGGGCAGCAATATTGGTTGTACAAAAACAACTACAACGACTGCAATTCTTCCTACACATTCCTTCAAATTCTCAAATGCGAATCTAAATTCAGTAGGTGTTTGTAATTCTAGTAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

723 aa · TkA08G270080|TK1151|PROTEIN

MIVSKQALHVSHHQVHHHLSAHIHGGGLSSSVELRSSSSCKTRRKIRRGSNIGCTKTTTTTAILPTHSFKFSNANLNSVGVCNSSKSVCNNAVNGTINGPISAEEVVLYEEEGKVRKVKCEVEVISWRERRVRSEVEVNADVDSVWNALTDYERLADFIPNLIFSARIPCVHPGRIWLEQRGLQRALYWHIEARVVLDLQEFPNSANGHELHFSMVDGDFKKFEGKWSVKPGKRSSNAILSYEVNVIPNFNLPAIFMERI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G270080`
TK1151 ID	TkA08G270080
OH-1004 ID	LXL04_033514
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G270080`
位置	Chr08:70359394-70363167 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033514` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.961

排名 1 · TkA08G270080 · TK1151

细胞核0.040

排名 2 · TkA08G270080 · TK1151

线粒体0.038

排名 3 · TkA08G270080 · TK1151

细胞质0.036

排名 4 · TkA08G270080 · TK1151

过氧化物酶体0.024

排名 5 · TkA08G270080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15482CCER123-52 aa

PF10604Polyketide_cyc2131-277 aa

PF06240COXG135-162 aa

PF03364Polyketide_cyc138-272 aa

PF08327AHSA1140-160 aa

PF14973TINF2_N183-202 aa

PF15482CCER1301-341 aa

PF10604Polyketide_cyc2370-417 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G270080	`PF15482`	CCER1	23	52	0.15	12.5
TkA08G270080	`PF10604`	Polyketide_cyc2	131	277	7.3e-16	59.3
TkA08G270080	`PF06240`	COXG	135	162	5.5e-06	26.9
TkA08G270080	`PF03364`	Polyketide_cyc	138	272	1.6e-40	139.0
TkA08G270080	`PF08327`	AHSA1	140	160	0.25	12.3
TkA08G270080	`PF14973`	TINF2_N	183	202	0.16	13.0
TkA08G270080	`PF15482`	CCER1	301	341	0.15	12.5
TkA08G270080	`PF10604`	Polyketide_cyc2	370	417	7.3e-16	59.3
TkA08G270080	`PF06240`	COXG	375	478	5.5e-06	26.9
TkA08G270080	`PF03364`	Polyketide_cyc	377	507	1.6e-40	139.0
TkA08G270080	`PF08327`	AHSA1	378	395	0.25	12.3
TkA08G270080	`PF14973`	TINF2_N	417	458	0.16	13.0
TkA08G270080	`PF14973`	TINF2_N	489	533	0.16	13.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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