TkA08G255930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G255930

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 66731869-66734348 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1704 bp · TkA08G255930|TK1151|cDNA

AGCAATCAACAGCCTCCGATCCACGCGCCGCCGTGGCTATACTACCCAACGACGGACGGCAGAAAAGACAATTATCTTCTAGAATGACTTTTCTTCCCTCGTTTTAAGAGACCATAAACGGATCATTTTCATGACATTATTATTAATAATAACGAAAAGCAATTAATCTTTTATATTCTTCCCACCTAAGTAAAGTTTGTTGAAGTTGGCAGCACGGCAGGTTCAGACACCTAGTGGGAATGTCTCCCGTAGAAGGACGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1389 bp · TkA08G255930|TK1151|CDS

ATGCTAGGAACATATGGGGAGAAAGGGAGTTGGTTTTCTGCAATCAAGAAGGTTTTTACATCCAACTCCAAAGACAAGCTACAAAATAAAAAAACTCCAAATGAAAAGAAGAAGGGGAGAGTGAAATTGAAAAATGGAGAGAGTAGATCGTTCATTCCTCTCTTTCGAGAGCCAAGTAGCATCGAGAAAATATTGGGGGAAGTTGATCAGTTATTGTATATTGGGCATCCTAGACCTGTCGATCAACCACCACCCCAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

462 aa · TkA08G255930|TK1151|PROTEIN

MLGTYGEKGSWFSAIKKVFTSNSKDKLQNKKTPNEKKKGRVKLKNGESRSFIPLFREPSSIEKILGEVDQLLYIGHPRPVDQPPPQLPPPESVFSGRQPSPKGGSHRAASPRAASPRISPSRVVNRRTEISYGPEPTLRHHHLSATIIQATYRGYMARRSFRALRGLVRLQGVIRGQNVKRQTVNAMKQMQLLVRVQTQIQSRRIQMLENQTLERQTYKNEKDMLEMGDEHWDDSLITKEEQEARLQRKMEAVIKRERAM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G255930`
TK1151 ID	TkA08G255930
OH-1004 ID	LXL04_003918
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	51.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.918 / OH-1004 99.776 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G255930

位置 Chr08:66731869-66734348 (+)

描述 Similar to IQD14: Protein IQ-DOMAIN 14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59690`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At2g43680`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At3g52290`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At5g03040`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At2g26410`	可能参与与钙调蛋白或类钙调蛋白的协同作用（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003918 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0051592 response to calcium ion 生物过程

GO:2000652 regulation of secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0055028 cortical microtubule 细胞组分

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G43680

ath:AT3G52290

ath:AT3G59690

ath:AT5G03040

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.489

排名 1 · TkA08G255930 · TK1151

细胞核0.333

排名 2 · TkA08G255930 · TK1151

细胞膜0.310

排名 3 · TkA08G255930 · TK1151

内质网0.043

排名 4 · TkA08G255930 · TK1151

质体0.033

排名 5 · TkA08G255930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13178DUF4005136-157 aa

PF00612IQ144-162 aa

PF24609IQ_SCN5A_C144-164 aa

PF00612IQ168-182 aa

PF13178DUF4005351-426 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G255930	`PF13178`	DUF4005	136	157	8.7e-06	27.0
TkA08G255930	`PF00612`	IQ	144	162	2e-05	24.7
TkA08G255930	`PF24609`	IQ_SCN5A_C	144	164	0.044	14.0
TkA08G255930	`PF00612`	IQ	168	182	2e-05	24.7
TkA08G255930	`PF13178`	DUF4005	351	426	8.7e-06	27.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M199`	拟南芥	sp\|Q9M199\|IQD13_ARATH Protein IQ-DOMAIN 13	43.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8LPG9`	拟南芥	sp\|Q8LPG9\|IQD14_ARATH Protein IQ-DOMAIN 14	45.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FT53`	拟南芥	sp\|Q9FT53\|IQD3_ARATH Protein IQ-DOMAIN 3	35.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q93ZH7`	拟南芥	sp\|Q93ZH7\|IQD2_ARATH Protein IQ-DOMAIN 2	34.100%	Swiss-Prot	中等置信
`F4IUJ7`	拟南芥	sp\|F4IUJ7\|IQD4_ARATH Protein IQ-DOMAIN 4	40.200%	Swiss-Prot	低置信

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