TkA08G250460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G250460

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 65422978-65424941 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1120 bp · TkA08G250460|TK1151|cDNA

AAAAAATCTCTGCGATCACATCACGAATTGACAAGATATTATAAAATTGCATCAATTAGGGAATTTGCTAATGAATCTGCGCAGTTCATCTTTTAGTTCGATTCCATAGTTAGCGTTATATTAGGACATCATTGAATTTTAGGCGGGATTTCAAACGGCCAACGAATTTTAGTTTTCCCCCAAAGTTTCCTTCGCAAAAATGTCGTTCCTCGAGGACTTTCAAGCTAGTTTGGAGCCATTACCTAACATTTTACAAAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

693 bp · TkA08G250460|TK1151|CDS

ATGTCGTTCCTCGAGGACTTTCAAGCTAGTTTGGAGCCATTACCTAACATTTTACAAAGGAAGTATGCATTATTACGTGACTTGGATAAAAGTTTGCAAGACATCCAAAGACAAAACGAACTACATTGCTTACAAGAAATAGAGGAATTTAAAGAGGGAGTTAAAACCGGGAACATTCCCCCAGGTACTTCACTTAACAAATTCTCAGATGAAGCACAAGATGAGCAAAAACACGCAATACGAATTGCTGATGAGAAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

230 aa · TkA08G250460|TK1151|PROTEIN

MSFLEDFQASLEPLPNILQRKYALLRDLDKSLQDIQRQNELHCLQEIEEFKEGVKTGNIPPGTSLNKFSDEAQDEQKHAIRIADEKVALAVQAYDLVDAHIQQLDQYLKKLEEQRREKDNVAAAGSTGLNHDGNGKPGKGEGGRGGRKKSKVGGATAAANAPSMDLDLPVDPNEPTYCFCNQVSYGEMVACDNPDCKIEWFHYGCVGLKEQPKGKWYCSDCSGTQKRKGK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G250460`
TK1151 ID	TkA08G250460
OH-1004 ID	LXL04_033318
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.130 / OH-1004 97.021 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G250460

位置 Chr08:65422978-65424941 (+)

描述 Similar to ING1: PHD finger protein ING1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g24010`	组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033318 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0006275 regulation of DNA replication 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006473 protein acetylation 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045926 negative regulation of growth 生物过程

GO:0050793 regulation of developmental process 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G24010

gga:418281

hsa:51147

mmu:28019

mmu:66262

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.897

排名 1 · TkA08G250460 · TK1151

细胞质0.236

排名 2 · TkA08G250460 · TK1151

线粒体0.024

排名 3 · TkA08G250460 · TK1151

细胞膜0.022

排名 4 · TkA08G250460 · TK1151

内质网0.012

排名 5 · TkA08G250460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12998ING3-111 aa

PF27108PHD_Pygo41-54 aa

PF28740CG7065_bundle63-81 aa

PF14362DUF440773-149 aa

PF29038ZK643_helical74-77 aa

PF28740CG7065_bundle102-115 aa

PF29038ZK643_helical106-121 aa

PF13771zf-HC5HC2H174-206 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G250460	`PF12998`	ING	3	111	2.4e-22	80.1
TkA08G250460	`PF27108`	PHD_Pygo	41	54	1.8	9.4
TkA08G250460	`PF28740`	CG7065_bundle	63	81	0.15	12.3
TkA08G250460	`PF14362`	DUF4407	73	149	1.6	8.7
TkA08G250460	`PF29038`	ZK643_helical	74	77	0.088	13.4
TkA08G250460	`PF28740`	CG7065_bundle	102	115	0.15	12.3
TkA08G250460	`PF29038`	ZK643_helical	106	121	0.088	13.4
TkA08G250460	`PF13771`	zf-HC5HC2H	174	206	0.017	16.0
TkA08G250460	`PF00628`	PHD	178	221	0.00014	22.5
TkA08G250460	`PF23011`	PHD-1st_NSD	184	221	7.4e-06	26.7
TkA08G250460	`PF27108`	PHD_Pygo	185	221	1.8	9.4
TkA08G250460	`PF13831`	PHD_2	187	221	0.011	16.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LIQ6`	拟南芥	sp\|Q9LIQ6\|ING1_ARATH PHD finger protein ING1	60.500%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情