TkA08G240930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G240930

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 62818800-62825517 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2156 bp · TkA08G240930|TK1151|cDNA

CTTGTAGTCGCACTTAATCTTCACAAGATCGTCGAAAAGTTGCAGTAAATTCTTTTCCAGTTGTCCCTAAATTTCATCCGAACAGTCCAACCATACTTTACGAAATTTGTCATCTTCAACCACCAAATCTCGACGAAGTGATTCACATTTCCCCTTCCTCCAGCTCACAGAATCTAAATAATCACCTGATCCCATTCTCGAATCACCCAATTGGGCGTTGCTGTTTGGTACCGGAAGGATCTTGATAAATCGACAGACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

930 bp · TkA08G240930|TK1151|CDS

ATGACGATAGAATCGTTTCCGGGGAGTTCAGGATATATAGATGCTGGCCCTGATAAGAAAATAACCTACTTCAGCAATACATATGTTTTAGGTTTAACTGTAGTTGCTGGAATTGGTGGTCTCCTTTTCGGATACGACACAGGAGTTATATCCGGAGCTCTTTTGTACATCCGCGATGAATTTGAGGCGGTCGAGCAAAGTAGTTTTTTACAGGAAACAATTGTAAGCATGGCGTTAGTTGGTGCGATGATTGGGGCGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

309 aa · TkA08G240930|TK1151|PROTEIN

MTIESFPGSSGYIDAGPDKKITYFSNTYVLGLTVVAGIGGLLFGYDTGVISGALLYIRDEFEAVEQSSFLQETIVSMALVGAMIGAAAGGAINDEYGRKAATLLADVIFALGSFVMAGAWNPYVIIFGRLLVGLGVGVASVTAPMYIAEAAPSEIRGGLVSTNVLMITSGQFLSYLVNLAFTEVRGTWRWMLGVAAVPAIIQFFLMLFLPESPRWLYMKKSKSDAIVVLSKIYDPYRLEEELDQLATALEEEHQRKNAVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G240930`
TK1151 ID	TkA08G240930
OH-1004 ID	LXL04_004169
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	83.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.676 / OH-1004 63.846 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G240930

位置 Chr08:62818800-62825517 (-)

描述 Similar to INT1: Inositol transporter 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g43330`	液泡肌醇-质子同向转运蛋白参与从液泡释放肌醇。	Functional and physiological characterization of Arabidopsis INOSITOL TRANSPORTER1, a novel tonoplast-localized transporter for myo-inositol.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.055632
`At1g30220`	质膜肌醇-质子同向转运体。	Arabidopsis INOSITOL TRANSPORTER2 mediates H+ symport of different inositol epimers and derivatives across the plasma membrane.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.109033
`At4g16480`	质膜肌醇-质子同向转运体。	Arabidopsis INOSITOL TRANSPORTER4 mediates high-affinity H+ symport of myoinositol across the plasma membrane.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.077123 Arabidopsis INOSITOL TRANSPORTER2 mediates H+ symport of different inositol epimers and derivatives across the plasma membrane.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.109033
`At2g35740`	质膜肌醇-质子同向转运体。	Arabidopsis INOSITOL TRANSPORTER2 mediates H+ symport of different inositol epimers and derivatives across the plasma membrane.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.109033

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004169 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015798 myo-inositol transport 生物过程

GO:0023052 signaling 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0090406 pollen tube 细胞组分

GO:0005366 myo-inositol:proton symporter activity 分子功能

GO:0022857 transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30220

ath:AT2G35740

ath:AT2G43330

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.311

排名 1 · TkA08G240930 · TK1151

细胞膜0.293

排名 2 · TkA08G240930 · TK1151

细胞质0.177

排名 3 · TkA08G240930 · TK1151

高尔基体0.128

排名 4 · TkA08G240930 · TK1151

内质网0.114

排名 5 · TkA08G240930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28542DUF843424-45 aa

PF00083Sugar_tr33-307 aa

PF05433Rick_17kDa_Anti36-54 aa

PF13488Gly-zipper_Omp36-53 aa

PF01864CarS-like37-124 aa

PF07690MFS_138-306 aa

PF28542DUF843448-57 aa

PF05433Rick_17kDa_Anti78-103 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G240930	`PF28542`	DUF8434	24	45	0.19	12.1
TkA08G240930	`PF00083`	Sugar_tr	33	307	9.2e-80	269.4
TkA08G240930	`PF05433`	Rick_17kDa_Anti	36	54	0.037	14.6
TkA08G240930	`PF13488`	Gly-zipper_Omp	36	53	6.8	7.4
TkA08G240930	`PF01864`	CarS-like	37	124	0.017	15.9
TkA08G240930	`PF07690`	MFS_1	38	306	4.3e-22	79.2
TkA08G240930	`PF28542`	DUF8434	48	57	0.19	12.1
TkA08G240930	`PF05433`	Rick_17kDa_Anti	78	103	0.037	14.6
TkA08G240930	`PF13488`	Gly-zipper_Omp	78	94	6.8	7.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZR6`	拟南芥	sp\|Q8VZR6\|INT1_ARATH Inositol transporter 1	76.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C757`	拟南芥	sp\|Q9C757\|INT2_ARATH Probable inositol transporter 2	55.400%	Swiss-Prot	高置信
`O23492`	拟南芥	sp\|O23492\|INT4_ARATH Inositol transporter 4	54.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZQP6`	拟南芥	sp\|Q9ZQP6\|INT3_ARATH Probable inositol transporter 3	53.200%	Swiss-Prot	高置信

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