TkA08G240000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G240000

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 62564540-62568465 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1867 bp · TkA08G240000|TK1151|cDNA

GATGTATAATATTTTTTTCAGCATATGCTGCCTTAAATAATGGAAAAGAAACAATGAAAAGAGAGATTATGTCTTAGCTTTTGGACTTCTTTACAGCCGTTGATTCTTTATTTCGAATGTTTCTTTCGTTTTCAACTCTCACACTCTCATATCAAACCATTGAGTTTGACTTGCTTCTTCTTCGTATTAAAGCAATCAAAAATCTTTGATGATTTCAAGACTTCTTCATTTCTCAAACATACCCACTTCTAATCCCAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1125 bp · TkA08G240000|TK1151|CDS

ATGGCGAATTTGAAGGAAGTTTTGGCGAACAAGATAGTGGTAGGTCTTGTATTGGGACAGATTCTCTCTCTTCTTATTACCTCAACTGGGTTTTCATCGTCTGAGCTTGCAAGAAGAGGAATCAACGCACCTACTTCACAGTCATTAGCAAACTATGTGATGCTGGCTATAGTTTATGGAGGGATACTAATTTACAGAAAAAGTGGACTTAAGGCCAAATGGTATTACTATTTACTTCTTGGACTTGTAGATGTAGAGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

374 aa · TkA08G240000|TK1151|PROTEIN

MANLKEVLANKIVVGLVLGQILSLLITSTGFSSSELARRGINAPTSQSLANYVMLAIVYGGILIYRKSGLKAKWYYYLLLGLVDVEANYLVVKAYQYTSITSIMLLDCWSIPSVILLTWLFLKTKYRFKKIAGVSICIAGLVLVIFSDVHAADRSQSGSNPIKGDFLVVAGATLYAVSNVSEEFFVKTADRIELMAMLGLFGAIISGIQISILEREELRSIHWSSGALLPYTGFAAAMFLFYSGVPVLLKMSGSTMLNLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G240000`
TK1151 ID	TkA08G240000
OH-1004 ID	LXL04_033193
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G240000`
位置	Chr08:62564540-62568465 (-)
描述	Similar to SLC35F1: Solute carrier family 35 member F1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033193` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0015871 choline transport 生物过程 GO:0160255 tRNA queuosine(34) biosynthetic process from salvaged queuine 生物过程 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0015220 choline transmembrane transporter activity 分子功能 GO:0022857 transmembrane transporter activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:222553 hsa:54733 mmu:215085 mmu:72022 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.319

排名 1 · TkA08G240000 · TK1151

细胞膜0.272

排名 2 · TkA08G240000 · TK1151

高尔基体0.203

排名 3 · TkA08G240000 · TK1151

内质网0.139

排名 4 · TkA08G240000 · TK1151

细胞质0.122

排名 5 · TkA08G240000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06027SLC35F10-299 aa

PF05767Pox_A1414-66 aa

PF00892EamA21-145 aa

PF30487Ropporin_M70-77 aa

PF08449UAA71-299 aa

PF08627CRT-like73-210 aa

PF05653Mg_trans_NIPA74-148 aa

PF09522RE_R_Pab175-124 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G240000	`PF06027`	SLC35F	10	299	1.2e-131	439.5
TkA08G240000	`PF05767`	Pox_A14	14	66	0.041	14.7
TkA08G240000	`PF00892`	EamA	21	145	1.2e-13	52.3
TkA08G240000	`PF30487`	Ropporin_M	70	77	0.089	13.8
TkA08G240000	`PF08449`	UAA	71	299	0.0019	18.1
TkA08G240000	`PF08627`	CRT-like	73	210	4.1e-09	36.6
TkA08G240000	`PF05653`	Mg_trans_NIPA	74	148	0.038	13.9
TkA08G240000	`PF09522`	RE_R_Pab1	75	124	0.053	14.5
TkA08G240000	`PF05767`	Pox_A14	135	147	0.041	14.7
TkA08G240000	`PF00892`	EamA	163	298	1.2e-13	52.3
TkA08G240000	`PF05653`	Mg_trans_NIPA	168	221	0.038	13.9
TkA08G240000	`PF09522`	RE_R_Pab1	260	291	0.053	14.5
TkA08G240000	`PF30487`	Ropporin_M	262	294	0.089	13.8
TkA08G240000	`PF05653`	Mg_trans_NIPA	283	312	0.038	13.9
TkA08G240000	`PF05767`	Pox_A14	283	321	0.041	14.7
TkA08G240000	`PF23829`	DUF7199	286	359	0.24	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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