TkA08G239730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G239730

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 62453914-62461421 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1765 bp · TkA08G239730|TK1151|cDNA

CTGAACTACAGCTCATTTGAATATTATTCATTTACGTCCCTGATTTTTTGCCTATAATATCATTTTCTTGCCAGTTACATCTCCTCAATTTAGGGAAGAATTCAATTTGGTCTCTCGCTCATTTGAATTACTTCAAAAGACGAATATCTATCTATTGCAGGTTTCTATTTTAGCTACAATCACGGCTATTCCAAATCACTCTTCTTATTTAATCTCAACTCCAAAATCCCCAATTGATCCACAACATCCTCAAATCCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2064 bp · TkA08G239730|TK1151|CDS

ATGAAAGATCTCTTCCCTTTTGATCTAAACAAGGTACCTGCAGAAGAGAATTTGATGAATGGTCAACATGAAAAAGTTGCTATTGAAGAAGAAAGTCAAAACAAGAACTCAGTTTTTGAAGAACCCTTTGTTGGTCAATGTTTTCTAAGTGAAGAAGAAGCTTTTGCTTTTTATCAAAGTTATGCAAGAAAAAATGGGTTTTCTGTTCGAAAAGGAAGGTTCGTGAACAAGAAAACCGGAGAAAAGAAAAGACGTGATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

687 aa · TkA08G239730|TK1151|PROTEIN

MKDLFPFDLNKVPAEENLMNGQHEKVAIEEESQNKNSVFEEPFVGQCFLSEEEAFAFYQSYARKNGFSVRKGRFVNKKTGEKKRRDFFCHREGKPVFTKDYTKKTRNRGYTKCECKSHMRITLKRINEIFPEEWQVTKFVTEHNHALLSTQEVRFLPSYRNITLEDEKRILLLKEASLSVTQIMRVIELERNVKHGELSFLKKDIHNLFAKNHKLHSRNDAKELLEYCKSAKDDNLNFQYEFTLDSENRLEHIFWCPAHC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G239730`
TK1151 ID	TkA08G239730
OH-1004 ID	LXL04_021934
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	77.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.854 / OH-1004 96.120 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G239730

位置 Chr08:62453914-62461421 (+)

描述 Similar to FRS11: Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10240`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At5g28530`	推定的FAR1-RELATED SEQUENCE 10蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g38180`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At4g15090`	转录激活剂，可识别并结合 DNA 共有序列 5'-CACGCGC-3'。	暂无已核实直接文献
`At3g06250`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021934 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10240

ath:AT4G38180

ath:AT5G28530

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.934

排名 1 · TkA08G239730 · TK1151

细胞质0.127

排名 2 · TkA08G239730 · TK1151

线粒体0.027

排名 3 · TkA08G239730 · TK1151

细胞膜0.019

排名 4 · TkA08G239730 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA08G239730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03101FAR157-148 aa

PF00039fn1104-117 aa

PF02406MmoB_DmpM105-139 aa

PF26175HTH_FAR1161-215 aa

PF21056ZSWIM1-3_RNaseH-like240-347 aa

PF10551MULE270-362 aa

PF00872Transposase_mut282-416 aa

PF21056ZSWIM1-3_RNaseH-like514-533 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G239730	`PF03101`	FAR1	57	148	3.1e-18	67.0
TkA08G239730	`PF00039`	fn1	104	117	4.0	8.4
TkA08G239730	`PF02406`	MmoB_DmpM	105	139	0.24	12.3
TkA08G239730	`PF26175`	HTH_FAR1	161	215	5.2e-22	78.1
TkA08G239730	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	240	347	1.5e-11	45.1
TkA08G239730	`PF10551`	MULE	270	362	1.8e-24	86.6
TkA08G239730	`PF00872`	Transposase_mut	282	416	0.007	16.0
TkA08G239730	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	514	533	1.5e-11	45.1
TkA08G239730	`PF00039`	fn1	543	559	4.0	8.4
TkA08G239730	`PF04434`	SWIM	545	578	1.6e-08	34.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SY66`	拟南芥	sp\|Q9SY66\|FRS11_ARATH Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 11	39.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LKR4`	拟南芥	sp\|Q9LKR4\|FRS10_ARATH Putative protein FAR1-RELATED SEQUENCE 10	35.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SZL8`	拟南芥	sp\|Q9SZL8\|FRS5_ARATH Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5	31.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SWG3`	拟南芥	sp\|Q9SWG3\|FAR1_ARATH Protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1	30.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M8J3`	拟南芥	sp\|Q9M8J3\|FRS7_ARATH Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 7	29.200%	Swiss-Prot	低置信

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