TkA08G234890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G234890

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 61234987-61236723 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

420 bp · TkA08G234890|TK1151|cDNA

ATGTTCAAGCATCTAACTTGTCTTGAATTAGAAGACAACAAGCATGTGAAGCCCGATTTCTCAATTACATATCTCAAAGGCAATGAAACTTCTTTGAATGATAGAAGTTCAAGGTCACATCAAATAATCAGATTGACTATTGAGAGTAGCCATCTAGAAGAATCAGGACGTGTGAAATCCCTCTGTGGTGGGAAAAACATTGGTCATGTACCATATAGAGATTCAAAACTGACAAGAATATTGCAGTCATCACTTGGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

420 bp · TkA08G234890|TK1151|CDS

ATGTTCAAGCATCTAACTTGTCTTGAATTAGAAGACAACAAGCATGTGAAGCCCGATTTCTCAATTACATATCTCAAAGGCAATGAAACTTCTTTGAATGATAGAAGTTCAAGGTCACATCAAATAATCAGATTGACTATTGAGAGTAGCCATCTAGAAGAATCAGGACGTGTGAAATCCCTCTGTGGTGGGAAAAACATTGGTCATGTACCATATAGAGATTCAAAACTGACAAGAATATTGCAGTCATCACTTGGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

139 aa · TkA08G234890|TK1151|PROTEIN

MFKHLTCLELEDNKHVKPDFSITYLKGNETSLNDRSSRSHQIIRLTIESSHLEESGRVKSLCGGKNIGHVPYRDSKLTRILQSSLGGNARTAIICIMIPALSHVDQSRNTLAFANSAKEDTSIAQVNMVVGEKQMVKHL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G234890`
TK1151 ID	TkA08G234890
OH-1004 ID	LXL04_033146
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 43.396 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G234890

位置 Chr08:61234987-61236723 (+)

描述 Similar to Glutamate--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g18370`	可能的端向动力蛋白，在 NACK-PQR (ANP1-MKK6-MPK4) MAP 激酶信号通路中发挥作用，该通路对体细胞细胞质分裂至关重要，特别是对细胞板的形成及其扩展。	Expansion of the cell plate in plant cytokinesis requires a kinesin-like protein/MAPKKK complex.2002 · DOI: 10.1016/s0092-8674(02)00691-8 The AtNACK1/HINKEL and STUD/TETRASPORE/AtNACK2 genes, which encode functionally redundant kinesins, are essential for cytokinesis in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-2443.2004.00798.x Arabidopsis kinesins HINKEL and TETRASPORE act redundantly to control cell plate expansion during cytokinesis in the male gametophyte.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssn042 HINKEL kinesin, ANP MAPKKKs and MKK6/ANQ MAPKK, which phosphorylates and activates MPK4 MAPK, constitute a pathway that is required for cytokinesis in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcq135 Phosphorylation of a mitotic kinesin-like protein and a MAPKKK by cyclin-dependent kinases (CDKs) is involved in the transition to cytokinesis in plants.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1110174108
`At3g43210`	可能是朝微管正端运动的马达蛋白，作用于NACK-PQR（ANP3-MKK6-MPK4）MAP激酶信号通路；该通路对体细胞胞质分裂，尤其是细胞板的形成和扩展必不可少。	The AtNACK1/HINKEL and STUD/TETRASPORE/AtNACK2 genes, which encode functionally redundant kinesins, are essential for cytokinesis in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-2443.2004.00798.x Arabidopsis kinesins HINKEL and TETRASPORE act redundantly to control cell plate expansion during cytokinesis in the male gametophyte.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssn042 HINKEL kinesin, ANP MAPKKKs and MKK6/ANQ MAPKK, which phosphorylates and activates MPK4 MAPK, constitute a pathway that is required for cytokinesis in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcq135 AtMPK4 is required for male-specific meiotic cytokinesis in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04642.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0513900`	可能对于促进节间分化过程中胞质分裂的进展至关重要。	The rice mutant dwarf bamboo shoot 1: a leaky mutant of the NACK-type kinesin-like gene can initiate organ primordia but not organ development.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci206

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033146 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006424 glutamyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0048608 reproductive structure development 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G64050

fno:Fnod_0678

fno:Fnod_0777

nta:107784556

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.625

排名 1 · TkA08G234890 · TK1151

细胞核0.317

排名 2 · TkA08G234890 · TK1151

线粒体0.067

排名 3 · TkA08G234890 · TK1151

细胞膜0.060

排名 4 · TkA08G234890 · TK1151

高尔基体0.030

排名 5 · TkA08G234890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00225Kinesin28-57 aa

PF00225Kinesin66-119 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G234890	`PF00225`	Kinesin	28	57	1.5e-23	84.0
TkA08G234890	`PF00225`	Kinesin	66	119	1.5e-23	84.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S905`	拟南芥	sp\|Q8S905\|KN7A_ARATH Kinesin-like protein KIN-7A	52.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LNZ2`	拟南芥	sp\|Q8LNZ2\|KN7B_ARATH Kinesin-like protein KIN-7B	46.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9AWM8`	水稻	sp\|Q9AWM8\|KN7A_ORYSJ Kinesin-like protein KIN-7A	48.300%	Swiss-Prot	中等置信

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