TkA08G233190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G233190

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 60734875-60736900 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

552 bp · TkA08G233190|TK1151|cDNA

CTGCGTCCGACTGACGACCGACTAGAGACCGCCGCTTCTCTCACAGGCGCAACCACCGGCAAGTTCGATTTCAGACTAGAGACCGCCGCTACTCGATTTCAGATTACTCAAGTGTATGGATTTTATGATGAATGCCTTCGGAAGTATGGAAATGCTAATGTTTGGAAAACATTCACGGATCTTTTCGATTATTTCCCACTGACTGCATTGATCCCAGAACTGTATGGCCAGTCAAATTCTCCTCAGTTGGAATGCATTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

552 bp · TkA08G233190|TK1151|CDS

CTGCGTCCGACTGACGACCGACTAGAGACCGCCGCTTCTCTCACAGGCGCAACCACCGGCAAGTTCGATTTCAGACTAGAGACCGCCGCTACTCGATTTCAGATTACTCAAGTGTATGGATTTTATGATGAATGCCTTCGGAAGTATGGAAATGCTAATGTTTGGAAAACATTCACGGATCTTTTCGATTATTTCCCACTGACTGCATTGATCCCAGAACTGTATGGCCAGTCAAATTCTCCTCAGTTGGAATGCATTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

183 aa · TkA08G233190|TK1151|PROTEIN

LRPTDDRLETAASLTGATTGKFDFRLETAATRFQITQVYGFYDECLRKYGNANVWKTFTDLFDYFPLTALIPELYGQSNSPQLECIASLDSHSSKIKCVLWWPSGRHDKLISIDEQNIFLWSLDSSTSESSIQFWDLRIMKKTNSIECSHVRNIDYDSKKKHMLVSLLCQFLQHMLPENLLWQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G233190`
TK1151 ID	TkA08G233190
OH-1004 ID	LXL04_015184
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	72.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 52.459 / OH-1004 37.283 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G233190

位置 Chr08:60734875-60736900 (-)

描述 Similar to DWA2: WD repeat-containing protein DWA2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76260`	CUL4-RBX1-DDB1-DWA1/DWA2 E3 泛素蛋白连接酶复合物的组成部分，在脱落酸信号传导中充当负调节因子。	DWA1 and DWA2, two Arabidopsis DWD protein components of CUL4-based E3 ligases, act together as negative regulators in ABA signal transduction.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.073783

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XN40`	丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶 PP2A-2 催化亚基。	暂无已核实直接文献
`Os03g0805300`	丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶 PP2A-2 催化亚基。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015184 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0051049 regulation of transport 生物过程

GO:1905281 positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:2001137 positive regulation of endocytic recycling 生物过程

GO:0000938 GARP complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76260

gja:107122311

rno:362721

xtr:496745

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.483

排名 1 · TkA08G233190 · TK1151

细胞质0.415

排名 2 · TkA08G233190 · TK1151

线粒体0.084

排名 3 · TkA08G233190 · TK1151

内质网0.061

排名 4 · TkA08G233190 · TK1151

细胞膜0.055

排名 5 · TkA08G233190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00149Metallophos41-111 aa

PF23609Beta-prop_EIPR176-127 aa

PF24797Beta-prop_WDR35_TULP_N76-125 aa

PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR177-130 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st82-128 aa

PF24814WD40_Prp1984-124 aa

PF00400WD4084-121 aa

PF25174Beta-prop_THOC387-150 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G233190	`PF00149`	Metallophos	41	111	0.0012	20.1
TkA08G233190	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	76	127	1.8e-19	71.0
TkA08G233190	`PF24797`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	76	125	0.064	13.1
TkA08G233190	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	77	130	0.013	15.2
TkA08G233190	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	82	128	0.03	14.4
TkA08G233190	`PF24814`	WD40_Prp19	84	124	0.00068	19.5
TkA08G233190	`PF00400`	WD40	84	121	0.63	11.4
TkA08G233190	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	87	150	0.0089	15.8
TkA08G233190	`PF24814`	WD40_Prp19	123	161	0.00068	19.5
TkA08G233190	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	127	166	1.8e-19	71.0
TkA08G233190	`PF00400`	WD40	150	163	0.63	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NPN9`	拟南芥	sp\|Q6NPN9\|DWA2_ARATH WD repeat-containing protein DWA2	55.000%	Swiss-Prot	中等置信
`A2XN40`	水稻	sp\|A2XN40\|PP2A2_ORYSI Serine/threonine-protein phosphatase PP2A-2 catalytic subunit	70.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q10BT5`	水稻	sp\|Q10BT5\|PP2A2_ORYSJ Serine/threonine-protein phosphatase PP2A-2 catalytic subunit	70.000%	Swiss-Prot	低置信

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