TkA08G220940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G220940

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 57768928-57772790 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2049 bp · TkA08G220940|TK1151|cDNA

AAACCCCTCTACAGTTAAATTTCCGATCGAAGTTTACCAAACAAATTTCACGAAATTCTTTACTCCTTCAATTCATCCGATCACAAGATGGTGTCTGATGCGAGCAAGAAGAAGGCGGCTCAGAAGAAGGCTGCAGCTGCCGCTAAGAGAGGAGCTAAGGCCGTTGCTGCTGCCGCGTCGAAGAAGGCTGCGGCAATCGGTACGGTGAACGGGAGTTCTAGCTCCGATAATTTGGCGAATGCGATGGGGTCTTTTGCGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1806 bp · TkA08G220940|TK1151|CDS

ATGGTGTCTGATGCGAGCAAGAAGAAGGCGGCTCAGAAGAAGGCTGCAGCTGCCGCTAAGAGAGGAGCTAAGGCCGTTGCTGCTGCCGCGTCGAAGAAGGCTGCGGCAATCGGTACGGTGAACGGGAGTTCTAGCTCCGATAATTTGGCGAATGCGATGGGGTCTTTTGCGATTTCTGATCGCACGTGTACTGGAGTTCTTTGTTCTCATCCTTTGTCTAGAGATATTCGGATAGAGTCTCTATCGCTTACTTTTCATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

601 aa · TkA08G220940|TK1151|PROTEIN

MVSDASKKKAAQKKAAAAAKRGAKAVAAAASKKAAAIGTVNGSSSSDNLANAMGSFAISDRTCTGVLCSHPLSRDIRIESLSLTFHGHDLIVDSELELNYGRRYGLLGLNGCGKSTLLTSIGCRELPIPQHMDIFHLTREIEASDTSSLEAVINCDQERLKLEQEAEHLIGQDDGGGEALERVYERLDAMDVSTAEKRAAEILNGLGFTKTMQQKRTRDFSGGWRMRIALARALFMNPTILLLDEPTNHLDLEACVWLEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G220940`
TK1151 ID	TkA08G220940
OH-1004 ID	LXL04_033016
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 98.525 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G220940

位置 Chr08:57768928-57772790 (+)

描述 Similar to ABCF1: ABC transporter F family member 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60790`	ABC转运蛋白F家族成员1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033016 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000056 ribosomal small subunit export from nucleus 生物过程

GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0043335 protein unfolding 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G60790

bta:513061

hsa:10061

hsa:114483834

mmu:27407

sce:YER036C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.606

排名 1 · TkA08G220940 · TK1151

细胞核0.473

排名 2 · TkA08G220940 · TK1151

线粒体0.061

排名 3 · TkA08G220940 · TK1151

细胞膜0.047

排名 4 · TkA08G220940 · TK1151

内质网0.033

排名 5 · TkA08G220940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17072Spike_torovirin4-59 aa

PF13145Rotamase_26-53 aa

PF13604AAA_3014-52 aa

PF13514AAA_2777-121 aa

PF00005ABC_tran94-248 aa

PF13479AAA_24102-157 aa

PF01935DUF87102-121 aa

PF03308MeaB102-123 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G220940	`PF17072`	Spike_torovirin	4	59	6.1	5.4
TkA08G220940	`PF13145`	Rotamase_2	6	53	8.8	7.9
TkA08G220940	`PF13604`	AAA_30	14	52	0.0023	18.4
TkA08G220940	`PF13514`	AAA_27	77	121	0.0051	17.1
TkA08G220940	`PF00005`	ABC_tran	94	248	3.5e-46	157.9
TkA08G220940	`PF13479`	AAA_24	102	157	0.001	19.6
TkA08G220940	`PF01935`	DUF87	102	121	0.16	12.8
TkA08G220940	`PF03308`	MeaB	102	123	0.17	11.5
TkA08G220940	`PF13555`	AAA_29	103	118	1.3e-06	28.8
TkA08G220940	`PF01926`	MMR_HSR1	104	140	0.00021	22.1
TkA08G220940	`PF03193`	RsgA_GTPase	104	121	0.00055	20.5
TkA08G220940	`PF13304`	AAA_21	105	120	7e-17	63.0
TkA08G220940	`PF13173`	AAA_14	105	133	8.6e-05	23.3
TkA08G220940	`PF00931`	NB-ARC	105	136	0.003	17.8
TkA08G220940	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	105	144	0.0032	18.0
TkA08G220940	`PF02463`	SMC_N	106	289	4.3e-10	40.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJH6`	拟南芥	sp\|Q9FJH6\|AB1F_ARATH ABC transporter F family member 1	83.600%	Swiss-Prot	高置信

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