TkA08G220730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G220730

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 57708621-57710277 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1000 bp · TkA08G220730|TK1151|cDNA

ATTTTCTCTTTTAACTTCTTACAATTTTCACTTTTTGAAGTGGCGTTGGAAGGAAGGGCAGATTAAAACCAATTTGATCATCCCAATTCCGAAAATGAAAACGACAAGGTTATATGATCAAATATTCCGAAATCACGTTTTAATTTTCAGCTTATCAGGTTCGTGAAGAGAATTATACTTATCAAAAAAGATGGAGAAAGTGAGAAACATGTTTATGGCGAAACCTAATCCACAGCACTTATTACGCGATTGGCAACGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

666 bp · TkA08G220730|TK1151|CDS

ATGGAGAAAGTGAGAAACATGTTTATGGCGAAACCTAATCCACAGCACTTATTACGCGATTGGCAACGCCGTCTCCGGCAAGAGTGCCGCAACATCGATCGTCAAATTCGTGATATCCAGCGAGAAGAAAAAATTGTCCAGAAAGCAATCCGAGAGGCTGCTAAAAGAAATGATATGAACTCTGCTAGGTCACTTGCCATGGAAATTGTGAGATCCAAAAAAACTGTCAATCGCCTCTATGAAAATAAAGCTCAATTAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

221 aa · TkA08G220730|TK1151|PROTEIN

MEKVRNMFMAKPNPQHLLRDWQRRLRQECRNIDRQIRDIQREEKIVQKAIREAAKRNDMNSARSLAMEIVRSKKTVNRLYENKAQLNSISMHLGESVAIARTVGHLSKSAEVMKIVNDLMKAPEMAVTMQEFSKEMIKAGVIEQMVNDVVDSALDSDDMEDEIEEEVDKVLTSIAGETAVQLPEAARNVKVKRPAEVAEEPGGVDDEELEEIRARLAKVRS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G220730`
TK1151 ID	TkA08G220730
OH-1004 ID	LXL04_033010
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G220730

位置 Chr08:57708621-57710277 (+)

描述 Similar to VPS24-1: Vacuolar protein sorting-associated protein 24 homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22950`	ESCRT-III复合体的组成部分，参与多泡体（MVBs）的形成以及将内体货物蛋白分选到MVBs中。	暂无已核实直接文献
`At3g45000`	ESCRT-III复合体的组成部分，参与多泡体（MVBs）的形成以及将内体货物蛋白分选到MVBs中。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033010 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007080 mitotic metaphase chromosome alignment 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0031468 nuclear membrane reassembly 生物过程

GO:0032509 endosome transport via multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0039702 viral budding via host ESCRT complex 生物过程

GO:0043162 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程

GO:0046761 viral budding from plasma membrane 生物过程

GO:0061952 midbody abscission 生物过程

GO:0070676 intralumenal vesicle formation 生物过程

GO:0071985 multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0097352 autophagosome maturation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G45000

ath:AT5G22950

pon:100172572

xtr:548983

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.835

排名 1 · TkA08G220730 · TK1151

细胞核0.264

排名 2 · TkA08G220730 · TK1151

线粒体0.053

排名 3 · TkA08G220730 · TK1151

细胞膜0.049

排名 4 · TkA08G220730 · TK1151

过氧化物酶体0.047

排名 5 · TkA08G220730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22971Ig_VEGFR-1-like_5th12-87 aa

PF03357Snf721-185 aa

PF14661HAUS6_N22-74 aa

PF01920Prefoldin_224-53 aa

PF07631PSD434-83 aa

PF17448YqaH37-85 aa

PF03962Mnd140-52 aa

PF21493TubZ_C43-97 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G220730	`PF22971`	Ig_VEGFR-1-like_5th	12	87	0.25	12.2
TkA08G220730	`PF03357`	Snf7	21	185	1.9e-29	103.3
TkA08G220730	`PF14661`	HAUS6_N	22	74	2.3	8.5
TkA08G220730	`PF01920`	Prefoldin_2	24	53	0.3	11.8
TkA08G220730	`PF07631`	PSD4	34	83	0.0069	17.6
TkA08G220730	`PF17448`	YqaH	37	85	1.5	9.9
TkA08G220730	`PF03962`	Mnd1	40	52	0.13	13.2
TkA08G220730	`PF21493`	TubZ_C	43	97	0.31	11.9
TkA08G220730	`PF01920`	Prefoldin_2	71	120	0.3	11.8
TkA08G220730	`PF07631`	PSD4	103	177	0.0069	17.6
TkA08G220730	`PF17448`	YqaH	114	141	1.5	9.9
TkA08G220730	`PF03962`	Mnd1	120	157	0.13	13.2
TkA08G220730	`PF17448`	YqaH	143	164	1.5	9.9
TkA08G220730	`PF21493`	TubZ_C	153	153	0.31	11.9
TkA08G220730	`PF14661`	HAUS6_N	153	153	2.3	8.5
TkA08G220730	`PF03357`	Snf7	202	212	1.9e-29	103.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFB3`	拟南芥	sp\|Q9FFB3\|VP241_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 24 homolog 1	61.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LXH5`	拟南芥	sp\|Q9LXH5\|VP242_ARATH Putative vacuolar protein sorting-associated protein 24 homolog 2	66.500%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情