TkA08G212650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G212650

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 55618283-55623513 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2388 bp · TkA08G212650|TK1151|cDNA

ATGGTAAAGGATAAAGAAACTGCGAGGACTGTTCTTTCGACCTTAACTTCCAAGAGTTTGGAAGAGATGATCGAAATGTATCACATCCCTCGCGATAAACTTCCCCTAGTTCCTGCTCCTGGTCAATGTATTCTCAATCCTCCGGCTGGTAGCGTGGGTGTTTATCATCATCATTTGAAGGCTGGCCTTCGATTTCCAGCTCATGGTTTTATTGGGGCTCTTTTGGCACATTACGGGGTGCACCTTGTTCAAGTTGCCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2388 bp · TkA08G212650|TK1151|CDS

ATGGTAAAGGATAAAGAAACTGCGAGGACTGTTCTTTCGACCTTAACTTCCAAGAGTTTGGAAGAGATGATCGAAATGTATCACATCCCTCGCGATAAACTTCCCCTAGTTCCTGCTCCTGGTCAATGTATTCTCAATCCTCCGGCTGGTAGCGTGGGTGTTTATCATCATCATTTGAAGGCTGGCCTTCGATTTCCAGCTCATGGTTTTATTGGGGCTCTTTTGGCACATTACGGGGTGCACCTTGTTCAAGTTGCCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

795 aa · TkA08G212650|TK1151|PROTEIN

MVKDKETARTVLSTLTSKSLEEMIEMYHIPRDKLPLVPAPGQCILNPPAGSVGVYHHHLKAGLRFPAHGFIGALLAHYGVHLVQVAPNGFRKIMCFDFICKVLNVSPTVDLFRYFYVASPSGGDWLSFSKRALSAELYLGLPSYIKKWKNEYFFIDSTVFPDTLKMGSLSSRSSDRALKLAAEDQAVADRIASNALWWDDPDEVTLGLAGCSPYWDSLNPKPSLAKDKKGTTLSERLTFFRDMPTTEVVGISSEAGAASS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G212650`
TK1151 ID	TkA08G212650
OH-1004 ID	LXL04_013725
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	55.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.119 / OH-1004 56.602 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G212650`
位置	Chr08:55618283-55623513 (+)
描述	Similar to SCL15: Scarecrow-like protein 15
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_013725` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0007623 circadian rhythm 生物过程 GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程 GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0036377 arbuscular mycorrhizal association 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G45160 ath:AT3G60630 ath:AT4G00150 ath:AT4G36710 mtr:25489240 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.746

排名 1 · TkA08G212650 · TK1151

细胞质0.337

排名 2 · TkA08G212650 · TK1151

线粒体0.029

排名 3 · TkA08G212650 · TK1151

细胞膜0.023

排名 4 · TkA08G212650 · TK1151

内质网0.017

排名 5 · TkA08G212650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04195Transposase_2855-118 aa

PF24319DUF7491562-610 aa

PF25785TPR570-651 aa

PF28175T4SS_LegC2C7571-712 aa

PF15035Rootletin572-705 aa

PF29997SPC25_N577-682 aa

PF31111DUF8812590-673 aa

PF24319DUF7491634-694 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G212650	`PF04195`	Transposase_28	55	118	1.3e-15	58.1
TkA08G212650	`PF24319`	DUF7491	562	610	0.34	11.9
TkA08G212650	`PF25785`	TPR	570	651	0.0025	18.8
TkA08G212650	`PF28175`	T4SS_LegC2C7	571	712	0.31	10.6
TkA08G212650	`PF15035`	Rootletin	572	705	0.18	12.5
TkA08G212650	`PF29997`	SPC25_N	577	682	1.6	9.8
TkA08G212650	`PF31111`	DUF8812	590	673	4.7	7.9
TkA08G212650	`PF24319`	DUF7491	634	694	0.34	11.9
TkA08G212650	`PF25785`	TPR	691	696	0.0025	18.8
TkA08G212650	`PF29997`	SPC25_N	757	790	1.6	9.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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