TkA08G212010 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G212010

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 55482230-55484012 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1138 bp · TkA08G212010|TK1151|cDNA

GAAAATTTGAGTATATACACAATTTACCCAACCAAACGGCAACCTTTCGTTTATCTCCCCTATTTTTCCTTTTTGTCTCCCTCGTCAAATCATTCCTAATTTCAAACTCTGTAAACCCTAGCCAAAAATTACGCGCGCTCAGATCTTAAAACTATGGCGATCGCGAGGACCGGAGTTTTCGTTGACGACTACTTGGAGTATGCAAGCACATTGCCAGCTGAGCTGCAGAGGCTTCTCAACACCATAAGAGAGCTCGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

771 bp · TkA08G212010|TK1151|CDS

ATGGCGATCGCGAGGACCGGAGTTTTCGTTGACGACTACTTGGAGTATGCAAGCACATTGCCAGCTGAGCTGCAGAGGCTTCTCAACACCATAAGAGAGCTCGATGAACGTTCTCAATCCATGATCAATCAAACAAGACAACAAACAAAGAACTGCTTGGATATCGCTTCTCAAAACTCCCACAAAGGCATACACGAAGATGGCGACATGGCTTTTGATAAAATGAAGAGAGCGATTGAAGAAAACCAAGATAATGCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

256 aa · TkA08G212010|TK1151|PROTEIN

MAIARTGVFVDDYLEYASTLPAELQRLLNTIRELDERSQSMINQTRQQTKNCLDIASQNSHKGIHEDGDMAFDKMKRAIEENQDNALNLCTEKVLLARQAYDLIDSHVKRLDEDLHNFAEDLKQEGKLPADEPAILPPLPLVPKIEKRKLPYIVPQSKKLDYREREWDHRDRDFELMPPPGGFKRDYATPLEIDQPIDPNEPTYCVCHQVSFGDMIACDNENCQGGEWFHYSCVGLTPETRFKGKWYCPTCRQLPL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G212010`
TK1151 ID	TkA08G212010
OH-1004 ID	LXL04_032893
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G212010

位置 Chr08:55482230-55484012 (+)

描述 Similar to ING2: PHD finger protein ING2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g54390`	组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032893 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0006275 regulation of DNA replication 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006473 protein acetylation 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045926 negative regulation of growth 生物过程

GO:0050793 regulation of developmental process 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:0140889 DNA replication-dependent chromatin disassembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G54390

gga:418281

hsa:51147

mmu:28019

mmu:66262

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.774

排名 1 · TkA08G212010 · TK1151

细胞质0.378

排名 2 · TkA08G212010 · TK1151

细胞膜0.033

排名 3 · TkA08G212010 · TK1151

线粒体0.027

排名 4 · TkA08G212010 · TK1151

内质网0.020

排名 5 · TkA08G212010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30669NUDT19_Nudix5-92 aa

PF12998ING9-118 aa

PF23729Spectrin_Dys-129-88 aa

PF10497zf-4CXXC_R144-54 aa

PF13771zf-HC5HC2H52-93 aa

PF23729Spectrin_Dys-1101-124 aa

PF13771zf-HC5HC2H197-234 aa

PF00628PHD205-251 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G212010	`PF30669`	NUDT19_Nudix	5	92	0.23	11.6
TkA08G212010	`PF12998`	ING	9	118	2.2e-18	67.4
TkA08G212010	`PF23729`	Spectrin_Dys-1	29	88	0.52	11.1
TkA08G212010	`PF10497`	zf-4CXXC_R1	44	54	6.4	7.7
TkA08G212010	`PF13771`	zf-HC5HC2H	52	93	0.031	15.2
TkA08G212010	`PF23729`	Spectrin_Dys-1	101	124	0.52	11.1
TkA08G212010	`PF13771`	zf-HC5HC2H	197	234	0.031	15.2
TkA08G212010	`PF00628`	PHD	205	251	1.3e-05	25.8
TkA08G212010	`PF27108`	PHD_Pygo	206	240	0.075	13.8
TkA08G212010	`PF10497`	zf-4CXXC_R1	206	253	6.4	7.7
TkA08G212010	`PF22908`	PHD_NSD	207	249	0.85	10.7
TkA08G212010	`PF23011`	PHD-1st_NSD	211	252	0.045	14.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B3H615`	拟南芥	sp\|B3H615\|ING2_ARATH PHD finger protein ING2	77.100%	Swiss-Prot	高置信

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