TkA08G203530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G203530

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 53205834-53206972 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

974 bp · TkA08G203530|TK1151|cDNA

ATTATTATATTAAATCACTTCCATCAATATTATTATACAACTTTATTACTCCTATCAACAACTACAACAAAACACCACTCTCTTTACAGCTTCTCACACCAAAACCCCTACCCAACCTCTCACAAGATTTATGTGTTCACTTTCATCATTAATATAATATCTCCAAACCCCACACTTCCTTCCCCCACCATGGACCTACCGCCATCCGACACCCGCCGCGGAGTCGGTAAACGAGCCACCGCCACCGCCGCCTCATTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

909 bp · TkA08G203530|TK1151|CDS

ATTATTATATTAAATCACTTCCATCAATATTATTATACAACTTTATTACTCCTATCAACAACTACAACAAAACACCACTCTCTTTACAGCTTCTCACACCAAAACCCCTACCCAACCTCTCACAAGATTTATGTGTTCACTTTCATCATTAATATAATATCTCCAAACCCCACACTTCCTTCCCCCACCATGGACCTACCGCCATCCGACACCCGCCGCGGAGTCGGTAAACGAGCCACCGCCACCGCCGCCTCATTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

302 aa · TkA08G203530|TK1151|PROTEIN

IIILNHFHQYYYTTLLLLSTTTTKHHSLYSFSHQNPYPTSHKIYVFTFIINIISPNPTLPSPTMDLPPSDTRRGVGKRATATAASFEAATSEQNSIPNPPCGACKFLRRKCVNGCIFAPYFGSDQGAARFAAVHKVFGASNVSKLLMHIPVSRRQHAVVTISYEAQARLSDPVYGCVSTVLALQQQVAALQTELAMVQNQLINNRLIVANAIQNSQQQLEPVHHLSLLQPAYSNASSASNNILNMNSFDSSLNNLGDDHH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G203530`
TK1151 ID	TkA08G203530
OH-1004 ID	LXL04_022728
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	83.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 29.470 / OH-1004 32.130 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G203530

位置 Chr08:53205834-53206972 (-)

描述 Similar to LBD30: LOB domain-containing protein 30

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g03760`	含LOB结构域蛋白 20。	暂无已核实直接文献
`At2g45420`	参与气管元件分化的正向调节。	ASYMMETRIC LEAVES2-LIKE19/LATERAL ORGAN BOUNDARIES DOMAIN30 and ASL20/LBD18 regulate tracheary element differentiation in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.061796 LBD18/ASL20 regulates lateral root formation in combination with LBD16/ASL18 downstream of ARF7 and ARF19 in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143685 LBD18 acts as a transcriptional activator that directly binds to the EXPANSIN14 promoter in promoting lateral root emergence of Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12013 The AP2/EREBP gene PUCHI Co-Acts with LBD16/ASL18 and LBD18/ASL20 downstream of ARF7 and ARF19 to regulate lateral root development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct081 EXPANSINA17 up-regulated by LBD18/ASL20 promotes lateral root formation during the auxin response.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct105 Lateral Organ Boundaries Domain16 and 18 Act Downstream of the AUXIN1 and LIKE-AUXIN3 Auxin Influx Carriers to Control Lateral Root Development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00578
`At2g42430`	转录激活剂。	ARF7 and ARF19 regulate lateral root formation via direct activation of LBD/ASL genes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047761 LBD18/ASL20 regulates lateral root formation in combination with LBD16/ASL18 downstream of ARF7 and ARF19 in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143685 The AP2/EREBP gene PUCHI Co-Acts with LBD16/ASL18 and LBD18/ASL20 downstream of ARF7 and ARF19 to regulate lateral root development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct081 Lateral Organ Boundaries Domain16 and 18 Act Downstream of the AUXIN1 and LIKE-AUXIN3 Auxin Influx Carriers to Control Lateral Root Development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00578
`At3g58190`	参与侧根形成。	ARF7 and ARF19 regulate lateral root formation via direct activation of LBD/ASL genes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047761

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0149100`	通过促进冒生（冠）根的起始，作为其正调控因子。	Crown rootless1, which is essential for crown root formation in rice, is a target of an AUXIN RESPONSE FACTOR in auxin signaling.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.030981 ARL1, a LOB-domain protein required for adventitious root formation in rice.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02434.x Transcript profiling of crown rootless1 mutant stem base reveals new elements associated with crown root development in rice.2011 · DOI: 10.1186/1471-2164-12-387

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022728 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010199 organ boundary specification between lateral organs and the meristem 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1900150 regulation of defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000987 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0001216 DNA-binding transcription activator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G42430

ath:AT2G45420

ath:AT3G03760

ath:AT4G00210

ath:AT4G00220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.958

排名 1 · TkA08G203530 · TK1151

细胞质0.107

排名 2 · TkA08G203530 · TK1151

细胞膜0.026

排名 3 · TkA08G203530 · TK1151

内质网0.026

排名 4 · TkA08G203530 · TK1151

质体0.013

排名 5 · TkA08G203530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03195LOB100-198 aa

PF03543Peptidase_C58122-205 aa

PF03543Peptidase_C58199-260 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G203530	`PF03195`	LOB	100	198	1.5e-35	122.4
TkA08G203530	`PF03543`	Peptidase_C58	122	205	0.082	13.3
TkA08G203530	`PF03543`	Peptidase_C58	199	260	0.082	13.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRV3`	拟南芥	sp\|Q9SRV3\|LBD20_ARATH LOB domain-containing protein 20	84.200%	Swiss-Prot	低置信
`O22131`	拟南芥	sp\|O22131\|LBD18_ARATH LOB domain-containing protein 18	72.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SLB7`	拟南芥	sp\|Q9SLB7\|LBD16_ARATH LOB domain-containing protein 16	64.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M2J7`	拟南芥	sp\|Q9M2J7\|LBD29_ARATH LOB domain-containing protein 29	64.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q5UG13`	水稻	sp\|Q5UG13\|LBD_ORYSJ LOB domain-containing protein CRL1	74.000%	Swiss-Prot	低置信

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