TkA08G198770 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G198770

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 51871153-51877786 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4679 bp · TkA08G198770|TK1151|cDNA

TCTCTCTTCCTTCTTTTTCTGACTGTAAATTAGGGTAAAACCCTCTATAAATTTCACTACCAATTAAGATTTCAATATCACGCAAAACCAATTTCTGCAACTCTAGTTATCATTGTTACGAATTAGCGGATTTAAGGTAGTCAAAAGCTTGATTCTTCCCCACTTCATATTCGTGTCATGTTTTGATGGGTAATCGAGGCCATAAAAGAAGTGAAACAATCGACGAATTGCCAGCAGATAAGAGAACGTGTAGTTCACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

4245 bp · TkA08G198770|TK1151|CDS

ATGGGTAATCGAGGCCATAAAAGAAGTGAAACAATCGACGAATTGCCAGCAGATAAGAGAACGTGTAGTTCACTCGAGTTCAGACCAACTTCATCAATGTCGACGGTTGAAACCCCAAGCACCTCCACGAATCAAGCCCATGATCATGACCACGACCACGACATGGAAACATCATCATCCGCCTCTGGTTCTAACCGTACAGACGACGATAAGGATTCAGCTTACGGCTCTTGTGATTCTGAAGAAACCGGTGATGCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1414 aa · TkA08G198770|TK1151|PROTEIN

MGNRGHKRSETIDELPADKRTCSSLEFRPTSSMSTVETPSTSTNQAHDHDHDHDMETSSSASGSNRTDDDKDSAYGSCDSEETGDAEQRRQRHAILDYQRQRLSTDQAKFKKVLSNLNEESSESDQQEALRELCEILSFCTDSSLSSLMADSLSPILIKLASHETNPEIMLLSIRALTYLCDTHPRSSAFIVRHDGVTALCKRLQGFEYEDVAEQCLQALEKISREQPLACLQSGAIMAVLQFIDFFSTSLQRVALSTVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G198770`
TK1151 ID	TkA08G198770
OH-1004 ID	LXL04_032701
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.092 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G198770

位置 Chr08:51871153-51877786 (-)

描述 Similar to UPL4: E3 ubiquitin-protein ligase UPL4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02880`	可能的E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q6WWW4`	可能的E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032701 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0033696 heterochromatin boundary formation 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045995 regulation of embryonic development 生物过程

GO:0140861 DNA repair-dependent chromatin remodeling 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G38600

ath:AT5G02880

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.548

排名 1 · TkA08G198770 · TK1151

细胞核0.391

排名 2 · TkA08G198770 · TK1151

高尔基体0.081

排名 3 · TkA08G198770 · TK1151

溶酶体／液泡0.076

排名 4 · TkA08G198770 · TK1151

细胞膜0.070

排名 5 · TkA08G198770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25579TPR_TRIP12_N4-233 aa

PF02724CDC4514-122 aa

PF25598ARM_PUB101-315 aa

PF00514Arm127-145 aa

PF12783Sec7-like_HUS139-184 aa

PF24768ARM_ARMC5145-264 aa

PF00514Arm155-182 aa

PF13646HEAT_2155-234 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G198770	`PF25579`	TPR_TRIP12_N	4	233	4.9e-101	338.1
TkA08G198770	`PF02724`	CDC45	14	122	4.9	6.0
TkA08G198770	`PF25598`	ARM_PUB	101	315	0.058	13.5
TkA08G198770	`PF00514`	Arm	127	145	6.8e-06	26.7
TkA08G198770	`PF12783`	Sec7-like_HUS	139	184	3.8	8.0
TkA08G198770	`PF24768`	ARM_ARMC5	145	264	3.2e-06	27.5
TkA08G198770	`PF00514`	Arm	155	182	6.8e-06	26.7
TkA08G198770	`PF13646`	HEAT_2	155	234	0.0015	19.4
TkA08G198770	`PF00514`	Arm	189	224	6.8e-06	26.7
TkA08G198770	`PF25598`	ARM_PUB	197	377	0.058	13.5
TkA08G198770	`PF00514`	Arm	225	263	6.8e-06	26.7
TkA08G198770	`PF13646`	HEAT_2	275	317	0.0015	19.4
TkA08G198770	`PF25579`	TPR_TRIP12_N	276	304	4.9e-101	338.1
TkA08G198770	`PF24768`	ARM_ARMC5	277	337	3.2e-06	27.5
TkA08G198770	`PF00514`	Arm	277	300	6.8e-06	26.7
TkA08G198770	`PF25579`	TPR_TRIP12_N	308	355	4.9e-101	338.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYZ7`	拟南芥	sp\|Q9LYZ7\|UPL4_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase UPL4	49.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6WWW4`	拟南芥	sp\|Q6WWW4\|UPL3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase UPL3	35.700%	Swiss-Prot	中等置信

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