TkA08G190670 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G190670

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 49828136-49833256 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3336 bp · TkA08G190670|TK1151|cDNA

ATATATAGTCCCCCTGTTTCTGTATTTCGAGAAAATCTAGGGTTATTTTTTCCGTTCACAAGTTCAAATTGCAAATCATGTAGAGAGCACCGGATCAGATAAACTCAGAAAGACAGCGATGATTTTGTAGCGAAAAAGTCTTTGGTCCTTCAATTGGGTTTTCGATATCCCGCATTCTCTACGCTGAATTTCTGTTCAGCCCTTTTATTGAAACCTAAACTTGATCATCAGTCGCCATTAAAATCAAGTATGAAGAGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2934 bp · TkA08G190670|TK1151|CDS

ATGAAGAGAGAACTAGCTTTCGCCTTGGAAGCTCGATCTCAGTTCTCTTGCTTCATAGGTCGGACTAGATCTTCGAAAAGTCCACCCCCTCAGTTCGATAAAAGGAAGAGCAAAGAGCGATCGTCCAGTGATCGTTCGAAGATTTCGATTGATGAAGTGAATATGAGTAGACGGAGCAAACGGGTTAAAACTGAGATTCCAGATGCCGATTTGATGAATGTCGATAGATCCAAGTCGCCCAAAACGGAAGTAGCCAAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

977 aa · TkA08G190670|TK1151|PROTEIN

MKRELAFALEARSQFSCFIGRTRSSKSPPPQFDKRKSKERSSSDRSKISIDEVNMSRRSKRVKTEIPDADLMNVDRSKSPKTEVAKGEEESTAADVAMVAEESAAPEVVMGEGESTAPEVAKGEEEPAAVPVKSDEKVTRTVEKVYVKRKSRKDSSTPKRFTRSALKSEHVEELGTPSRKNLELKMSKKIGLGRMPTKMRELLETGLLEGFRVFYNLEGRNLKGVIKGAGILCSCNSCMGTKVISPSQFEMHACESYRNA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G190670`
TK1151 ID	TkA08G190670
OH-1004 ID	LXL04_032602
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.929 / OH-1004 96.917 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G190670`
位置	Chr08:49828136-49833256 (+)
描述	Similar to IDM1: Increased DNA methylation 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032602` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程 GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程 GO:0015671 oxygen transport 生物过程 GO:0035092 sperm DNA condensation 生物过程 GO:0042659 regulation of cell fate specification 生物过程 GO:0045595 regulation of cell differentiation 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G14980 hsa:1108 mmu:107932 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.926

排名 1 · TkA08G190670 · TK1151

细胞质0.123

排名 2 · TkA08G190670 · TK1151

细胞膜0.033

排名 3 · TkA08G190670 · TK1151

内质网0.016

排名 4 · TkA08G190670 · TK1151

线粒体0.013

排名 5 · TkA08G190670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16135TDBD224-278 aa

PF23011PHD-1st_NSD296-309 aa

PF22908PHD_NSD303-326 aa

PF00130C1_1303-329 aa

PF00628PHD306-328 aa

PF13831PHD_2319-329 aa

PF00130C1_1468-489 aa

PF16135TDBD479-523 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G190670	`PF16135`	TDBD	224	278	2.6e-25	88.9
TkA08G190670	`PF23011`	PHD-1st_NSD	296	309	1.2e-07	32.5
TkA08G190670	`PF22908`	PHD_NSD	303	326	0.019	16.0
TkA08G190670	`PF00130`	C1_1	303	329	1.9	9.1
TkA08G190670	`PF00628`	PHD	306	328	2.2e-09	37.9
TkA08G190670	`PF13831`	PHD_2	319	329	0.0029	17.7
TkA08G190670	`PF00130`	C1_1	468	489	1.9	9.1
TkA08G190670	`PF16135`	TDBD	479	523	2.6e-25	88.9
TkA08G190670	`PF16744`	zf-RING_15	539	570	0.0021	18.9
TkA08G190670	`PF23011`	PHD-1st_NSD	541	584	1.2e-07	32.5
TkA08G190670	`PF00628`	PHD	544	583	2.2e-09	37.9
TkA08G190670	`PF23004`	PHDvar_NSD	544	570	0.045	14.5
TkA08G190670	`PF00130`	C1_1	552	570	1.9	9.1
TkA08G190670	`PF13831`	PHD_2	553	584	0.0029	17.7
TkA08G190670	`PF22908`	PHD_NSD	556	571	0.019	16.0
TkA08G190670	`PF00130`	C1_1	579	587	1.9	9.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情