TkA08G185810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G185810

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 48565708-48570441 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3202 bp · TkA08G185810|TK1151|cDNA

CGGATACCTTGACTTCCTCCTCACACCTCCTCCTCCCTCAGCCTGGGTTGCCGACCTGTTCTAGCCACACTCAACGATTCACTGGTTCAGTGGATTGAACGCAAAGGCAAAGAACTAGTGAACGGCTATTTCTGAAATTCGGCGACCTCCTTTGAGTCCTTCTCAAATCAGACGTCTTCCAAGTTCCAAAGTTCCAATCTGAAATCGAGACTACCTTCGTTCTAATCCACAGCCACTGAGAGAGAACTCGACATCTACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2415 bp · TkA08G185810|TK1151|CDS

ATGGAGTCTCAAAGATCTAATCTTCAAGTAGTTTCCCTAAATGACGATGACGATGAAATATTGGTTTCCAAGTTCGATTGTTCAGTCGACAATCACTTTCACGCGATGGATAAAATTGCTACACTCTCCGGAGAATCAGAACCACAAACCGACATTCCACGATTCTCTTCTTCCGTTACTTTCTTAAGAGAATGGAGAAACTTCTGTTACCAACCTCGAGCTGTTAGGTTTGCTTGTGAAAAGGACACAGATGTCGCACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

804 aa · TkA08G185810|TK1151|PROTEIN

MESQRSNLQVVSLNDDDDEILVSKFDCSVDNHFHAMDKIATLSGESEPQTDIPRFSSSVTFLREWRNFCYQPRAVRFACEKDTDVAPQINLPQFSSALVPKDSSDGNKDFVMNVGGHVWALDWCPKLHQNSNTNINVEFIAVAAHPPESSYHKIGAPLTGRGLIQIWCMLNSCTKEQDKLPLVKVKPKKSSQNDESTDPEIDEPKKKRGRPKKITVPNQQDIIPLVKVKPKKSSRNDESTDPEIDEPKKKRGRPKKITVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G185810`
TK1151 ID	TkA08G185810
OH-1004 ID	LXL04_032544
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G185810`
位置	Chr08:48565708-48570441 (+)
描述	Similar to GTF3C2: General transcription factor 3C polypeptide 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032544` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006383 transcription by RNA polymerase III 生物过程 GO:0006384 transcription initiation at RNA polymerase III promoter 生物过程 GO:0042791 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III 生物过程 GO:0042797 tRNA transcription by RNA polymerase III 生物过程 GO:0000127 transcription factor TFIIIC complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0000995 RNA polymerase III general transcription initiation factor activity 分子功能 GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:2976 mmu:71752 pon:100174311 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.877

排名 1 · TkA08G185810 · TK1151

细胞质0.172

排名 2 · TkA08G185810 · TK1151

细胞膜0.036

排名 3 · TkA08G185810 · TK1151

内质网0.020

排名 4 · TkA08G185810 · TK1151

线粒体0.019

排名 5 · TkA08G185810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00400WD40112-125 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st115-143 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz117-126 aa

PF13565HTH_32203-234 aa

PF13565HTH_32247-273 aa

PF00400WD40374-389 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st376-413 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz459-522 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G185810	`PF00400`	WD40	112	125	1e-06	29.7
TkA08G185810	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	115	143	1.2e-06	28.8
TkA08G185810	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	117	126	2e-05	24.7
TkA08G185810	`PF13565`	HTH_32	203	234	0.31	12.4
TkA08G185810	`PF13565`	HTH_32	247	273	0.31	12.4
TkA08G185810	`PF00400`	WD40	374	389	1e-06	29.7
TkA08G185810	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	376	413	1.2e-06	28.8
TkA08G185810	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	459	522	2e-05	24.7
TkA08G185810	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	459	488	0.0043	17.2
TkA08G185810	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	461	488	0.003	17.0
TkA08G185810	`PF00400`	WD40	467	483	1e-06	29.7
TkA08G185810	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	467	485	0.062	13.7
TkA08G185810	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	469	589	1.2e-06	28.8
TkA08G185810	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	469	484	9.5e-06	25.9
TkA08G185810	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	470	591	7.1e-06	25.9
TkA08G185810	`PF00400`	WD40	506	544	1e-06	29.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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