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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G183020
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 47836453-47841191 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1477 bp · TkA08G183020|TK1151|cDNA

TTACACTCACCCTATTTAACTCGTCACGCTCTCTCGAGTCCTCTGAACAAAAGGAATGTAAGTATTGATATATCACCATCTCTCGCTCTTTAATCTCAATTAATCCAAAACCCATTCCCCAGAAATCCATTTTCTTCAATCCCTTATACATAATATATATTCGCAAAACAATGAACAATTCAAGAGAATTACAAGGTAAAATGGCTCATGATCCTGGCTGTGTGTTTTCTTACCCAAAAAGGAGACGTCAAGTATGGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1284 bp · TkA08G183020|TK1151|CDS

ATGAACAATTCAAGAGAATTACAAGGTAAAATGGCTCATGATCCTGGCTGTGTGTTTTCTTACCCAAAAAGGAGACGTCAAGTATGGGTTCCTGGTCCAGTCATAGTCGGAGCCGGACCATCTGGCCTCGCCGCTGCTGCCTGCTTGAGGGAGAAAGGAGTTCCTAGCGTCATCCTCGAACGATCAAATTGCATAGCGTCCCTTTGGCAGCTCAAAACCTACGACCGCCTCCGGCTACACCTTCCAAAAAAGTTCTGTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

427 aa · TkA08G183020|TK1151|PROTEIN

MNNSRELQGKMAHDPGCVFSYPKRRRQVWVPGPVIVGAGPSGLAAAACLREKGVPSVILERSNCIASLWQLKTYDRLRLHLPKKFCELPLLSFPEDFPTYPTKQQFIEYLETYAKRFGIEPVFEQSVESAEYDESVEMWRVRSVGMKGEEMEYVCRWLVVATGENAEAVLPNIKGMAEFCGEVKHTSEYKSGSAYKGKKVLVVGCGNSGMEVCLDLCNHNAKPSLVVRDAVHVLPRDIMGQSTFGLSMRLLKWLPMRLVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G183020
TK1151 IDTkA08G183020
OH-1004 IDLXL04_032513
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G183020
位置Chr08:47836453-47841191 (-)
描述Similar to YUC6: Indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g25620 通过吲哚-3-丙酮酸 途径参与生长素生物合成。
Auxin biosynthesis by the YUCCA flavin monooxygenases controls the formation of floral organs and vascular tissues in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1101/gad.1415106
yucca6, a dominant mutation in Arabidopsis, affects auxin accumulation and auxin-related phenotypes.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.104935
Overexpression of Arabidopsis YUCCA6 in potato results in high-auxin developmental phenotypes and enhanced resistance to water deficit.2013 · DOI: 10.1093/mp/sss100
The biochemical mechanism of auxin biosynthesis by an arabidopsis YUCCA flavin-containing monooxygenase.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m112.424077
At4g13260 参与生长素生物合成。
Auxin biosynthesis by the YUCCA flavin monooxygenases controls the formation of floral organs and vascular tissues in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1101/gad.1415106
At1g04180 参与生长素生物合成。 暂无已核实直接文献
At5g43890 参与生长素生物合成。
Interaction of auxin and ERECTA in elaborating Arabidopsis inflorescence architecture revealed by the activation tagging of a new member of the YUCCA family putative flavin monooxygenases.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.063495
At1g04610 参与生长素生物合成。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032513 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009635 response to herbicide 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009735 response to cytokinin 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009819 drought recovery 生物过程
GO:0009851 auxin biosynthetic process 生物过程
GO:0010038 response to metal ion 生物过程
GO:0010262 somatic embryogenesis 生物过程
GO:0010600 regulation of auxin biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04180
ath:AT4G13260
ath:AT4G28720
ath:AT5G25620
ath:AT5G43890
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.340
排名 1 · TkA08G183020 · TK1151
内质网0.211
排名 2 · TkA08G183020 · TK1151
细胞核0.162
排名 3 · TkA08G183020 · TK1151
线粒体0.152
排名 4 · TkA08G183020 · TK1151
细胞膜0.100
排名 5 · TkA08G183020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13738Pyr_redox_334-230 aa
PF13434Lys_Orn_oxgnase34-61 aa
PF07992Pyr_redox_234-227 aa
PF01494FAD_binding_334-63 aa
PF00070Pyr_redox34-65 aa
PF03486HI0933_like34-65 aa
PF01266DAO34-62 aa
PF01946Thi434-62 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G183020PF13738Pyr_redox_3342302.7e-2796.6
TkA08G183020PF13434Lys_Orn_oxgnase34615.1e-1762.7
TkA08G183020PF07992Pyr_redox_2342277.3e-1659.2
TkA08G183020PF01494FAD_binding_334632.2e-0834.4
TkA08G183020PF00070Pyr_redox34651.1e-0629.8
TkA08G183020PF03486HI0933_like34653.9e-0524.0
TkA08G183020PF01266DAO34620.0002421.5
TkA08G183020PF01946Thi434620.0002920.9
TkA08G183020PF13454NAD_binding_934520.001918.9
TkA08G183020PF00890FAD_binding_234610.003717.2
TkA08G183020PF01488Shikimate_DH34610.007517.1
TkA08G183020PF01134GIDA34590.01415.2
TkA08G183020PF21799MurD-like_N34720.0514.6
TkA08G183020PF02254TrkA_N34620.05314.6
TkA08G183020PF12831FAD_oxidored34640.08612.8
TkA08G183020PF02558ApbA34630.1212.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VZ59拟南芥sp|Q8VZ59|YUC6_ARATH Indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA670.500%Swiss-Prot高置信
Q9SVQ1拟南芥sp|Q9SVQ1|YUC2_ARATH Indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA264.800%Swiss-Prot高置信
O64489拟南芥sp|O64489|YUC9_ARATH Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA964.000%Swiss-Prot高置信
Q9LKC0拟南芥sp|Q9LKC0|YUC5_ARATH Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA563.400%Swiss-Prot高置信
O23024拟南芥sp|O23024|YUC3_ARATH Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA360.100%Swiss-Prot高置信

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