TkA08G182140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G182140

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 47624976-47631048 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2341 bp · TkA08G182140|TK1151|cDNA

AAAAAACAGGAATACAGGATGCCTAGGAGAGGAAGACACATGGGCATTGAGACTGGGCCGAACCTTTGCACCGGAGATTGTGCCCTTTGTACTGCTTCAAGCATCGATTCTCTCTCACGCACAATACTCGTGGATTTTGTGTTAGGGTTTGCTTTGCTTTGCTTGCAATTCAAGTCTGACTTCCGATTTCAGTGATTCTCACAACAATCGGAAGATGTCCGGACACCCTCGTAATCGATCTGCTGGTGGTAAACCAGACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1287 bp · TkA08G182140|TK1151|CDS

ATGTCCGGACACCCTCGTAATCGATCTGCTGGTGGTAAACCAGACGGTAGAAGGAAACAAACAAATGCTGGTTCTCCAACGCAGTTGAAACCGAAGATAAAGGTTGCATCAGATGAATCTTCTGGTAGTGCTTCCGTTGATCACAAGGATGATTCTTCACTTACTGGCGAATGTATCTCAAATAAAATGTCAAGTTTAACTCCTAAACCAGATTTAAATCCCCATCCACAAGAGAAATCTCCATTGCCCCCTGTAAAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

428 aa · TkA08G182140|TK1151|PROTEIN

MSGHPRNRSAGGKPDGRRKQTNAGSPTQLKPKIKVASDESSGSASVDHKDDSSLTGECISNKMSSLTPKPDLNPHPQEKSPLPPVKHASPGRWNFQPTPVSSHSTDNVSEQPKSVSTSNSDSKDSNHLHPVLSKSQQGIESQDGIAEKGKQIGDNGGKPEDGDHSSMSRFDICPKKANTGGIKLKPSLHAKNKEKRNQKKLAAEGPIIDILRPGMVIIKGYISSDDQVKMVKTCRELGIGDGGFYQPGYSDGAKLHLKMM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G182140`
TK1151 ID	TkA08G182140
OH-1004 ID	LXL04_032505
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G182140

位置 Chr08:47624976-47631048 (-)

描述 Similar to abh1: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase abh1 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14160`	双加氧酶，以低效率催化 DNA N(6)-甲基腺嘌呤 (6 mA) 的去甲基化。	Identification of AtALKBH1A and AtALKBH1D as DNA N 6 -adenine demethylases in Arabidopsis thaliana.2024 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2024.112055
`At5g01780`	双加氧酶，催化DNA N(6)-甲基腺嘌呤（6 mA）去甲基化以调节基因表达并控制种子萌发。	Identification of AtALKBH1A and AtALKBH1D as DNA N 6 -adenine demethylases in Arabidopsis thaliana.2024 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2024.112055
`At3g14140`	可能催化DNA N(6)-甲基腺嘌呤（6 mA）去甲基化的双加氧酶（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032505 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006307 DNA alkylation repair 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0035513 oxidative RNA demethylation 生物过程

GO:0042245 RNA repair 生物过程

GO:0070989 oxidative demethylation 生物过程

GO:0072702 response to methyl methanesulfonate 生物过程

GO:1990983 regulation of translational initiation by tRNA modification 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G14140

ath:AT3G14160

ath:AT5G01780

ecj:JW2200

eco:b2212

ecoc:C3026_12360

spo:2539935

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.662

排名 1 · TkA08G182140 · TK1151

细胞质0.287

排名 2 · TkA08G182140 · TK1151

细胞膜0.063

排名 3 · TkA08G182140 · TK1151

内质网0.043

排名 4 · TkA08G182140 · TK1151

线粒体0.040

排名 5 · TkA08G182140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF135322OG-FeII_Oxy_2214-426 aa

PF136402OG-FeII_Oxy_3324-400 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G182140	`PF13532`	2OG-FeII_Oxy_2	214	426	1.5e-45	156.5
TkA08G182140	`PF13640`	2OG-FeII_Oxy_3	324	400	0.27	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LJH2`	拟南芥	sp\|Q9LJH2\|AKB1C_ARATH DNA N(6)-methyladenine demethylase ALKBH1C	58.400%	Swiss-Prot	中等置信
`F4KAV2`	拟南芥	sp\|F4KAV2\|AKB1D_ARATH DNA N(6)-methyladenine demethylase ALKBH1D	60.300%	Swiss-Prot	中等置信
`F4JFR7`	拟南芥	sp\|F4JFR7\|AKB1B_ARATH Probable DNA N(6)-methyladenine demethylase ALKBH1B	51.300%	Swiss-Prot	中等置信

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