RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G181770
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 47516775-47520836 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2360 bp · TkA08G181770|TK1151|cDNA

GGGAATAGTTCTATGGGCTCCAAGTTTGCAGTCAGACCTTGTTGTTGTTGATTACCAATATTGTGAGCTATGAAGAAGAGATCGACATATTCGGAATTTGCAAATCTGCCGCCTAGCGACGTGCCGGAGCCCGGATGTATACATGAATCTTAATGTTTAATCTTAATCTCAATTTCATCCTTGCCTCTTGCTTTAATGAATCCTCTAGATGTGAATTGCGTTGGGCTTTAATGGAGAAGATATAGGGGGAAGATGAGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1779 bp · TkA08G181770|TK1151|CDS

ATGGTGAACTCCTTGGTGGGAAGGGCCACAAGCGACATGCTTATAGGTCCCGATTGGGCCATGAATATTGAGATCTGTGATATCTGCAACCATGATCCTGTGCAAGCTAAGGATGTCGTAAAAGGCATAAAAAAGCGTCTAGGAAGCAGGAATCCTAAAGTCCAACTTCTTGCGTTAACACTACTGGAAACAATCGTGAAGAACTGCGGTGATTTTGTTCATATGCATGTAGCCGAAAGAGATGTTCTTCACGACATGGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

592 aa · TkA08G181770|TK1151|PROTEIN

MVNSLVGRATSDMLIGPDWAMNIEICDICNHDPVQAKDVVKGIKKRLGSRNPKVQLLALTLLETIVKNCGDFVHMHVAERDVLHDMVKIVKKKPDFHVKEKILVLIDTWQEAFGGARARYPQYYAAYHELLRLGAVFPQKSERATPVFTPPQTQPLSSFPHDTRNPENENEVAASSSEAELSLTEMQNARGIMDVLAEMLTALDPEKKEGLKQEVIVDLVEQCRAYKRRVVHLVNSTSDESLLCQGLALNDDLQRVLSKH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G181770
TK1151 IDTkA08G181770
OH-1004 IDLXL04_032495
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G181770
位置Chr08:47516775-47520836 (+)
描述Similar to TOL9: TOM1-like protein 9
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g32760 可能有助于ESCRT机械装置的装载。 暂无已核实直接文献
At3g08790 可能有助于ESCRT机械装置的装载。 暂无已核实直接文献
At1g21380 可能有助于ESCRT机械装置的装载。 暂无已核实直接文献
At1g76970 可能有助于ESCRT机械装置的装载。 暂无已核实直接文献
At2g38410 作为降解蛋白质向液泡排序的守门员。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032495 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0043328 protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005769 early endosome 细胞组分
GO:0005771 multivesicular body 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0031901 early endosome membrane 细胞组分
GO:0035091 phosphatidylinositol binding 分子功能
GO:0043130 ubiquitin binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G21380
ath:AT1G76970
ath:AT2G38410
ath:AT3G08790
ath:AT4G32760
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.621
排名 1 · TkA08G181770 · TK1151
高尔基体0.335
排名 2 · TkA08G181770 · TK1151
细胞核0.153
排名 3 · TkA08G181770 · TK1151
细胞膜0.121
排名 4 · TkA08G181770 · TK1151
内质网0.102
排名 5 · TkA08G181770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00790VHS3-121 aa
PF12530DUF37303-76 aa
PF01417ENTH4-71 aa
PF01602Adaptin_N27-89 aa
PF04818CID29-111 aa
PF11841ELMO_ARM38-107 aa
PF24181TPR_TTI1_C43-93 aa
PF01602Adaptin_N183-233 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G181770PF00790VHS31211.9e-31109.5
TkA08G181770PF12530DUF37303766.1e-0626.7
TkA08G181770PF01417ENTH4710.03614.8
TkA08G181770PF01602Adaptin_N27890.659.2
TkA08G181770PF04818CID291110.003918.1
TkA08G181770PF11841ELMO_ARM381070.2412.0
TkA08G181770PF24181TPR_TTI1_C43930.008516.5
TkA08G181770PF01602Adaptin_N1832330.659.2
TkA08G181770PF03127GAT1932652.2e-1970.2
TkA08G181770PF04818CID1952070.003918.1
TkA08G181770PF12530DUF37302002326.1e-0626.7
TkA08G181770PF03127GAT3713892.2e-1970.2
TkA08G181770PF04360Serglycin4895340.311.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L860拟南芥sp|Q8L860|TOL9_ARATH TOM1-like protein 961.100%Swiss-Prot高置信
Q9C9Y1拟南芥sp|Q9C9Y1|TOL8_ARATH TOM1-like protein 845.800%Swiss-Prot中等置信
Q9LPL6拟南芥sp|Q9LPL6|TOL3_ARATH TOM1-like protein 360.000%Swiss-Prot低置信
Q6NQK0拟南芥sp|Q6NQK0|TOL4_ARATH TOM1-like protein 456.900%Swiss-Prot低置信
O80910拟南芥sp|O80910|TOL6_ARATH TOM1-like protein 643.900%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看