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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G180610
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 47254094-47255074 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

936 bp · TkA08G180610|TK1151|cDNA

ATGAAGTTCTGTCAATCGGATATACTTCAACAAGTCCCTCATCAAATTCCTACCTCAAATAGATCACGATATTCTGGTATTGACAAGAAAGCAATCGAATCTTTGCCTTTTTTTAGATTCTCATCACTTAAAGGATCAAAAGAAGGGCTAGAATGTGTAGTGTGCTTATCGAAGTTTGAAGATTCGGAGGTTTTAAGGTTGTTGCCAAAGTGTAGGCACGCATTTCATATGAATTGCATCGATCAATGGCTAGAAAGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

936 bp · TkA08G180610|TK1151|CDS

ATGAAGTTCTGTCAATCGGATATACTTCAACAAGTCCCTCATCAAATTCCTACCTCAAATAGATCACGATATTCTGGTATTGACAAGAAAGCAATCGAATCTTTGCCTTTTTTTAGATTCTCATCACTTAAAGGATCAAAAGAAGGGCTAGAATGTGTAGTGTGCTTATCGAAGTTTGAAGATTCGGAGGTTTTAAGGTTGTTGCCAAAGTGTAGGCACGCATTTCATATGAATTGCATCGATCAATGGCTAGAAAGTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

311 aa · TkA08G180610|TK1151|PROTEIN

MKFCQSDILQQVPHQIPTSNRSRYSGIDKKAIESLPFFRFSSLKGSKEGLECVVCLSKFEDSEVLRLLPKCRHAFHMNCIDQWLESHSSCPLCRYKFDLSDITNFTFTNSLRYTQEEGLNNLDVFVKREHDGSSRSLRFSIGNSFRQFGKSPKEDVLIQYEDQGLLDKFKHRIIVSDIVCKSRWSDVNSSDLMFLNSKMLNEVSNKRFSPSSSGKFEIDIEQVMKFKEDMSGETSTSNLESPRFQAAEEVEGMEKRSMSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G180610
TK1151 IDTkA08G180610
OH-1004 IDLXL04_032479
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)95.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 92.090
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G180610
位置Chr08:47254094-47255074 (-)
描述Similar to ATL42: E3 ubiquitin-protein ligase ATL42
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g28890 E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献
At2g20030 推测的RING-H2指蛋白ATL12。 暂无已核实直接文献
At5g05810 RING-H2 指蛋白 ATL43。 暂无已核实直接文献
At1g72200 RING-H2指蛋白ATL11。 暂无已核实直接文献
At4g09120 推测的 RING-H2 指蛋白 ATL36。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032479 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G20030
ath:AT2G35000
ath:AT4G28890
ath:AT4G40070
ath:AT5G05810
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.493
排名 1 · TkA08G180610 · TK1151
细胞质0.414
排名 2 · TkA08G180610 · TK1151
细胞膜0.132
排名 3 · TkA08G180610 · TK1151
内质网0.055
排名 4 · TkA08G180610 · TK1151
线粒体0.047
排名 5 · TkA08G180610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13771zf-HC5HC2H31-82 aa
PF23413zf_RING_Vps8_fungal45-55 aa
PF04423Rad50_zn_hook46-68 aa
PF14446Prok-RING_147-80 aa
PF29721TMEM129_C48-62 aa
PF13920zf-C3HC4_350-96 aa
PF11789zf-Nse50-93 aa
PF16685zf-RING_1050-101 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G180610PF13771zf-HC5HC2H31820.08113.9
TkA08G180610PF23413zf_RING_Vps8_fungal45550.0115.8
TkA08G180610PF04423Rad50_zn_hook46680.5410.8
TkA08G180610PF14446Prok-RING_147800.05514.4
TkA08G180610PF29721TMEM129_C48620.01416.4
TkA08G180610PF13920zf-C3HC4_350964.5e-0523.9
TkA08G180610PF11789zf-Nse50930.2112.1
TkA08G180610PF16685zf-RING_10501010.2712.1
TkA08G180610PF11793FANCL_C50880.4911.5
TkA08G180610PF22191IBR_150841.010.0
TkA08G180610PF13639zf-RING_251946.6e-1555.8
TkA08G180610PF17123zf-RING_1151802e-1040.9
TkA08G180610PF13923zf-C3HC4_251932.9e-0937.3
TkA08G180610PF14634zf-RING_551940.0001222.7
TkA08G180610PF17120zf-RING_1651910.01415.7
TkA08G180610PF21202SLX1_C51940.1113.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5XF85拟南芥sp|Q5XF85|ATL42_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL4242.000%Swiss-Prot中等置信
Q9SL78拟南芥sp|Q9SL78|ATL12_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL1245.400%Swiss-Prot中等置信
Q5EAE9拟南芥sp|Q5EAE9|ATL43_ARATH RING-H2 finger protein ATL4358.300%Swiss-Prot低置信
Q84W40拟南芥sp|Q84W40|ATL11_ARATH RING-H2 finger protein ATL1154.400%Swiss-Prot低置信
Q9M0R5拟南芥sp|Q9M0R5|ATL36_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL3648.300%Swiss-Prot低置信

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