TkA08G173400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G173400

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 45318183-45321244 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2213 bp · TkA08G173400|TK1151|cDNA

CAGCGGTTCACACCTCCAGCTCCCTACTCGTTCCTCTCTTTCGTTATATACGCTTTTCTCTTTCTCTCTCTAAAACACAAATTCAAACTTCAAAAACATGGTTTCCAGCTTCTCTCTCATCACCACCACACTCCTCCTTCTCGCCACCATTACCTCCGCCCAAACTCCACCTCGAACTCCTCCGCCACCGCCGCCAGTATCCGATTCCTGCAACGGTGTCTTCTTATCCTACACTTACACGTCCGGATCCAGGATCCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1938 bp · TkA08G173400|TK1151|CDS

ATGGTTTCCAGCTTCTCTCTCATCACCACCACACTCCTCCTTCTCGCCACCATTACCTCCGCCCAAACTCCACCTCGAACTCCTCCGCCACCGCCGCCAGTATCCGATTCCTGCAACGGTGTCTTCTTATCCTACACTTACACGTCCGGATCCAGGATCCCACCAAACCGAACATCCAATCAACCCTACCGCTTCGAATCAACCCTCAGAGTCCTCAATAACGCCGACGAAGAGCTTAAATCTTGGCGGGTATTTGTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

645 aa · TkA08G173400|TK1151|PROTEIN

MVSSFSLITTTLLLLATITSAQTPPRTPPPPPPVSDSCNGVFLSYTYTSGSRIPPNRTSNQPYRFESTLRVLNNADEELKSWRVFVGFQHDEFLVSASNAVIADGSAAFPGPVGNGTVFAGFPSADLKTAIETAGDVTQMSVEVDFVGTQFGVDSPDVPMPSNISLANDGFVCPRPTMQGTRVMQVCCTKDLNSITNITTKDEFLPRQSGDLTIMYDIIRTYESNYWAEVTIENHNSLGRLDNWNLTWDWMRDEFINDIK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G173400`
TK1151 ID	TkA08G173400
OH-1004 ID	LXL04_032418
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G173400

位置 Chr08:45318183-45321244 (-)

描述 Similar to COBL7: COBRA-like protein 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g16120`	类 COBRA 蛋白 7。	暂无已核实直接文献
`At3g16860`	类眼镜蛇样蛋白 8。	暂无已核实直接文献
`At5g49270`	COBRA 样蛋白 9。	暂无已核实直接文献
`At3g20580`	参与花粉管中顶端果胶帽和纤维素微纤维的沉积。	Arabidopsis COBRA-LIKE 10, a GPI-anchored protein, mediates directional growth of pollen tubes.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12139
`At4g27110`	参与花粉管顶端果胶帽和纤维素微纤维的沉积。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032418 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0009932 cell tip growth 生物过程

GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程

GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程

GO:0048768 root hair cell tip growth 生物过程

GO:0052324 plant-type cell wall cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G16860

ath:AT3G20580

ath:AT4G16120

ath:AT4G27110

ath:AT5G49270

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.729

排名 1 · TkA08G173400 · TK1151

内质网0.098

排名 2 · TkA08G173400 · TK1151

细胞外0.098

排名 3 · TkA08G173400 · TK1151

细胞质0.071

排名 4 · TkA08G173400 · TK1151

高尔基体0.040

排名 5 · TkA08G173400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00553CBM_264-104 aa

PF04833COBRA_N156-178 aa

PF25079COB_C208-263 aa

PF00553CBM_2214-254 aa

PF04833COBRA_N226-404 aa

PF25079COB_C412-619 aa

PF00553CBM_2419-449 aa

PF00553CBM_2492-529 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G173400	`PF00553`	CBM_2	64	104	0.00024	22.1
TkA08G173400	`PF04833`	COBRA_N	156	178	7.6e-62	208.8
TkA08G173400	`PF25079`	COB_C	208	263	7.5e-96	320.8
TkA08G173400	`PF00553`	CBM_2	214	254	0.00024	22.1
TkA08G173400	`PF04833`	COBRA_N	226	404	7.6e-62	208.8
TkA08G173400	`PF25079`	COB_C	412	619	7.5e-96	320.8
TkA08G173400	`PF00553`	CBM_2	419	449	0.00024	22.1
TkA08G173400	`PF00553`	CBM_2	492	529	0.00024	22.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GZ17`	拟南芥	sp\|Q8GZ17\|COBL7_ARATH COBRA-like protein 7	67.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LIB6`	拟南芥	sp\|Q9LIB6\|COBL8_ARATH COBRA-like protein 8	65.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FJ13`	拟南芥	sp\|Q9FJ13\|COBL9_ARATH COBRA-like protein 9	60.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LJU0`	拟南芥	sp\|Q9LJU0\|CBL10_ARATH COBRA-like protein 10	53.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9T045`	拟南芥	sp\|Q9T045\|CBL11_ARATH COBRA-like protein 11	51.100%	Swiss-Prot	高置信

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