TkA08G170880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G170880

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 44705863-44714079 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4697 bp · TkA08G170880|TK1151|cDNA

GGTAAAGAAAAAAACAGAGGTGCAAGGGAAATCTCTCTTTTTTCGCGCAGGGTTTCCAGAAATTCCTCCAATCCTAACCGGGAGAAAGGAGATTTGAAACACAGAAACTGGTCATCATCAGGTCAAGTATCTATCACTGTCTTAATTTTGTTTATGATTACATATACAGACCCTCGCACGCCCATGAACTTCAGATTTACTGAAACCCTAATACCCAATTCACCCCGCAGTTGTAAGTTTTATTAGAATTTGGTTTCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

4032 bp · TkA08G170880|TK1151|CDS

ATGAGTAGTTTAGTTGAGAGACTTCGTGTTAGATCAGACTCAAGGCCCCGCTATAGTATAGACGATTCTGATGATGAGTCAGACCTCCTTCTAGGGAAATCCAAGAACAAAGAGCAGTTTGAGAAGATCATCAGAGATGACGCGAAAGAGGATTCATGTAATGCATGTGGTGAATCCGGGAATCTACTCATCTGTGAAACTTGCACTTATGAATACCATCCAAAGTGTCTACTACCACCTCTAAAAGCCCCTCTTCCTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1343 aa · TkA08G170880|TK1151|PROTEIN

MSSLVERLRVRSDSRPRYSIDDSDDESDLLLGKSKNKEQFEKIIRDDAKEDSCNACGESGNLLICETCTYEYHPKCLLPPLKAPLPTSWRCPKCVNPLNDIEKLLDCEMRPTVADDSDASKLGSKQIFVKQYLVKWKGLSYLHCTWVPEKEFIKAYKELPRLRTKVNNFRKQMNVGNNEDDYVPIRPEYTMVDRVLACRQEEDEEKEYLVKWVGLNYDECYWESESDISSFQQQIENFNRLQSRHRKLRKQKSNNQDAID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G170880`
TK1151 ID	TkA08G170880
OH-1004 ID	LXL04_032392
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G170880

位置 Chr08:44705863-44714079 (-)

描述 Similar to PKL: CHD3-type chromatin-remodeling factor PICKLE

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25170`	染色质重塑因子，在种子萌发期间及萌发后抑制胚性状基因（如 NFYB9/LEC1）的表达，从而实现向萌发后生长的发育转换。	暂无已核实直接文献
`At4g31900`	染色质重塑因子，在种子萌发期间及萌发后抑制胚性性状基因的表达，从而实现向萌发后生长的发育转换。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032392 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007051 spindle organization 生物过程

GO:0007098 centrosome cycle 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25170

ath:AT4G31900

hsa:1107

hsa:1108

mmu:107932

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.947

排名 1 · TkA08G170880 · TK1151

细胞质0.142

排名 2 · TkA08G170880 · TK1151

线粒体0.021

排名 3 · TkA08G170880 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA08G170880 · TK1151

内质网0.007

排名 5 · TkA08G170880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13832zf-HC5HC2H_236-77 aa

PF13771zf-HC5HC2H39-77 aa

PF03107C1_248-76 aa

PF23011PHD-1st_NSD49-77 aa

PF00130C1_149-77 aa

PF12773DZR49-76 aa

PF22908PHD_NSD50-79 aa

PF23004PHDvar_NSD52-82 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G170880	`PF13832`	zf-HC5HC2H_2	36	77	0.11	13.4
TkA08G170880	`PF13771`	zf-HC5HC2H	39	77	0.0055	17.6
TkA08G170880	`PF03107`	C1_2	48	76	0.3	12.2
TkA08G170880	`PF23011`	PHD-1st_NSD	49	77	0.014	16.2
TkA08G170880	`PF00130`	C1_1	49	77	0.096	13.2
TkA08G170880	`PF12773`	DZR	49	76	6.8	7.7
TkA08G170880	`PF22908`	PHD_NSD	50	79	0.25	12.4
TkA08G170880	`PF23004`	PHDvar_NSD	52	82	0.46	11.2
TkA08G170880	`PF00628`	PHD	53	94	1.2e-07	32.3
TkA08G170880	`PF16866`	PHD_4	57	95	0.00088	19.9
TkA08G170880	`PF03107`	C1_2	87	108	0.3	12.2
TkA08G170880	`PF12773`	DZR	90	98	6.8	7.7
TkA08G170880	`PF23615`	Chromo_MIT1	102	148	2.6e-06	28.5
TkA08G170880	`PF00385`	Chromo	124	155	5.5e-25	87.8
TkA08G170880	`PF26014`	SH3_AEBP2_C	130	153	0.063	13.6
TkA08G170880	`PF26014`	SH3_AEBP2_C	162	244	0.063	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S775`	拟南芥	sp\|Q9S775\|PKL_ARATH CHD3-type chromatin-remodeling factor PICKLE	67.300%	Swiss-Prot	高置信
`F4JTF6`	拟南芥	sp\|F4JTF6\|CHR7_ARATH CHD3-type chromatin-remodeling factor CHR7	51.900%	Swiss-Prot	高置信

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