TkA08G169560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G169560

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 44359351-44360447 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

836 bp · TkA08G169560|TK1151|cDNA

CCTACACCCAAGTACCTACCTACACCCCCTCTCCTAGTAATATACCGTCTTTAATCTTATACCGTGACATCATATCTCCTATAAATTCTGGCATCTGTCAAACCACAACACATATTAATCATGGTGCCATCAAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCAACGGCAGTGGGGTTCTTGGGTATCTGAGATCAGACACCCACTCTTGAAGAGAAGGATTTGGTTAGGAACATTTGAAACGGCGGAGGCTGCGGCGAGGGCATACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

585 bp · TkA08G169560|TK1151|CDS

ATGGTGCCATCAAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCAACGGCAGTGGGGTTCTTGGGTATCTGAGATCAGACACCCACTCTTGAAGAGAAGGATTTGGTTAGGAACATTTGAAACGGCGGAGGCTGCGGCGAGGGCATACGACCAAGCAGCCATTTTGATGAACGGTCAAAGCGCGAAGACAAATTTTCCGGCGACAAACAAGAACATATCCGGCAACGACCAGTCTCCGTCACGCCAGACAGAAATTCCGGCAGCCACTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

194 aa · TkA08G169560|TK1151|PROTEIN

MVPSKKFRGVRQRQWGSWVSEIRHPLLKRRIWLGTFETAEAAARAYDQAAILMNGQSAKTNFPATNKNISGNDQSPSRQTEIPAATLAAKLRKCCKDPSPSLTCLRLDSDNSHIGVWQKRPGKGSGSGWVMKVELGGKRKEGIMEERTSPVVAVVEDGVSGDRDIDEENRVVMQMIEELLNWNSTPPSLCIVNN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G169560`
TK1151 ID	TkA08G169560
OH-1004 ID	LXL04_009152
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	56.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.330 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G169560

位置 Chr08:44359351-44360447 (-)

描述 Similar to WIN1: Ethylene-responsive transcription factor WIN1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g15360`	通过诱导参与蜡生物合成的酶的表达促进角质层形成。	暂无已核实直接文献
`At5g11190`	通过诱导参与蜡生物合成的酶的表达促进角质层形成。	暂无已核实直接文献
`At5g25390`	通过诱导参与蜡生物合成的酶的表达促进角质层形成。	暂无已核实直接文献
`At5g25190`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009152 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程

GO:0010166 wax metabolic process 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1902584 positive regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:1904278 positive regulation of wax biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15360

ath:AT5G11190

ath:AT5G25190

ath:AT5G25390

zma:100282301

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.958

排名 1 · TkA08G169560 · TK1151

细胞质0.087

排名 2 · TkA08G169560 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA08G169560 · TK1151

质体0.017

排名 4 · TkA08G169560 · TK1151

内质网0.015

排名 5 · TkA08G169560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00847AP26-55 aa

PF15746TMEM21582-169 aa

PF00847AP2113-120 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G169560	`PF00847`	AP2	6	55	1.5e-12	48.3
TkA08G169560	`PF15746`	TMEM215	82	169	0.12	12.5
TkA08G169560	`PF00847`	AP2	113	120	1.5e-12	48.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XI33`	拟南芥	sp\|Q9XI33\|WIN1_ARATH Ethylene-responsive transcription factor WIN1	57.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LFN7`	拟南芥	sp\|Q9LFN7\|SHN2_ARATH Ethylene-responsive transcription factor SHINE 2	58.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q3E958`	拟南芥	sp\|Q3E958\|SHN3_ARATH Ethylene-responsive transcription factor SHINE 3	60.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q94AW5`	拟南芥	sp\|Q94AW5\|ERF03_ARATH Ethylene-responsive transcription factor ERF003	64.100%	Swiss-Prot	低置信

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