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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G169150
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 44242936-44247239 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2686 bp · TkA08G169150|TK1151|cDNA

CGAAATTCTATTTGATTGCTCTTCAGGTACGAACAACATGGCAAAAGGAATACAAGTTCAAATTTATTCAAATCTCGCCTGACAATCATGTTGATCACAGAAGACTTTTATATCAAAATCTTGGACAAGTGCCCAGATATCAAACAATTAAAAAAGATACATTGTAGGTTAATTATTGATGGAAATCTCGTCTCAGCATCGCATATTGCTCTGAAGTTAATGAAAGCTTATTCTGAATGTCGGCACATCGCAGTTACGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1944 bp · TkA08G169150|TK1151|CDS

ATGTTGATCACAGAAGACTTTTATATCAAAATCTTGGACAAGTGCCCAGATATCAAACAATTAAAAAAGATACATTGTAGGTTAATTATTGATGGAAATCTCGTCTCAGCATCGCATATTGCTCTGAAGTTAATGAAAGCTTATTCTGAATGTCGGCACATCGCAGTTACGCGCCAACTGTTCGATAAATCTCCTCAAAAAGATGTTGTCTTCTTCAATGTCATGATTAGAAGCTACGTAAGTAATGGATTCTACGAAAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

647 aa · TkA08G169150|TK1151|PROTEIN

MLITEDFYIKILDKCPDIKQLKKIHCRLIIDGNLVSASHIALKLMKAYSECRHIAVTRQLFDKSPQKDVVFFNVMIRSYVSNGFYETALRMYRNMLKFSITPDHFTVPQVLKACSMSENLIVGLQTHVAALKKGLHSNLYVGNGLITMYGKCNRLPEGRKVFDEMPSRDVVSWNSIVAAYAQNRMFDDALEVCKTMVQSSSLKPNAGTMASLSPAVTTSTSSTNVKFMNEMFMNHARESLISWNVMIAVYVNNSMPTDAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G169150
TK1151 IDTkA08G169150
OH-1004 IDLXL04_032356
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.845 / OH-1004 78.877
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G169150
位置Chr08:44242936-44247239 (-)
描述Similar to PCMP-H77: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49142
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献
At4g30700 含五重复肽序列的蛋白At4g30700。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献
At3g63370 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032356 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G12770
ath:AT3G49142
ath:AT4G30700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.586
排名 1 · TkA08G169150 · TK1151
质体0.276
排名 2 · TkA08G169150 · TK1151
细胞核0.053
排名 3 · TkA08G169150 · TK1151
细胞质0.040
排名 4 · TkA08G169150 · TK1151
过氧化物酶体0.007
排名 5 · TkA08G169150 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12921ATP1315-61 aa
PF06239ECSIT_N33-103 aa
PF13041PPR_244-62 aa
PF24760TPR_IF140_C47-95 aa
PF13812PPR_366-114 aa
PF13041PPR_267-114 aa
PF23276TPR_2467-133 aa
PF24603TPR_3067-97 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G169150PF12921ATP1315610.0002921.4
TkA08G169150PF06239ECSIT_N331030.01815.1
TkA08G169150PF13041PPR_244629.2e-52173.7
TkA08G169150PF24760TPR_IF140_C47950.0216.0
TkA08G169150PF13812PPR_3661148.9e-2174.5
TkA08G169150PF13041PPR_2671149.2e-52173.7
TkA08G169150PF23276TPR_24671331.9e-1660.9
TkA08G169150PF24603TPR_3067970.05114.7
TkA08G169150PF12854PPR_168955.2e-2278.0
TkA08G169150PF01535PPR70982.9e-49162.6
TkA08G169150PF29070MSC6_N751181.6e-0938.0
TkA08G169150PF13428TPR_1475974.5e-0524.4
TkA08G169150PF23703DExH18_N761060.2812.2
TkA08G169150PF25064ARM_TT21_5th851070.05514.5
TkA08G169150PF00637Clathrin861150.04414.2
TkA08G169150PF23279TPR_25931240.01116.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914259.300%Swiss-Prot高置信
Q9SUH6拟南芥sp|Q9SUH6|PP341_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3070039.500%Swiss-Prot中等置信
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic41.000%Swiss-Prot中等置信
O81767拟南芥sp|O81767|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399038.300%Swiss-Prot中等置信
Q9M1V3拟南芥sp|Q9M1V3|PP296_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic37.700%Swiss-Prot中等置信

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