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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G168340
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 43995797-44001114 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3858 bp · TkA08G168340|TK1151|cDNA

AGAGAATCCATGAGTGTATGACTATATAAATGCAACCAAATTTAACTTTAAACCAACACCCCAAATCCACCACAAGTATTTATAAACCTCATCACTCCCTGCGTGTAATCTTTCATCCCCAATTCCGAATTCACTCAAGATTTATAGCCATGGCTTCTGGGAGCAAAGCAAGTTCTGGGTTTAATCCACAATCTCAAAACCCTCCGTCATCATCAACGCCTAGGGTTGATTCAATGAGCAAAGCCATTGCACAATACGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3483 bp · TkA08G168340|TK1151|CDS

ATGCAACCAAATTTAACTTTAAACCAACACCCCAAATCCACCACAAGTATTTATAAACCTCATCACTCCCTGCGTGTAATCTTTCATCCCCAATTCCGAATTCACTCAAGATTTATAGCCATGGCTTCTGGGAGCAAAGCAAGTTCTGGGTTTAATCCACAATCTCAAAACCCTCCGTCATCATCAACGCCTAGGGTTGATTCAATGAGCAAAGCCATTGCACAATACGCAGTTGATGCTAGATTACACGCTGTTTATGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1160 aa · TkA08G168340|TK1151|PROTEIN

MQPNLTLNQHPKSTTSIYKPHHSLRVIFHPQFRIHSRFIAMASGSKASSGFNPQSQNPPSSSTPRVDSMSKAIAQYAVDARLHAVYEQSGESGKSFDYSQSIKTATDSIAEQQMTAYLSKIQRGGHIQPFGCMIAIDNSSFRVIAFSENARERLGLAPQSVPSLERPEILTIGTDVKTLFTPSSAVLLERAFRAREITLLNPVWVHSKNSGKPFYAILHRIDVGIVIDLEPARTEDPALSIAGAVQSQKLAVRAISNLQS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G168340
TK1151 IDTkA08G168340
OH-1004 IDLXL04_032340
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G168340
位置Chr08:43995797-44001114 (-)
描述Similar to PHYB: Phytochrome B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g18790 调节光感受器以两种形式存在，可通过光可逆地相互转换：在光谱的红色区域吸收最大的 Pr 形式和在远红色区域吸收最大的 Pfr 形式。
The out of phase 1 mutant defines a role for PHYB in circadian phase control in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.003418
Phytochromes function as thermosensors in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1126/science.aaf6005
Daytime temperature is sensed by phytochrome B in Arabidopsis through a transcriptional activator HEMERA.2019 · DOI: 10.1038/s41467-018-08059-z
PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR8 Inhibits Phytochrome A-Mediated Far-Red Light Responses in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1105/tpc.19.00515

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032340 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009584 detection of visible light 生物过程
GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0009638 phototropism 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G18790
gmx:100794865
sly:101262847
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.416
排名 1 · TkA08G168340 · TK1151
细胞质0.198
排名 2 · TkA08G168340 · TK1151
线粒体0.145
排名 3 · TkA08G168340 · TK1151
细胞核0.129
排名 4 · TkA08G168340 · TK1151
细胞膜0.099
排名 5 · TkA08G168340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26511DUF817268-115 aa
PF08446PAS_2116-232 aa
PF13188PAS_8131-157 aa
PF13426PAS_9132-218 aa
PF08448PAS_4133-160 aa
PF01590GAF266-443 aa
PF00360PHY456-631 aa
PF08447PAS_3491-526 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G168340PF26511DUF8172681150.410.7
TkA08G168340PF08446PAS_21162329.7e-38129.9
TkA08G168340PF13188PAS_81311570.0003221.2
TkA08G168340PF13426PAS_91322182.4e-1041.3
TkA08G168340PF08448PAS_41331602.5e-1041.3
TkA08G168340PF01590GAF2664433.5e-1763.9
TkA08G168340PF00360PHY4566314e-57193.2
TkA08G168340PF08447PAS_34915260.0001123.2
TkA08G168340PF00989PAS6617767.3e-47158.8
TkA08G168340PF13188PAS_86647100.0003221.2
TkA08G168340PF08448PAS_46697802.5e-1041.3
TkA08G168340PF13426PAS_96737772.4e-1041.3
TkA08G168340PF08447PAS_36857400.0001123.2
TkA08G168340PF08446PAS_27167519.7e-38129.9
TkA08G168340PF02518HATPase_c7177524.4e-1660.0
TkA08G168340PF00989PAS7929117.3e-47158.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P14713拟南芥sp|P14713|PHYB_ARATH Phytochrome B77.200%Swiss-Prot高置信

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