TkA08G167320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G167320

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 43726543-43727671 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

632 bp · TkA08G167320|TK1151|cDNA

AATTTCACAGGCTTCAAATCTGAAAGAACCCGAGAACCAAGAAACTTCTAGGGCAAACAATTTCGCCATTGTTCAGAGCTTTGTGCTTCGAAGGAGTAAACACAATTATGGAGGCAGGAGACGAAGGGATTGAGAGAGTAGAAGACTCCAAGGACTTACAGCAACAGAGCAAAGCACTCGACAAGCTTACCGATCATGTCGAAGATCGTCAGCTCGATTCGACTCGTGTTCAAGAGGCTATGGCTTCGATAGCTGCATCG...

CDS

下载 CDS FASTA

345 bp · TkA08G167320|TK1151|CDS

ATGGAGGCAGGAGACGAAGGGATTGAGAGAGTAGAAGACTCCAAGGACTTACAGCAACAGAGCAAAGCACTCGACAAGCTTACCGATCATGTCGAAGATCGTCAGCTCGATTCGACTCGTGTTCAAGAGGCTATGGCTTCGATAGCTGCATCGAAGGAAGCTGATTTGAATGCTATGAGATTGAGGGAGAAAGAGTTGGCTGCTGTTAAGATCAATGCTGCTGAAGTTGATATCATTGCAAGCGAGCTAGAGTTGGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

114 aa · TkA08G167320|TK1151|PROTEIN

MEAGDEGIERVEDSKDLQQQSKALDKLTDHVEDRQLDSTRVQEAMASIAASKEADLNAMRLREKELAAVKINAAEVDIIASELELDKKVAERTLREHKGDAVAAIRHLIHVGNL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G167320`
TK1151 ID	TkA08G167320
OH-1004 ID	LXL04_032334
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 22.397 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G167320`
位置	Chr08:43726543-43727671 (+)
描述	Similar to PME67: Probable pectinesterase 67
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032334` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009408 response to heat 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程 GO:0042545 cell wall modification 生物过程 GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0048046 apoplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G21610 ath:AT2G36710 ath:AT3G17060 ath:AT5G19730 ath:AT5G47500 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.614

排名 1 · TkA08G167320 · TK1151

细胞核0.291

排名 2 · TkA08G167320 · TK1151

细胞膜0.126

排名 3 · TkA08G167320 · TK1151

高尔基体0.114

排名 4 · TkA08G167320 · TK1151

溶酶体／液泡0.082

排名 5 · TkA08G167320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08438YGR210-like_G43-49 aa

PF24270HTH_Cmi2_C10-98 aa

PF01351RNase_HII11-103 aa

PF08438YGR210-like_G456-78 aa

PF19026UBA_HYPK69-109 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G167320	`PF08438`	YGR210-like_G4	3	49	0.056	14.7
TkA08G167320	`PF24270`	HTH_Cmi2_C	10	98	0.19	12.7
TkA08G167320	`PF01351`	RNase_HII	11	103	0.023	15.3
TkA08G167320	`PF08438`	YGR210-like_G4	56	78	0.056	14.7
TkA08G167320	`PF19026`	UBA_HYPK	69	109	4.8e-17	61.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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