TkA08G164140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G164140

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 42875188-42879124 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2645 bp · TkA08G164140|TK1151|cDNA

AAAACACAATACAGGGTTCTAGGATTTTCCCCAAACTCTACAAGTACTTGTACTTTCCATTCCTCACGTGTTCAACACCCCCTCTTCGAAGTTCTCCGTCACGACGAATATTCCCCGGTCATAACTCCGACCAAGAGATTAAAAGAAAGCTACTTTTTAAGGCTGCCCGCTCTCCTTCTTGTTAAGATGTATGAAATAACTAATTTATCAGATAGCGAAGATGAGTTTAAACCTGATCCTGAAACCCTCACAAAAGTACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2397 bp · TkA08G164140|TK1151|CDS

AAAACACAATACAGGGTTCTAGGATTTTCCCCAAACTCTACAAGTACTTGTACTTTCCATTCCTCACGTGTTCAACACCCCCTCTTCGAAGTTCTCCGTCACGACGAATATTCCCCGGTCATAACTCCGACCAAGAGATTAAAAGAAAGCTACTTTTTAAGGCTGCCCGCTCTCCTTCTTGTTAAGATGTATGAAATAACTAATTTATCAGATAGCGAAGATGAGTTTAAACCTGATCCTGAAACCCTCACAAAAGTACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

798 aa · TkA08G164140|TK1151|PROTEIN

KTQYRVLGFSPNSTSTCTFHSSRVQHPLFEVLRHDEYSPVITPTKRLKESYFLRLPALLLVKMYEITNLSDSEDEFKPDPETLTKVQAIDYFPCENMYSSHAGGNGASSSGSNIRSSLLGMGFQPDLIEKAIRQNGEDNMDLLLETLFAYSALQQSKPKSLHSINGSVVIKDEELAQSSGKRKALLISHSESSGSLDSLFGDEQDISSRNTNPTTISLKDDPDECCDGIDDKKASLLMMNFTIEEVEFAMSKLGEDAPIN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G164140`
TK1151 ID	TkA08G164140
OH-1004 ID	LXL04_023963
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	30.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.476 / OH-1004 97.199 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G164140

位置 Chr08:42875188-42879124 (+)

描述 Similar to DRM2: DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g17310`	催化失活 DNA 甲基转移酶，充当 DRM2 介导的 DNA 甲基化的调节因子。	The de novo cytosine methyltransferase DRM2 requires intact UBA domains and a catalytically mutated paralog DRM3 during RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1001182 The cytological and molecular role of domains rearranged methyltransferase3 in RNA-dependent DNA methylation of Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1186/1756-0500-7-721 Domains rearranged methyltransferase3 controls DNA methylation and regulates RNA polymerase V transcript abundance in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1073/pnas.1423603112
`UniProt: Q9M548`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q9LXE5`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0133900`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献
`Os03g0110800`	参与新生DNA甲基化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023963 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003886 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity 分子功能

GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能

GO:0009008 DNA-methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14620

ath:AT5G15380

dosa:Os03g0110800

dosa:Os05g0133900

dosa:Os12g0108900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.886

排名 1 · TkA08G164140 · TK1151

细胞质0.168

排名 2 · TkA08G164140 · TK1151

细胞膜0.030

排名 3 · TkA08G164140 · TK1151

线粒体0.028

排名 4 · TkA08G164140 · TK1151

内质网0.016

排名 5 · TkA08G164140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22448RepB_primase_C118-135 aa

PF22567UBA_9119-149 aa

PF22567UBA_9239-268 aa

PF18039UBA_6241-262 aa

PF18039UBA_6296-323 aa

PF22448RepB_primase_C300-322 aa

PF22567UBA_9304-322 aa

PF22567UBA_9620-632 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G164140	`PF22448`	RepB_primase_C	118	135	0.056	14.1
TkA08G164140	`PF22567`	UBA_9	119	149	0.16	12.6
TkA08G164140	`PF22567`	UBA_9	239	268	0.16	12.6
TkA08G164140	`PF18039`	UBA_6	241	262	0.00076	20.2
TkA08G164140	`PF18039`	UBA_6	296	323	0.00076	20.2
TkA08G164140	`PF22448`	RepB_primase_C	300	322	0.056	14.1
TkA08G164140	`PF22567`	UBA_9	304	322	0.16	12.6
TkA08G164140	`PF22567`	UBA_9	620	632	0.16	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H1E8`	拟南芥	sp\|Q8H1E8\|DRM3_ARATH Probable inactive DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM3	38.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M548`	拟南芥	sp\|Q9M548\|DRM2_ARATH DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2	41.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LXE5`	拟南芥	sp\|Q9LXE5\|DRM1L_ARATH DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM1	40.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q6AUQ7`	水稻	sp\|Q6AUQ7\|DRM3_ORYSJ Probable inactive DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM3	40.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q10SU5`	水稻	sp\|Q10SU5\|DRM2_ORYSJ DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2	42.200%	Swiss-Prot	低置信

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