TkA08G161930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G161930

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 42263621-42268682 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1986 bp · TkA08G161930|TK1151|cDNA

AAAAAGGCAACTCACTCGTTCGTCTCTCACTCAAAGAACTTCATTCCATGAGATATGTCTCCTTCCACTAAACCACTATTCTTTCTTGTTTCTTCCCTTCTGCTAACAACTTCTCTTGTCCATGGAACTCATCTTCCAGATTCCGACCTTATTTTATCCTACTGTCCCATTGCATTATACCCACGCCTCTGCGCCACCACCCTCTCCGCCGCTAAACCTGAAAACCTCGCAACGATTAAGGATGTAATCGAATTCACAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1629 bp · TkA08G161930|TK1151|CDS

ATGTCTCCTTCCACTAAACCACTATTCTTTCTTGTTTCTTCCCTTCTGCTAACAACTTCTCTTGTCCATGGAACTCATCTTCCAGATTCCGACCTTATTTTATCCTACTGTCCCATTGCATTATACCCACGCCTCTGCGCCACCACCCTCTCCGCCGCTAAACCTGAAAACCTCGCAACGATTAAGGATGTAATCGAATTCACAATCACTAAAACAAAGAAAACCATCCAAGATAACTTCCACACCATAAACGATCTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

542 aa · TkA08G161930|TK1151|PROTEIN

MSPSTKPLFFLVSSLLLTTSLVHGTHLPDSDLILSYCPIALYPRLCATTLSAAKPENLATIKDVIEFTITKTKKTIQDNFHTINDLTTTTTNLTKREKNVLHDCLQLAAGTQEALDKVIGNLREYPAKKSLRKYADDLKTLMSTTITNKETCLDGFSRDADSKRLRDSIAGGQEHGGKMCSNALAMIVNMTETDMDMSNEAELGIQEVTMWPEWLSAVDRKLMESEEVMPDATVAADGSGDYTTVGAAVAAAPSKSKSRY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G161930`
TK1151 ID	TkA08G161930
OH-1004 ID	LXL04_032260
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G161930

位置 Chr08:42263621-42268682 (+)

描述 Similar to Pectinesterase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14310`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	Pectin methylesterase is induced in Arabidopsis upon infection and is necessary for a successful colonization by necrotrophic pathogens.2011 · DOI: 10.1094/mpmi-07-10-0157 A mutation in the Arabidopsis thaliana cell wall biosynthesis gene pectin methylesterase 3 as well as its aberrant expression cause hypersensitivity specifically to Zn.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12279 Tuning of Pectin Methylesterification: PECTIN METHYLESTERASE INHIBITOR 7 MODULATES THE PROCESSIVE ACTIVITY OF CO-EXPRESSED PECTIN METHYLESTERASE 3 IN A pH-DEPENDENT MANNER.2015 · DOI: 10.1074/jbc.m115.639534 AtPME3, a ubiquitous cell wall pectin methylesterase of Arabidopsis thaliana, alters the metabolism of cruciferin seed storage proteins during post-germinative growth of seedlings.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx023
`At1g53830`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032260 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0042545 cell wall modification 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53830

ath:AT3G14310

cit:102578056

sly:544016

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.371

排名 1 · TkA08G161930 · TK1151

溶酶体／液泡0.161

排名 2 · TkA08G161930 · TK1151

细胞膜0.159

排名 3 · TkA08G161930 · TK1151

内质网0.132

排名 4 · TkA08G161930 · TK1151

细胞质0.102

排名 5 · TkA08G161930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04043PMEI32-186 aa

PF27984CRLF3_N56-117 aa

PF06103DUF94867-118 aa

PF01095Pectinesterase231-527 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G161930	`PF04043`	PMEI	32	186	4.7e-24	86.0
TkA08G161930	`PF27984`	CRLF3_N	56	117	0.59	10.7
TkA08G161930	`PF06103`	DUF948	67	118	0.5	11.3
TkA08G161930	`PF01095`	Pectinesterase	231	527	3.6e-140	466.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49006`	拟南芥	sp\|O49006\|PME3_ARATH Pectinesterase/pectinesterase inhibitor 3	58.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q42534`	拟南芥	sp\|Q42534\|PME2_ARATH Pectinesterase 2	58.400%	Swiss-Prot	高置信

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