TkA08G160780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G160780

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 41958436-41959845 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1231 bp · TkA08G160780|TK1151|cDNA

GAAAGCAATCTTTCATCACAAGGCAAGCATATCAATCATCCAAACTCTGTTTTCGTTTAGGGCTTTAACATAACCCACCAACTATCACCGTTTTGTTTCTTTCAGTTCCAAAATCATAATCTAACTCTAGAAGCAGCTTCCCCTGGACTTTTCGTTGACAAAAACGGTGGGTTCTGGGATGTCCCTTTGACCATGGCAATCGATCTCGCATCTGTTTCTTCTGAAATCGGCCCAAGTTACCACATCTGCGTCAACCATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

606 bp · TkA08G160780|TK1151|CDS

ATGGAGAAGCGAATCACAAAAGTTGAAAAACGTTCACCATACGACGCATTCCTCTCAAATCCCCATATCTCAGCATCAGGAATCATCGGAGGTGTGATGACTGCGTGTTTTGGAGAGAATTCAGTAAGAGCAACAATGGAAGATGGTTTTGGTGTTGGTGTAAGGAGGGGTAATTGTGCCATTTTAGCCGATTCATTTGCAAAAGTCTCACTCTCTGCACAATACGGAACTTTCCAGAAGATGTTTATTGATCTGACACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

201 aa · TkA08G160780|TK1151|PROTEIN

MEKRITKVEKRSPYDAFLSNPHISASGIIGGVMTACFGENSVRATMEDGFGVGVRRGNCAILADSFAKVSLSAQYGTFQKMFIDLTRVQALLDFPSGSTFLTGATRLAKDLYNSQTPNLETFQEICPLTTLSFQQQVVGPFSLRVDSGVKWGFKKGESFVEVKDTVFAVEYALQVLGSAKAVAWYSPNQQEFMIELRFFET

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G160780`
TK1151 ID	TkA08G160780
OH-1004 ID	LXL04_032240
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.015 / OH-1004 41.401 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G160780

位置 Chr08:41958436-41959845 (-)

描述 Similar to TGD4: Protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 4, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g06960`	参与脂质从内质网到质体的转移。	Lipid trafficking between the endoplasmic reticulum and the plastid in Arabidopsis requires the extraplastidic TGD4 protein.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.061176 Lipid transport mediated by Arabidopsis TGD proteins is unidirectional from the endoplasmic reticulum to the plastid.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcq053 TGD4 involved in endoplasmic reticulum-to-chloroplast lipid trafficking is a phosphatidic acid binding protein.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.04900.x The phosphatidic acid binding site of the Arabidopsis trigalactosyldiacylglycerol 4 (TGD4) protein required for lipid import into chloroplasts.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m112.438986

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032240 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0034196 acylglycerol transport 生物过程

GO:1990052 ER to chloroplast lipid transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009707 chloroplast outer membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0070300 phosphatidic acid binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06960

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.927

排名 1 · TkA08G160780 · TK1151

线粒体0.070

排名 2 · TkA08G160780 · TK1151

细胞质0.049

排名 3 · TkA08G160780 · TK1151

细胞核0.024

排名 4 · TkA08G160780 · TK1151

溶酶体／液泡0.017

排名 5 · TkA08G160780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12600DUF376967-89 aa

PF12600DUF3769130-171 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G160780	`PF12600`	DUF3769	67	89	0.14	11.7
TkA08G160780	`PF12600`	DUF3769	130	171	0.14	11.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M903`	拟南芥	sp\|Q9M903\|TGD4_ARATH Protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 4, chloroplastic	57.200%	Swiss-Prot	高置信

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