TkA08G158700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G158700

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 41317394-41318299 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

906 bp · TkA08G158700|TK1151|cDNA

ATGTTCTTGAATCAAATTCATCAGTTAGCACCCACGGATTGGGCTGATCAAGCCGTGGTGGCTGATTTGGCGTCCAATAATACCTCCAAAGAGATCAAGGATGTGATTTCAATCTCAACAGCAGCCAGCAACCCCACCACCGCTGCAGTAGCCCCAGCCACGTCTATAGACTGCTTACTTTCCGGTAGCACAGACGCATCAGATGAAGTTTTCTCCGATAGCAAGAGTTTATGGCGTTACAACATTGTCGCCGGCAATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

906 bp · TkA08G158700|TK1151|CDS

ATGTTCTTGAATCAAATTCATCAGTTAGCACCCACGGATTGGGCTGATCAAGCCGTGGTGGCTGATTTGGCGTCCAATAATACCTCCAAAGAGATCAAGGATGTGATTTCAATCTCAACAGCAGCCAGCAACCCCACCACCGCTGCAGTAGCCCCAGCCACGTCTATAGACTGCTTACTTTCCGGTAGCACAGACGCATCAGATGAAGTTTTCTCCGATAGCAAGAGTTTATGGCGTTACAACATTGTCGCCGGCAATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

301 aa · TkA08G158700|TK1151|PROTEIN

MFLNQIHQLAPTDWADQAVVADLASNNTSKEIKDVISISTAASNPTTAAVAPATSIDCLLSGSTDASDEVFSDSKSLWRYNIVAGNNNVSGVSSADSVTDDGANSQCSSGKRPMSSVRVSDSPPKSKRPRSNVGRPSSLNINFQQPGNSSEADMEAIAQMKEMIYREAAFRPVSFTAEMVVAKPKRKNVKISSDPQTVAARQRRERVSERIRVLQKLVPGGNKMDTASMLDEAANYLKFLRSQVKALEQIGQNSTTINAN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G158700`
TK1151 ID	TkA08G158700
OH-1004 ID	LXL04_032167
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 91.489 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G158700

位置 Chr08:41317394-41318299 (+)

描述 Similar to BHLH87: Transcription factor bHLH87

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g21330`	转录因子bHLH87。	暂无已核实直接文献
`At3g50330`	对雌性生殖道发育和生育力必需。	The HECATE genes regulate female reproductive tract development in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1242/dev.011510
`At5g67060`	对雌性生殖道发育和生育力必需。	The HECATE genes regulate female reproductive tract development in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1242/dev.011510
`At5g09750`	对雌性生殖道发育和生育力必需。	The HECATE genes regulate female reproductive tract development in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1242/dev.011510

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0541400`	转录因子，参与花期的负调控。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032167 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010500 transmitting tissue development 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048462 carpel formation 生物过程

GO:0048467 gynoecium development 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048587 regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0080126 ovary septum development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G21330

ath:AT3G50330

ath:AT4G00120

ath:AT5G67060

dosa:Os05g0541400

osa:9269440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.979

排名 1 · TkA08G158700 · TK1151

细胞质0.082

排名 2 · TkA08G158700 · TK1151

细胞膜0.026

排名 3 · TkA08G158700 · TK1151

内质网0.016

排名 4 · TkA08G158700 · TK1151

质体0.012

排名 5 · TkA08G158700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00010HLH200-241 aa

PF23177bHLH_IRO3200-250 aa

PF23173bHLH_SAC51202-243 aa

PF29569DCT6_helical203-272 aa

PF23176bHLH_LHW204-250 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G158700	`PF00010`	HLH	200	241	2.1e-06	28.2
TkA08G158700	`PF23177`	bHLH_IRO3	200	250	0.028	15.5
TkA08G158700	`PF23173`	bHLH_SAC51	202	243	3.5e-10	40.4
TkA08G158700	`PF29569`	DCT6_helical	203	272	0.22	12.1
TkA08G158700	`PF23176`	bHLH_LHW	204	250	0.0021	18.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S3D2`	拟南芥	sp\|Q8S3D2\|BH087_ARATH Transcription factor bHLH87	72.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SND4`	拟南芥	sp\|Q9SND4\|HEC2_ARATH Transcription factor HEC2	57.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FHA7`	拟南芥	sp\|Q9FHA7\|HEC1_ARATH Transcription factor HEC1	63.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LXD8`	拟南芥	sp\|Q9LXD8\|HEC3_ARATH Transcription factor HEC3	61.700%	Swiss-Prot	低置信
`A0A0P0WQ90`	水稻	sp\|A0A0P0WQ90\|LF_ORYSJ Transcription factor LATE FLOWERING	58.600%	Swiss-Prot	低置信

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