TkA08G153960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G153960

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 40182844-40184683 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1059 bp · TkA08G153960|TK1151|cDNA

CGCAAATACACAAACCCTTTTATTTTGTTACTCTCATCATCTATCAGAATTGCAGAATTCAAGCTTCCGTCTCTCAGGTATGTTCCGCTTAATTAACAGTAACCGGAATCGTAGAATTCAACATTTGAATTGGAATCGGAGTTAGTTTTCTTCCAAATATGGAATGAATTCTCTGATCCCAGGTTGTGGAATCGGAATCCCTAATGTCACCTCGTCACGCTGGTAAACAAAACTGCCATAGCTGTTGAAGCAAAGTACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

654 bp · TkA08G153960|TK1151|CDS

ATGGAGTGCGTGGTTCAAGGAATTATAGAAACACAGCATGTTGAAGCCCTTGAGATTCTTCTTCAAGGCCTCTGTGGTGTTCATAGAGAACGCTTAAGGGTTCATGAACTATGCCTAAAAAGCGGCCCCAACCTAGGTTCAGAAGCATCAGAGGTTCGACTCTTATGTGATCTTGAACAACCAGAACCCACTTGGACAGTTAGACACGTGGGGGGATCAATGAGGGGTGCAGGTGCGGATCAAATATCAGTCCTTGTAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

217 aa · TkA08G153960|TK1151|PROTEIN

MECVVQGIIETQHVEALEILLQGLCGVHRERLRVHELCLKSGPNLGSEASEVRLLCDLEQPEPTWTVRHVGGSMRGAGADQISVLVRTMVESKTSKNVLRLFYLLGYKLDHELLRVGFAFHFQRGAQIAVTVSSVNKMLKLHATDEAVPVTPGIQLVEVTAPASAENYTDVAAAVSSFCEYLAPLLHLSKPGVSTGVVPTAAAAAASLMSYGGATIM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G153960`
TK1151 ID	TkA08G153960
OH-1004 ID	LXL04_022154
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	87.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 47.465 / OH-1004 70.068 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G153960

位置 Chr08:40182844-40184683 (-)

描述 Similar to MED18: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g22370`	介体复合物的组成部分，是参与几乎所有 RNA 聚合酶 II 依赖性基因的转录调节的共激活剂。	MED18 interaction with distinct transcription factors regulates multiple plant functions.2014 · DOI: 10.1038/ncomms4064

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022154 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010219 regulation of vernalization response 生物过程

GO:0031554 regulation of termination of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0032784 regulation of DNA-templated transcription elongation 生物过程

GO:0035196 miRNA processing 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G22370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.812

排名 1 · TkA08G153960 · TK1151

细胞质0.182

排名 2 · TkA08G153960 · TK1151

线粒体0.044

排名 3 · TkA08G153960 · TK1151

细胞膜0.036

排名 4 · TkA08G153960 · TK1151

质体0.018

排名 5 · TkA08G153960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09637Med181-46 aa

PF21533EHMT1-2_CRR18-42 aa

PF09637Med1881-190 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G153960	`PF09637`	Med18	1	46	7.8e-07	30.0
TkA08G153960	`PF21533`	EHMT1-2_CRR	18	42	0.34	12.0
TkA08G153960	`PF09637`	Med18	81	190	7.8e-07	30.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJZ6`	拟南芥	sp\|Q9SJZ6\|MED18_ARATH Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18	81.100%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情